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- PDB-4hib: Crystal structure of human orotidine 5'-monophosphate decarboxyla... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hib
タイトルCrystal structure of human orotidine 5'-monophosphate decarboxylase complexed with CMP-N4-OH
要素Uridine 5'-monophosphate synthase
キーワードLYASE/LYASE INHIBITOR / alpa-beta barrel / tim barrel / decarboxylase / LYASE-LYASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


UMP biosynthetic process / orotate phosphoribosyltransferase / orotate phosphoribosyltransferase activity / pyrimidine nucleobase biosynthetic process / Pyrimidine biosynthesis / orotidine-5'-phosphate decarboxylase / orotidine-5'-phosphate decarboxylase activity / UDP biosynthetic process / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process ...UMP biosynthetic process / orotate phosphoribosyltransferase / orotate phosphoribosyltransferase activity / pyrimidine nucleobase biosynthetic process / Pyrimidine biosynthesis / orotidine-5'-phosphate decarboxylase / orotidine-5'-phosphate decarboxylase activity / UDP biosynthetic process / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / lactation / female pregnancy / cellular response to xenobiotic stimulus / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Orotate phosphoribosyl transferase domain / Orotate phosphoribosyltransferase / Purine/pyrimidine phosphoribosyl transferases signature. / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase, active site / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase active site. / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase domain / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family / Phosphoribosyl transferase domain ...Orotate phosphoribosyl transferase domain / Orotate phosphoribosyltransferase / Purine/pyrimidine phosphoribosyl transferases signature. / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase, active site / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase active site. / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase domain / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family / Phosphoribosyl transferase domain / Phosphoribosyltransferase-like / Phosphoribosyltransferase domain / Ribulose-phosphate binding barrel / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-hydroxycytidine 5'-(dihydrogen phosphate) / Uridine 5'-monophosphate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者To, T.K. / Kotra, L.P. / Pai, E.F.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2012
タイトル: Novel cytidine-based orotidine-5'-monophosphate decarboxylase inhibitors with an unusual twist.
著者: Purohit, M.K. / Poduch, E. / Wei, L.W. / Crandall, I.E. / To, T. / Kain, K.C. / Pai, E.F. / Kotra, L.P.
履歴
登録2012年10月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年11月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年12月19日Group: Database references
改定 2.02021年8月4日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.12023年9月20日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uridine 5'-monophosphate synthase
B: Uridine 5'-monophosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,9507
ポリマ－68,1082
非ポリマー8415
水2,090116
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4250 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area18340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.780, 61.640, 71.370
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.08, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Uridine 5'-monophosphate synthase / UMP synthase / Orotate phosphoribosyltransferase / OPRT / OPRTase / Orotidine 5'-phosphate ...UMP synthase / Orotate phosphoribosyltransferase / OPRT / OPRTase / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / ODC / OMPdecase


分子量: 34054.156 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 190-480 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UMPS, OK/SW-cl.21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P11172, orotidine-5'-phosphate decarboxylase
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-16B / N-hydroxycytidine 5'-(dihydrogen phosphate) / N-ヒドロキシシチジン5′-りん酸


タイプ: RNA linking / 分子量: 339.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N3O9P
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1.6M-1.7M Ammonium sulphate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年1月26日
詳細: DCM with cryo-cooled 1st crystal sagittally bent 2nd crystal followed by vertically focusing
放射モノクロメーター: 20mm hydrid small gap in-vacuum undulator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.54→50 Å / Num. obs: 70712 / % possible obs: 85 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 31.727 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 13.96
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
1.54-1.580.0150.4430502002132.7
1.58-1.620.0150.8262192834147.3
1.62-1.670.0151.0180773453159.8
1.67-1.720.0151.36100634080172
1.72-1.780.0151.74124294610184.6
1.78-1.840.0152.67155584943193
1.84-1.910.0153.79201435062199.7
1.91-1.990.0155.83203644940199.7
1.99-2.080.0157.65194844701199.8
2.08-2.180.01510.36188404514199.8
2.18-2.30.01512.77179074287199.7
2.3-2.430.01516.19169424039199.7
2.43-2.60.01519.84159903819199.7
2.6-2.810.01523.35149913579199.8
2.81-3.080.01529.4138133290199.8
3.08-3.440.01536.19124292978199.7
3.44-3.980.01542.53109552621199.7
3.98-4.870.01545.8993442239199.6
4.87-6.890.01544.5172391741199.8
6.89-1000.01547.913904980198.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.1 Å45.09 Å
Translation2.1 Å45.09 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
Macromolecularcrystallography data collector softwareデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2qcm

2qcm


解像度: 1.8→66.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / WRfactor Rfree: 0.2238 / WRfactor Rwork: 0.1886 / Occupancy max: 1 / FOM work R set: 0.8286 / SU B: 2.968 / SU ML: 0.092 / SU R Cruickshank DPI: 0.1283 / SU Rfree: 0.1222 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.128 / ESU R Free: 0.122 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.223 2633 5.1 %RANDOM
Rwork0.19 ---
obs0.1952 50390 99.02 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 71.52 Å2 / Biso mean: 29.1315 Å2 / Biso min: 5.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.44 Å20 Å21.81 Å2
2---1.68 Å20 Å2
3---1.59 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→66.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3916 0 52 116 4084
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0280.0224166
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2152.0075656
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4435544
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.42623.772167
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.67615743
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.761529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2680.2656
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0213055
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3641.52579
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.17724139
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.66731587
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.2624.51501
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.311 178 -
Rwork0.274 3283 -
all-3461 -
obs--90.06 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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