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- PDB-4i60: Crystal structure of avidin - biotinylruthenocene complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4i60
タイトルCrystal structure of avidin - biotinylruthenocene complex
要素Avidin
キーワードBiotin-binding protein / Beta barrel / Biotinylruthenocene / Glycoprotein / Hen egg white
機能・相同性
機能・相同性情報


biotin binding / antibacterial humoral response / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Avidin-like / Avidin-like, conserved site / Avidin-like domain signature. / Avidin / : / Avidin/streptavidin / Avidin-like superfamily / Avidin family / Avidin-like domain profile. / Lipocalin ...Avidin-like / Avidin-like, conserved site / Avidin-like domain signature. / Avidin / : / Avidin/streptavidin / Avidin-like superfamily / Avidin family / Avidin-like domain profile. / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Strzelczyk, P. / Bujacz, A. / Bujacz, G.
引用ジャーナル: Chem.Biol.Interact / 年: 2013
タイトル: Structural investigation of the interactions of biotinylruthenocene with avidin.
著者: Strzelczyk, P. / Bujacz, A. / Plazuk, D. / Zakrzewski, J. / Bujacz, G.
履歴
登録2012年11月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / diffrn_source / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Avidin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,1953
ポリマ－14,3211
非ポリマー8742
水1,15364
1
A: Avidin
ヘテロ分子

A: Avidin
ヘテロ分子

A: Avidin
ヘテロ分子

A: Avidin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,78012
ポリマ－57,2844
非ポリマー3,4968
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z1
Buried area11980 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area22740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.220, 60.220, 62.470
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-313-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Avidin


分子量: 14321.083 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 組織: egg white / 参照: UniProt: P02701
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-B1R / [(1,2,3,4,5-eta)-cyclopentadienyl][(1,2,3,4,5-eta)-{5-[(3aS,4S,6aR)-2-oxohexahydro-1H-thieno[3,4-d]imidazol-4-yl]pentanoyl}cyclopentadienyl]ruthenium / biotinylruthenocene


分子量: 449.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H16N2O2RuS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE EXPERIMENTAL INFO OF UNIPROT (P02701, AVID_CHICK) SHOWS R-> K AT POSITION 50, I -> T AT POSITION 58.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.8 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 35% pentaerythritol propoxylate, 0.05M HEPES, 0.2M KCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.8015 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月10日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8015 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→43.36 Å / Num. all: 4308 / Num. obs: 4301 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.07 % / Biso Wilson estimate: 30.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.132 / Net I/σ(I): 19.49
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 8.59 % / Rmerge(I) obs: 0.505 / Mean I/σ(I) obs: 4.75 / Num. unique all: 458 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1VYO

1vyo


解像度: 2.5→43.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 16.712 / SU ML: 0.197 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.283 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21103 216 5 %RANDOM
Rwork0.16469 ---
all0.16711 4308 --
obs0.16711 4085 99.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.055 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.08 Å20 Å20 Å2
2--0.08 Å20 Å2
3----0.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→43.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1006 0 54 64 1124
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.021101
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2641.8311543
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.8685129
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.37223.91346
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.80815183
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.83157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1220.2173
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0390.02802
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.336 13 -
Rwork0.28 245 -
obs--99.23 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.03761.35911.10895.2333-1.5914.9097-0.0288-0.13560.13640.4126-0.0419-0.2336-0.24770.19660.07070.0703-0.0317-0.04790.1291-0.0310.06745.055539.546311.4245
25.9642-1.9918-1.71284.89241.3975.50410.0899-0.11720.3991-0.0563-0.02760.0981-0.3619-0.137-0.06230.0821-0.034-0.04450.04090.02460.080237.778742.13698.6394
32.5651-0.3921-0.47242.68521.49131.96040.106-0.1308-0.16310.251-0.0912-0.1520.2222-0.0927-0.01480.041-0.0244-0.02570.02170.02820.054640.789231.34045.1788
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 46
2X-RAY DIFFRACTION2A47 - 95
3X-RAY DIFFRACTION3A96 - 128

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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