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- PDB-4hnp: Crystal structure of yeast 20S proteasome in complex with vinylke... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hnp
タイトルCrystal structure of yeast 20S proteasome in complex with vinylketone carmaphycin analogue VNK1
要素(Proteasome component ...) x 14
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / proteasome / inhibitor / carmaphycin / epoxyketone / vinylketone / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ER-Phagosome pathway / Antigen processing: Ub, ATP-independent proteasomal degradation / proteasome core complex assembly / nuclear outer membrane-endoplasmic reticulum membrane network / Proteasome assembly / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / Ubiquitin-Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Regulation of PTEN stability and activity / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process ...ER-Phagosome pathway / Antigen processing: Ub, ATP-independent proteasomal degradation / proteasome core complex assembly / nuclear outer membrane-endoplasmic reticulum membrane network / Proteasome assembly / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / Ubiquitin-Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Regulation of PTEN stability and activity / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / KEAP1-NFE2L2 pathway / Neddylation / Orc1 removal from chromatin / MAPK6/MAPK4 signaling / proteasome storage granule / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / Ub-specific processing proteases / endopeptidase activator activity / proteasome assembly / threonine-type endopeptidase activity / proteasome core complex, alpha-subunit complex / Neutrophil degranulation / proteasome complex / peroxisome / endopeptidase activity / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / mRNA binding / endoplasmic reticulum membrane / mitochondrion / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain / Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1 / Proteasome beta subunit, C-terminal / Proteasome beta subunits C terminal / Proteasome subunit beta 4 / Proteasome subunit beta 2 / Proteasome beta 3 subunit / Proteasome subunit alpha5 / Proteasome subunit alpha6 / Proteasome beta-type subunits signature. ...Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain / Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1 / Proteasome beta subunit, C-terminal / Proteasome beta subunits C terminal / Proteasome subunit beta 4 / Proteasome subunit beta 2 / Proteasome beta 3 subunit / Proteasome subunit alpha5 / Proteasome subunit alpha6 / Proteasome beta-type subunits signature. / Peptidase T1A, proteasome beta-subunit / Proteasome beta-type subunit, conserved site / Proteasome subunit A N-terminal signature / Proteasome alpha-type subunits signature. / Proteasome alpha-subunit, N-terminal domain / Proteasome subunit A N-terminal signature Add an annotation / Proteasome B-type subunit / Proteasome beta-type subunit profile. / : / Proteasome alpha-type subunit / Proteasome alpha-type subunit profile. / Proteasome subunit / Proteasome, subunit alpha/beta / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-HEXANOYL-L-VALYL-N~1~-[(3S,4S)-3-HYDROXY-2,6-DIMETHYLHEPT-1-EN-4-YL]-N~5~,N~5~-DIMETHYL-L-GLUTAMAMIDE / N-HEXANOYL-L-VALYL-N~1~-[(3S,4S)-3-HYDROXY-2,6-DIMETHYLHEPTAN-4-YL]-N~5~,N~5~-DIMETHYL-L-GLUTAMAMIDE / Chem-ONK / Chem-VNK / Probable proteasome subunit alpha type-7 / Proteasome subunit alpha type-1 / Proteasome subunit beta type-4 / Proteasome subunit alpha type-3 / Proteasome subunit alpha type-2 / Proteasome subunit beta type-6 ...N-HEXANOYL-L-VALYL-N~1~-[(3S,4S)-3-HYDROXY-2,6-DIMETHYLHEPT-1-EN-4-YL]-N~5~,N~5~-DIMETHYL-L-GLUTAMAMIDE / N-HEXANOYL-L-VALYL-N~1~-[(3S,4S)-3-HYDROXY-2,6-DIMETHYLHEPTAN-4-YL]-N~5~,N~5~-DIMETHYL-L-GLUTAMAMIDE / Chem-ONK / Chem-VNK / Probable proteasome subunit alpha type-7 / Proteasome subunit alpha type-1 / Proteasome subunit beta type-4 / Proteasome subunit alpha type-3 / Proteasome subunit alpha type-2 / Proteasome subunit beta type-6 / Proteasome subunit beta type-2 / Proteasome subunit beta type-3 / Proteasome subunit beta type-5 / Proteasome subunit beta type-7 / Proteasome subunit alpha type-5 / Proteasome subunit beta type-1 / Proteasome subunit alpha type-6 / Proteasome subunit alpha type-4
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Trivella, D.B.B. / Stein, M. / Groll, M.
引用ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2014
タイトル: Enzyme inhibition by hydroamination: design and mechanism of a hybrid carmaphycin-syringolin enone proteasome inhibitor.
著者: Trivella, D.B. / Pereira, A.R. / Stein, M.L. / Kasai, Y. / Byrum, T. / Valeriote, F.A. / Tantillo, D.J. / Groll, M. / Gerwick, W.H. / Moore, B.S.
履歴
登録2012年10月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月2日Group: Database references
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_molecule / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Proteasome component Y7
B: Proteasome component Y13
C: Proteasome component PRE6
D: Proteasome component PUP2
E: Proteasome component PRE5
F: Proteasome component C1
G: Proteasome component C7-alpha
H: Proteasome component PUP1
I: Proteasome component PUP3
J: Proteasome component C11
K: Proteasome component PRE2
L: Proteasome component C5
M: Proteasome component PRE4
N: Proteasome component PRE3
O: Proteasome component Y7
P: Proteasome component Y13
Q: Proteasome component PRE6
R: Proteasome component PUP2
S: Proteasome component PRE5
T: Proteasome component C1
U: Proteasome component C7-alpha
V: Proteasome component PUP1
W: Proteasome component PUP3
X: Proteasome component C11
Y: Proteasome component PRE2
Z: Proteasome component C5
a: Proteasome component PRE4
b: Proteasome component PRE3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)707,27934
ポリマ－704,20628
非ポリマー3,0726
水13,511750
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area120640 Å2
ΔGint-367 kcal/mol
Surface area218290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)135.850, 301.360, 144.460
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 112.820, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21O
12J
22X
13K
23Y
14L
24Z
15M
25a
16N
26b
17B
27P
18C
28Q
19D
29R
110E
210S
111F
211T
112G
212U
113H
213V
114I
214W

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1114A1 - 250
2114O1 - 250
1124J1 - 198
2124X1 - 198
1134K1 - 222
2134Y1 - 222
1144L1 - 222
2144Z1 - 222
1154M1 - 233
2154a1 - 233
1164N1 - 196
2164b1 - 196
1174B1 - 244
2174P1 - 244
1184C1 - 241
2184Q1 - 241
1194D1 - 242
2194R1 - 242
11104E1 - 233
21104S1 - 233
11114F1 - 244
21114T1 - 244
11124G1 - 243
21124U1 - 243
11134H1 - 222
21134V1 - 222
11144I1 - 204
21144W1 - 204

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14

-
要素

-
Proteasome component ... , 14種, 28分子 AOBPCQDRESFTGUHVIWJXKYLZMaNb

#1: タンパク質 Proteasome component Y7 / Macropain subunit Y7 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit Y7 / Proteinase YSCE subunit 7


分子量: 27191.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P23639, proteasome endopeptidase complex
#2: タンパク質 Proteasome component Y13 / Macropain subunit Y13 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit Y13 / Proteinase YSCE subunit 13


分子量: 27050.416 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P23638, proteasome endopeptidase complex
#3: タンパク質 Proteasome component PRE6 / Macropain subunit PRE6 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PRE6 / Proteinase YSCE subunit PRE6


分子量: 26903.330 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40303, proteasome endopeptidase complex
#4: タンパク質 Proteasome component PUP2 / Macropain subunit PUP2 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PUP2 / Proteinase YSCE subunit PUP2


分子量: 26544.789 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P32379, proteasome endopeptidase complex
#5: タンパク質 Proteasome component PRE5 / Macropain subunit PRE5 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PRE5 / Proteinase YSCE subunit PRE5


分子量: 25502.805 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40302, proteasome endopeptidase complex
#6: タンパク質 Proteasome component C1 / Macropain subunit C1 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit C1 / Proteinase YSCE subunit 1


分子量: 26892.482 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P21242, proteasome endopeptidase complex
#7: タンパク質 Proteasome component C7-alpha / Macropain subunit C7-alpha / Multicatalytic endopeptidase complex C7 / Proteasome component Y8 / ...Macropain subunit C7-alpha / Multicatalytic endopeptidase complex C7 / Proteasome component Y8 / Proteinase YSCE subunit 7 / SCL1 suppressor protein


分子量: 27316.037 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P21243, proteasome endopeptidase complex
#8: タンパク質 Proteasome component PUP1 / Macropain subunit PUP1 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PUP1 / Proteinase YSCE subunit PUP1


分子量: 23987.254 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P25043, proteasome endopeptidase complex
#9: タンパク質 Proteasome component PUP3 / Macropain subunit PUP3 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PUP3


分子量: 22496.645 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P25451, proteasome endopeptidase complex
#10: タンパク質 Proteasome component C11 / Macropain subunit C11 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit C11 / Proteinase YSCE subunit 11


分子量: 22545.676 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P22141, proteasome endopeptidase complex
#11: タンパク質 Proteasome component PRE2 / Macropain subunit PRE2 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PRE2 / Proteinase YSCE subunit PRE2


分子量: 23325.248 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P30656, proteasome endopeptidase complex
#12: タンパク質 Proteasome component C5 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit C5


分子量: 24883.928 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P23724, proteasome endopeptidase complex
#13: タンパク質 Proteasome component PRE4 / Macropain subunit PRE4 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PRE4 / Proteinase YSCE subunit PRE4


分子量: 25945.496 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P30657, proteasome endopeptidase complex
#14: タンパク質 Proteasome component PRE3 / Macropain subunit PRE3 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PRE3 / Proteinase YSCE subunit PRE3


分子量: 21517.186 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38624, proteasome endopeptidase complex

-
非ポリマー , 3種, 756分子

#15: 化合物 ChemComp-ONK / N-hexanoyl-L-valyl-N~1~-[(3S,4S)-3-hydroxy-2,6-dimethylhept-1-en-4-yl]-N~5~,N~5~-dimethyl-L-glutamamide / vinylketone carmaphycin analogue VNK1, single bound form


タイプ: peptide-like, Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 510.710 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H50N4O5
詳細: vinylketone carmaphycin analogue VNK1, single bound form
参照: N-HEXANOYL-L-VALYL-N~1~-[(3S,4S)-3-HYDROXY-2,6-DIMETHYLHEPT-1-EN-4-YL]-N~5~,N~5~-DIMETHYL-L-GLUTAMAMIDE
#16: 化合物
ChemComp-VNK / N-hexanoyl-L-valyl-N~1~-[(3S,4S)-3-hydroxy-2,6-dimethylheptan-4-yl]-N~5~,N~5~-dimethyl-L-glutamamide / vinylketone carmaphycin analogue VNK1, double bound form


タイプ: Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 512.726 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H52N4O5
詳細: vinylketone carmaphycin analogue VNK1, double bound form
参照: N-HEXANOYL-L-VALYL-N~1~-[(3S,4S)-3-HYDROXY-2,6-DIMETHYLHEPTAN-4-YL]-N~5~,N~5~-DIMETHYL-L-GLUTAMAMIDE
#17: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 750 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.22 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 30 mM of magnesium acetate, 100 mM of MES (pH 7.2) and 12% of MPD, vapor diffusion, temperature 297K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年6月2日
放射モノクロメーター: Double Multilayer Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→48.42 Å / Num. obs: 257429 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 56.903 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 8.76
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
2.8-2.90.4852.56823612562897.8
2.9-30.3793.08741542235598.4
3-3.10.2933.84675841969898.7
3.1-3.50.1765.621896995781098.3
3.5-40.1059.381442504355598.3
4-50.07313.511407634315698.3
5-60.06815.15651721916798.5
6-100.06216.5662692043897.3
10-200.05917.8115761496896.7
20-400.0619.23215261695.1
400.06917.61143836.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→48.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 32.038 / SU ML: 0.273 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.633 / ESU R Free: 0.311 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2389 12815 5 %RANDOM
Rwork0.2031 ---
obs0.2048 257418 98.31 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 160.5 Å2 / Biso mean: 65.0692 Å2 / Biso min: 20 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.94 Å20 Å2-1.91 Å2
2---7.77 Å20 Å2
3---3.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→48.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数49538 0 216 750 50504
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.02250652
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.951.96868534
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.91256333
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.87724.4082264
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.433158771
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.03415288
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0620.27717
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.02138080
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.1621.531473
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.315250634
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.435319179
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.7954.517900
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A1907MEDIUM POSITIONAL0.150.5
1A1907MEDIUM THERMAL0.12
2J1585MEDIUM POSITIONAL0.180.5
2J1585MEDIUM THERMAL0.132
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3K1680MEDIUM THERMAL0.122
4L1757MEDIUM POSITIONAL0.140.5
4L1757MEDIUM THERMAL0.122
5M1824MEDIUM POSITIONAL0.150.5
5M1824MEDIUM THERMAL0.122
6N1548MEDIUM POSITIONAL0.140.5
6N1548MEDIUM THERMAL0.112
7B1904MEDIUM POSITIONAL0.170.5
7B1904MEDIUM THERMAL0.112
8C1890MEDIUM POSITIONAL0.180.5
8C1890MEDIUM THERMAL0.082
9D1861MEDIUM POSITIONAL0.190.5
9D1861MEDIUM THERMAL0.092
10E1795MEDIUM POSITIONAL0.150.5
10E1795MEDIUM THERMAL0.092
11F1896MEDIUM POSITIONAL0.160.5
11F1896MEDIUM THERMAL0.112
12G1921MEDIUM POSITIONAL0.180.5
12G1921MEDIUM THERMAL0.12
13H1720MEDIUM POSITIONAL0.150.5
13H1720MEDIUM THERMAL0.112
14I1581MEDIUM POSITIONAL0.130.5
14I1581MEDIUM THERMAL0.122
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.872 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.355 981 -
Rwork0.315 17905 -
all-18886 -
obs--97.82 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.5443-0.76340.67872.2149-0.24421.383-0.0694-0.1440.08550.42650.0262-0.5363-0.24720.1880.04320.3759-0.1375-0.05460.2447-0.0420.312967.4845-92.526545.7949
21.60030.3253-0.05963.15580.18312.189-0.1129-0.04330.1449-0.19710.0651-0.6523-0.26920.49950.04780.3309-0.0660.10330.31390.08330.232859.8558-88.313316.203
31.53920.2041-0.01262.87930.20322.4375-0.02720.37760.3955-0.63090.1603-0.1218-0.41660.2689-0.13310.4355-0.00620.02280.29840.13160.288232.3976-87.68510.6166
41.73310.4184-0.89182.51380.20110.70780.00670.00690.2445-0.1918-0.02480.4705-0.20380.05630.01820.30630.1114-0.10330.26440.13040.55223.8586-90.698414.2644
51.02050.33370.5281.16690.33881.839-0.0906-0.01030.28340.12590.01690.6699-0.3436-0.33610.07370.36260.12440.23240.3550.00060.708-2.456-94.174445.6208
62.2820.32990.10360.9254-0.12951.7579-0.0208-0.38820.2890.4780.06460.4035-0.1741-0.4063-0.04370.62640.04470.34860.3753-0.10320.28515.9972-94.995169.7279
71.8392-0.056-0.3221.85610.26631.73260.0342-0.36980.09480.6522-0.04-0.1917-0.22190.04770.00580.6601-0.0926-0.03370.2327-0.09780.155348.2753-93.5570.9643
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90.7378-0.3563-0.21562.44370.5451.69870.05730.0504-0.03030.0212-0.073-0.709-0.09050.15860.01570.1247-0.02880.09220.24840.02780.367468.5563-128.146620.6605
102.477-0.08220.52973.38080.18270.5796-0.02040.2755-0.0477-0.5970.0742-0.15360.04620.007-0.05380.360.01150.11870.28510.01540.050145.016-127.1019-1.2018
111.28140.67340.10542.1980.6581.1340.01110.28240.0233-0.53480.11290.4655-0.0985-0.0742-0.1240.23410.0363-0.21160.24960.07980.279511.1401-131.48672.2368
121.0490.36350.27461.27430.09420.78050.074-0.04160.03930.00570.02310.5946-0.0397-0.17-0.09720.06850.05940.01610.25140.06190.5191-3.9542-134.575628.6118
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141.90250.2666-0.10782.4054-0.04410.74980.1206-0.18490.03080.6044-0.0034-0.0857-0.13850.0201-0.11720.5953-0.089-0.03510.2272-0.01510.025940.2471-134.524670.5182
152.49-0.6737-0.68142.55030.6371.3883-0.0852-0.0879-0.15140.35420.05060.5410.2606-0.25480.03460.3132-0.1207-0.17020.25280.11230.43221.8284-206.925936.7152
161.76670.68330.57262.7340.16962.4176-0.1381-0.0104-0.1148-0.15660.11150.47750.1169-0.38050.02660.3712-0.0405-0.19260.2644-0.07030.37118.5767-205.90036.6438
171.39720.30670.02131.8928-0.04382.28340.05150.5282-0.4008-0.82770.09020.25240.4514-0.2572-0.14160.75160.0513-0.12070.3942-0.20650.502435.9495-204.0726-9.5162
182.09140.31641.04292.9654-0.03320.59360.07090.0638-0.1173-0.4524-0.0723-0.2550.1981-0.00510.00140.53180.15120.18630.334-0.13220.478164.8715-203.20674.0034
190.95070.3166-0.43151.2171-0.97421.51870.0140.1281-0.3624-0.0717-0.0596-0.67410.3390.38570.04560.30710.1694-0.15760.421-0.12810.927871.8806-205.072335.2546
202.12040.42620.1841.66870.15041.90750.148-0.2328-0.48070.36750.0038-0.55390.19790.312-0.15180.48260.0192-0.35190.20810.12570.476753.9153-208.371759.4787
211.6337-0.18320.02712.4066-0.30651.9511-0.0241-0.2617-0.17960.54060.02590.18510.1521-0.0295-0.00170.4638-0.0499-0.14420.15570.10690.271621.8801-210.326361.0979
220.8291-0.11960.36021.0353-0.46510.45620.1422-0.0266-0.15380.11730.03160.55140.0907-0.1495-0.17380.2459-0.05140.08430.30950.02690.46931.7971-169.883145.4474
231.2379-0.31840.29172.5413-0.61151.61330.07650.0018-0.0238-0.04350.03390.63910.0838-0.1525-0.11040.138-0.0242-0.17910.19410.0060.42040.2641-167.51218.0201
242.4491-0.2669-0.30482.81270.01620.49910.02280.26940.0083-0.64510.03620.1656-0.01780.0493-0.0590.40740.0131-0.15010.276-0.02210.106723.3641-164.7435-4.2366
251.37360.84560.12262.9144-0.4541.0185-0.00070.2489-0.0495-0.63730.0834-0.44660.14220.1767-0.08260.28920.06990.20780.3279-0.06270.213357.2366-161.0979-0.7423
261.110.4592-0.24441.5798-0.06981.08240.07260.1079-0.07840.0132-0.0303-0.68250.01710.2305-0.04230.0290.07690.02060.3083-0.01320.533273.0582-162.419825.2893
271.2499-0.0273-0.01751.79750.23470.87460.0351-0.1768-0.12190.5638-0.0173-0.49650.01580.1116-0.01780.3331-0.0242-0.27870.19830.05820.274361.7548-164.436157.4823
281.9240.13340.06981.97180.65951.17980.1233-0.1816-0.11580.5944-0.0420.15450.1157-0.1-0.08130.5347-0.0773-0.02210.21160.06680.060529.8746-169.694267.5621
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 250
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 244
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 241
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 242
5X-RAY DIFFRACTION5E1 - 233
6X-RAY DIFFRACTION6F1 - 244
7X-RAY DIFFRACTION7G1 - 243
8X-RAY DIFFRACTION8H1 - 222
9X-RAY DIFFRACTION9I1 - 204
10X-RAY DIFFRACTION10J1 - 198
11X-RAY DIFFRACTION11K1 - 212
12X-RAY DIFFRACTION12L1 - 222
13X-RAY DIFFRACTION13M1 - 233
14X-RAY DIFFRACTION14N1 - 196
15X-RAY DIFFRACTION15O1 - 250
16X-RAY DIFFRACTION16P1 - 244
17X-RAY DIFFRACTION17Q1 - 241
18X-RAY DIFFRACTION18R1 - 242
19X-RAY DIFFRACTION19S1 - 233
20X-RAY DIFFRACTION20T1 - 244
21X-RAY DIFFRACTION21U1 - 243
22X-RAY DIFFRACTION22V1 - 222
23X-RAY DIFFRACTION23W1 - 204
24X-RAY DIFFRACTION24X1 - 198
25X-RAY DIFFRACTION25Y1 - 212
26X-RAY DIFFRACTION26Z1 - 222
27X-RAY DIFFRACTION27a1 - 233
28X-RAY DIFFRACTION28b1 - 196

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る