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万見
- PDB-4gjs: Streptavidin-K121H -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gjs
タイトルStreptavidin-K121H
要素Streptavidin
キーワードBiotin-binding protein / artificial metalloenyzme / artificial transfer hydrogenase / beta barrel / tetramer / biotin / iridium pentamethylcyclopentadienyl
機能・相同性
機能・相同性情報


biotin binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Avidin-like / : / Avidin-like, conserved site / Avidin-like domain signature. / Avidin / Avidin/streptavidin / Avidin-like superfamily / Avidin family / Avidin-like domain profile. / Lipocalin ...Avidin-like / : / Avidin-like, conserved site / Avidin-like domain signature. / Avidin / Avidin/streptavidin / Avidin-like superfamily / Avidin family / Avidin-like domain profile. / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0OD / Rhodium / Streptavidin
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces avidinii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Heinisch, T. / Schirmer, T.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2013
タイトル: A dual anchoring strategy for the localization and activation of artificial metalloenzymes based on the biotin-streptavidin technology.
著者: Zimbron, J.M. / Heinisch, T. / Schmid, M. / Hamels, D. / Nogueira, E.S. / Schirmer, T. / Ward, T.R.
履歴
登録2012年8月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年2月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年4月10日Group: Database references
改定 1.22013年4月24日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Streptavidin
B: Streptavidin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,5636
ポリマ－33,1582
非ポリマー1,4054
水5,891327
1
A: Streptavidin
B: Streptavidin
ヘテロ分子

A: Streptavidin
B: Streptavidin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,12712
ポリマ－66,3164
非ポリマー2,8118
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_554-x,y,-z-11
Buried area9680 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area18720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.652, 81.331, 47.002
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.830, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-501-

HOH

21B-504-

HOH

31B-600-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A and (resseq 13:134 )
21chain B and (resseq 13:134 )

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Auth seq-ID: 13 - 134 / Label seq-ID: 13 - 134

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1chain 'A' and (resseq 13:134 )AA
2chain 'B' and (resseq 13:134 )BB

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要素

#1: タンパク質 Streptavidin


分子量: 16578.984 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces avidinii (バクテリア)
プラスミド: pLysS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P22629
#2: 化合物 ChemComp-0OD / trichloro{(1,2,3,4,5-eta)-1,2,3,4-tetramethyl-5-[2-({5-[(3aS,4S,6aR)-2-oxohexahydro-1H-thieno[3,4-d]imidazol-4-yl]pentanoyl}amino)ethyl]cyclopentadienyl}rhodium(1+) / [Cp*(Biot-methylene)RhCl(H2O)2]+


分子量: 599.827 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H32Cl3N3O2RhS
#3: 化合物 ChemComp-RH / Rhodium


分子量: 102.906 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Rh
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 327 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.4 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1 M MES, 19 % PEG500, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection数: 66292
反射解像度: 1.85→40.67 Å / Num. obs: 24972 / % possible obs: 98.46 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.65 % / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 5.9541
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique all% possible all
1.85-1.952.140.183.557608356196.35
1.95-2.072.550.163.688899349299.52
2.07-2.212.680.154.248703324699.55
2.21-2.392.760.124.968433305299.52
2.39-2.622.780.087.477765279699.19
2.62-2.932.80.078.167044251598.8
2.93-3.382.810.078.556267223198.61
3.38-4.142.830.069.095285186897.94
4.14-5.852.840.077.444072143297.01
5.85-40.672.840.15.55221677994.75

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALACCP4_3.3.20 2011/05/18データスケーリング
PHENIXdev_1050精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.85→28.321 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.11 / SU ML: 0.24 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 25.99 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.25 1277 5.12 %
Rwork0.203 --
obs0.205 24960 98.31 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 73.07 Å2 / Biso mean: 22.53 Å2 / Biso min: 6.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→28.321 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1828 0 60 327 2215
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A914X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.025
12B914X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.025
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5968-0.1462-0.32541.93760.17491.71740.0556-0.0644-0.09780.1122-0.0865-0.22890.08940.18250.00970.09090.0148-0.01910.06870.04170.223613.4001-13.2485-19.4834
22.02040.26690.14052.15580.28571.7890.06760.04170.0154-0.1275-0.0732-0.2764-0.14060.1643-0.00080.089-0.01280.02040.06850.02950.176213.46212.6569-25.9331
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and resid 13:134A13 - 134
2X-RAY DIFFRACTION2chain B and resid 13:134B13 - 134

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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