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- PDB-4hxf: Acylaminoacyl peptidase in complex with Z-Gly-Gly-Phe-chloromethy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hxf
タイトルAcylaminoacyl peptidase in complex with Z-Gly-Gly-Phe-chloromethyl ketone
要素Putative uncharacterized protein PH0594
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / self-compartmentalization / beta-propeller / alpha/beta hyrdolase fold / hydrolase / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


serine-type peptidase activity / proteolysis / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
WD40-like beta propeller / WD40-like Beta Propeller Repeat / Peptidase S9, prolyl oligopeptidase, catalytic domain / Prolyl oligopeptidase family / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Z-GLY-GLY-PHE-CHLOROMETHYL KETONE (BOUND FORM) / HEXANE-1,6-DIOL / Chem-Y3A / Peptidase S9 prolyl oligopeptidase catalytic domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus horikoshii (古細菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.601 Å
データ登録者Kiss-Szeman, A. / Menyhard, D.K. / Tichy-Racs, E. / Hornung, B. / Radi, K. / Szeltner, Z. / Domokos, K. / Szamosi, I. / Naray-Szabo, G. / Polgar, L. / Harmat, V.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: A Self-compartmentalizing Hexamer Serine Protease from Pyrococcus Horikoshii: SUBSTRATE SELECTION ACHIEVED THROUGH MULTIMERIZATION.
著者: Menyhard, D.K. / Kiss-Szeman, A. / Tichy-Racs, E. / Hornung, B. / Radi, K. / Szeltner, Z. / Domokos, K. / Szamosi, I. / Naray-Szabo, G. / Polgar, L. / Harmat, V.
#1: ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2009
タイトル: Characterization of a novel acylaminoacyl peptidase with hexameric structure and endopeptidase activity.
著者: Szeltner, Z. / Kiss, A.L. / Domokos, K. / Harmat, V. / Naray-Szabo, G. / Polgar, L.
履歴
登録2012年11月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月15日Group: Database references
改定 1.22013年7月3日Group: Database references
改定 1.32014年10月8日Group: Non-polymer description
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_molecule / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_molecule.prd_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年10月18日Group: Structure summary / カテゴリ: pdbx_molecule / Item: _pdbx_molecule.prd_id
改定 1.62024年3月13日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: pdbx_entity_src_syn

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Putative uncharacterized protein PH0594
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,12318
ポリマ－73,3361
非ポリマー1,78717
水11,800655
1
B: Putative uncharacterized protein PH0594
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)450,737108
ポリマ－440,0186
非ポリマー10,720102
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z1
Buried area48050 Å2
ΔGint-145 kcal/mol
Surface area120550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)184.057, 184.057, 145.529
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-1120-

HOH

21B-1429-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 B

#1: タンパク質 Putative uncharacterized protein PH0594


分子量: 73336.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌)
株: ATCC 700860 / DSM 12428 / JCM 9974 / NBRC 100139 / OT-3
遺伝子: PH0594 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3) / 参照: UniProt: O58323, acylaminoacyl-peptidase

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非ポリマー , 5種, 672分子

#2: 化合物 ChemComp-Y3A / N-[(benzyloxy)carbonyl]glycyl-N-[(2S,3R)-4-chloro-3-hydroxy-1-phenylbutan-2-yl]glycinamide / Z-Gly-Gly-Phe-Chloromethyl ketone (bound form)


タイプ: Peptide-like / クラス: 酵素阻害剤 / 分子量: 447.912 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H26ClN3O5
詳細: The chlorormethyl ketone inhibitor linked to the protein through two covalent bonds with the active site serine and histidine
参照: Z-GLY-GLY-PHE-CHLOROMETHYL KETONE (BOUND FORM)
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-HEZ / HEXANE-1,6-DIOL / 1,6-ヘキサンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 655 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.73 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 2.5 M 1,6-hexanediol, 0.20 M MgCl2, 0.1 M Tris/HCl , pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年11月15日 / 詳細: confocal mirrors
放射モノクロメーター: confocal mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→20 Å / Num. all: 122438 / Num. obs: 122438 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.03 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 22.25
反射 シェル解像度: 1.6→1.64 Å / 冗長度: 5.24 % / Rmerge(I) obs: 0.738 / Mean I/σ(I) obs: 2.57 / % possible all: 94.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4HXE

4hxe


解像度: 1.601→19.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 2.824 / SU ML: 0.048 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.064 / ESU R Free: 0.068 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. HEZ B711 AND WATER B1336 LIE ON A TWOFOLD AXIS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.186 6218 5.1 %RANDOM
Rwork0.15457 ---
obs0.15617 116219 99.22 %-
all-116219 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.811 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.05 Å20.03 Å20 Å2
2--0.05 Å20 Å2
3----0.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.601→19.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5019 0 102 655 5776
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0250.025327
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023806
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2481.9637178
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.10839201
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0195641
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.56223.65263
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.59715919
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.0171533
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1440.2736
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.025867
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021195
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.601→1.643 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.293 447 -
Rwork0.29 7838 -
obs--94.19 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.53090.0677-0.08010.32780.02160.5254-0.02320.0281-0.0906-0.01940.0063-0.06210.07020.05750.01690.04790.00240.00090.0364-0.00180.0249-7.809-44.726-14.592
20.21410.0621-0.03370.2842-0.02140.12880.0030.04270.0218-0.02290.01650.01040.001-0.0249-0.01950.0851-0.0122-0.01870.08660.00730.0101-18.5-20.895-29.552
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1B4 - 12
2X-RAY DIFFRACTION1B345 - 618
3X-RAY DIFFRACTION2B13 - 344

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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