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- PDB-4hx2: Crystal structure of Streptomyces caespitosus sermetstatin in com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hx2
タイトルCrystal structure of Streptomyces caespitosus sermetstatin in complex with Bacillus licheniformis subtilisin
要素
  • KerA
  • Neutral proteinase inhibitor ScNPI
キーワードHydrolase/Hydrolase Inhibitor / Streptomyces subtilisin inhibitor fold / Subtilisin Carlsberg / Hydrolase-Hydrolase Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


serine-type endopeptidase inhibitor activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Subtilisin Inhibitor / Subtilisin inhibitor-like / Proteinase inhibitor I16, Streptomyces subtilisin-type inhibitor / Subtilisin inhibitor / Subtilisin inhibitor-like superfamily / Subtilisin inhibitor-like / Subtilisin Carlsberg-like catalytic domain / Peptidase S8/S53 domain / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 superfamily / Peptidase S8, subtilisin, His-active site ...Subtilisin Inhibitor / Subtilisin inhibitor-like / Proteinase inhibitor I16, Streptomyces subtilisin-type inhibitor / Subtilisin inhibitor / Subtilisin inhibitor-like superfamily / Subtilisin inhibitor-like / Subtilisin Carlsberg-like catalytic domain / Peptidase S8/S53 domain / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 superfamily / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site / Serine proteases, subtilase family, serine active site. / Peptidase S8, subtilisin, Ser-active site / Serine proteases, subtilase domain profile. / Peptidase S8, subtilisin-related / Peptidase S8/S53 domain superfamily / Subtilase family / Peptidase S8/S53 domain / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(2R,2'R)-3,3'-oxydipropane-1,2-diol / ACETATE ION / CACODYLATE ION / ISOPROPYL ALCOHOL / : / PHOSPHATE ION / KerA / Neutral proteinase inhibitor ScNPI
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces caespitosus (バクテリア)
Bacillus licheniformis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Trillo-Muyo, S. / Martinez-Rodriguez, S. / Arolas, J.L. / Gomis-Ruth, F.X.
引用ジャーナル: CHEM SCI / 年: 2013
タイトル: Mechanism of action of a Janus-faced single-domain protein inhibitor simultaneously targeting two peptidase classes
著者: Trillo-Muyo, S. / Martinez-Rodriguez, S. / Arolas, J.L. / Gomis-Ruth, F.X.
履歴
登録2012年11月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年12月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年2月20日Group: Database references
改定 1.22013年2月27日Group: Database references
改定 1.32017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: KerA
B: Neutral proteinase inhibitor ScNPI
C: KerA
D: Neutral proteinase inhibitor ScNPI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,68622
ポリマ－78,4594
非ポリマー1,22618
水6,467359
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)183.969, 83.624, 77.617
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.78, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細dimer of dimer

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 KerA / Subtilisin


分子量: 27306.199 Da / 分子数: 2 / 断片: Mature protease / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus licheniformis (バクテリア) / 参照: UniProt: Q9FDF2, subtilisin
#2: タンパク質 Neutral proteinase inhibitor ScNPI / Sermetstatin


分子量: 11923.354 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces caespitosus (バクテリア)
遺伝子: ScNPI / プラスミド: pET32a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami / 参照: UniProt: Q9FDS0

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非ポリマー , 11種, 377分子

#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-1AX / (2R,2'R)-3,3'-oxydipropane-1,2-diol


分子量: 166.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O5
#7: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#8: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#9: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#10: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#11: 化合物 ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン


分子量: 136.989 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6AsO2
#12: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#13: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 359 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.42 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M cacodylate, 0.2 M zinc acetate dihydrate, 10% (v/v) 2-propanol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月25日
放射モノクロメーター: Si(311) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→48.6 Å / Num. all: 52346 / Num. obs: 52346 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 44.11 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 13.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ProDCデータ収集
PHASER位相決定
BUSTER2.11.2精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1SBC, 4HWX

1sbc

4hwx


解像度: 2.25→32.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9296 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9143 / SU R Cruickshank DPI: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2167 797 1.52 %RANDOM
Rwork0.1767 ---
all0.177 52284 --
obs0.1772 52284 99.91 %-
原子変位パラメータBiso mean: 51.65 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-11.1322 Å20 Å29.5182 Å2
2---16.7826 Å20 Å2
3---5.6504 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.326 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→32.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5483 0 58 359 5900
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.015630HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.127692HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2448SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes119HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes857HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5630HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd13SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.42
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.52
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion773SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6525SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.31 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2602 52 1.36 %
Rwork0.2264 3765 -
all0.2268 3817 -
obs--99.91 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.54280.50370.52571.4240.13123.07370.0244-0.0761-0.06240.001-0.070.0518-0.006-0.38710.0456-0.1476-0.0502-0.0207-0.01960.0031-0.1132-26.0192-23.6736-0.5288
23.4916-0.95552.60770.1656-0.55843.35030.1164-0.2356-0.1979-0.10280.07550.03590.1269-0.2419-0.1918-0.0804-0.0744-0.01960.07770.0028-0.0516-5.8921-22.161825.8442
33.38990.94160.50221.43180.00142.03330.1590.4665-0.8616-0.0481-0.098-0.13740.25430.1633-0.061-0.06780.0748-0.066-0.0538-0.20520.11541.08251.026233.5528
43.26440.54550.03681.67150.20691.3860.0286-0.33110.28920.14260.0709-0.0942-0.0821-0.1597-0.0995-0.0001-0.0253-0.08180.0057-0.07620.06638.5003-5.476835.455
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 275
2X-RAY DIFFRACTION1A301
3X-RAY DIFFRACTION1A302
4X-RAY DIFFRACTION2B-1 - 113
5X-RAY DIFFRACTION3C1 - 275
6X-RAY DIFFRACTION3C301
7X-RAY DIFFRACTION3C302
8X-RAY DIFFRACTION4D4 - 113

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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