PDB-4gil: Crystal Structure of Pseudouridine Monophosphate Glycosidase/Line...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4gil

タイトル

Crystal Structure of Pseudouridine Monophosphate Glycosidase/Linear Pseudouridine 5'-Phosphate Adduct

要素

Pseudouridine-5'-phosphate glycosidase

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) / alpha-beta-alpha sandwich fold

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleobase catabolic process /

pseudouridylate synthase /

pseudouridylate synthase activity / hydrolase activity, acting on glycosyl bonds / manganese ion binding / protein-containing complex / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.539 Å

データ登録者

Huang, S. / Mahanta, N. / Begley, T.P. / Ealick, S.E.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: Pseudouridine monophosphate glycosidase: a new glycosidase mechanism.
著者: Huang, S. / Mahanta, N. / Begley, T.P. / Ealick, S.E.

履歴

登録	2012年8月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年10月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年1月2日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4gil.cif.gz	185.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4gil.ent.gz	142.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4gil.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gi/4gil ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gi/4gil	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4gijC 4gikC 4gimC 1vkmS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4gik-d 4gij-d 1vkm-1 4gim-d 3if5-1 2xqr-6 3ih8-1 3we7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Pseudouridine-5'-phosphate glycosidase

B: Pseudouridine-5'-phosphate glycosidase

C: Pseudouridine-5'-phosphate glycosidase

ヘテロ分子

108 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.472, 77.116, 200.219
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Pseudouridine-5'-phosphate glycosidase / pseudouridine monophosphate glycosidase / PsiMP glycosidase 分子量: 35623.652 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: b2165, JW2152, psuG, yeiN / プラスミド: THT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P33025, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物	ChemComp-KPS / pseudouridine 5'-phosphate, linear / 1-deoxy-1-(2,4-dioxo-1,2,3,4-tetrahydropyrimidin-5-yl)-5-O-phosphono-D-ribitol 分子量: 326.197 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₅N₂O₉P
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 207 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.6 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: PEG4000, Tris, sodium chloride, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9795 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月8日

放射

モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9795 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.539→50 Å / Num. all: 32383 / Num. obs: 32156 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 10.6

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2.539-2.63	3.7	0.478	1	97.9
2.63-2.74	3.8	0.381	1	98.3
2.74-2.86	3.9	0.3	1	98.8
2.86-3.01	3.9	0.218	1	99.2
3.01-3.2	3.9	0.153	1	99.6
3.2-3.45	4	0.104	1	99.5
3.45-3.79	4	0.073	1	99.9
3.79-4.34	4	0.063	1	99.9
4.34-5.47	3.9	0.055	1	99.8
5.47-50	3.7	0.04	1	99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.7.1_743	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1VKM

1vkm

解像度: 2.539→48.069 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.79 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 25.82 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2603	1655	5.16 %
R_work	0.1888	-	-
obs	0.1924	32069	99.23 %
all	-	32321	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 49.924 Å² / k_sol: 0.302 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	7.8937 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.084 Å²	0 Å²
3-	-	-	-7.9777 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.539→48.069 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6406	0	66	207	6679

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	6593
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.267	9014
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.985	2250
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.083	1124
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1169

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5388-2.6135	0.3432	133	0.2583	2433	X-RAY DIFFRACTION	97
2.6135-2.6979	0.3436	123	0.22	2480	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6979-2.7943	0.3369	154	0.228	2480	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7943-2.9061	0.3176	151	0.2054	2465	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9061-3.0384	0.3205	159	0.2169	2456	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0384-3.1986	0.2782	140	0.2021	2543	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1986-3.3989	0.2792	141	0.1968	2521	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3989-3.6612	0.2559	132	0.1995	2535	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6612-4.0295	0.2416	114	0.1694	2577	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0295-4.6122	0.2069	137	0.1457	2565	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6122-5.8093	0.2202	132	0.1709	2618	X-RAY DIFFRACTION	100
5.8093-48.0772	0.2395	139	0.1941	2741	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0265	-0.1126	-0.6134	0.5273	-0.0807	0.7707	-0.0988	0.4004	0.2261	-0.2026	0.0056	-0.6549	-0.261	0.6436	-0.2535	0.2443	-0.3265	0.0924	0.5326	-0.0557	0.6116	31.6206	-8.4369	-17.3822
2	1.358	-0.3299	-0.0012	0.7869	-0.9223	2.5509	-0.3016	0.2745	0.4929	-0.2692	0.0341	-0.0287	-0.6259	0.2561	0.1237	0.4817	-0.2202	-0.0105	0.3123	0.0521	0.3913	18.8909	-0.4851	-17.3861
3	1.3652	0.5554	1.1041	2.8307	1.8075	1.6079	-0.2155	0.44	0.4235	-0.1893	0.0011	0.0444	-0.5375	-0.0173	-0.4428	0.678	-0.2845	0.1106	0.5066	0.1819	0.39	16.1845	-1.5477	-27.682
4	1.1067	-0.0192	0.0565	1.3399	0.2305	1.2269	-0.1115	0.3485	0.0371	-0.2745	0.1575	-0.1018	-0.2421	0.2181	0.0258	0.1494	-0.0937	0.0043	0.2796	-0.0273	0.1926	10.0941	-15.7108	-19.1481
5	1.6657	0.0381	0.0662	0.78	-0.1003	1.6448	-0.1377	-0.1774	-0.0775	-0.0021	0.124	-0.1932	-0.0761	0.1626	0.0317	0.1015	-0.0536	0.0097	0.1431	-0.0191	0.2222	12.5312	-21.299	-4.7939
6	2.0527	0.1588	0.1362	0.8324	0.2296	1.6419	-0.0375	0.2059	0.2994	-0.1363	0.0034	0.096	-0.35	-0.1811	-0.0155	0.1808	-0.0057	-0.017	0.1917	0.0168	0.2454	5.6636	-7.2911	-13.4062
7	0.477	0.357	0.5092	1.8399	0.1815	0.5682	0.2071	0.0799	-0.7704	0.2905	0.1677	-0.1502	0.7451	0.2025	-0.126	0.6781	0.0605	-0.1267	0.222	-0.0976	0.676	16.5679	-49.4887	-7.3241
8	0.8737	0.1326	0.4682	1.2959	0.347	1.2562	0.123	0.2315	-0.6774	0.0039	0.0923	-0.1552	0.696	0.0359	-0.0731	0.2779	-0.1472	-0.1116	0.0183	-0.2233	0.3932	8.7677	-41.2193	-15.3952
9	0.1636	0.208	0.1692	1.4911	0.1316	0.8728	0.1543	0.2693	-0.4099	-0.1724	0.182	0.1979	0.6508	-0.2158	0.1008	0.4405	-0.1964	-0.1288	0.3389	-0.1741	0.4437	0.0827	-46.5229	-20.2697
10	0.4048	-0.2474	0.4513	0.2456	-0.1869	0.5896	0.569	-0.0495	0.098	-0.0227	-0.0967	0.1831	0.4631	0.0818	-0.2522	0.759	0.0063	-0.1134	0.2418	-0.1236	0.6986	9.7354	-55.5859	-17.58
11	0.1431	-0.2718	-0.2105	1.4719	-0.5759	2.1446	0.0302	0.183	-0.1063	-0.7792	-0.0309	-0.2845	-0.0769	0.4118	-0.0967	0.6891	0.0107	0.1618	0.7213	-0.279	0.1291	21.6743	-35.5245	-51.3449
12	0.9919	0.062	0.0885	0.9415	-0.9303	0.9479	0.0547	0.6758	-0.0529	-0.4428	0.2303	-0.1622	0.3377	0.1237	0.0023	0.8494	0.0536	0.1442	0.8668	-0.2292	0.3887	20.4312	-34.8326	-55.5552
13	1.2253	-0.5863	-0.4129	0.9755	-0.3663	0.6108	0.187	0.6316	-0.2742	-0.7828	0.123	0.0118	0.2936	0.1595	0.1301	0.7442	-0.108	0.0925	0.7367	-0.3226	0.2453	14.1263	-38.0186	-44.909
14	0.7446	-0.2637	0.0445	1.2859	0.028	0.4292	0.0017	0.5458	0.122	-0.8437	0.237	0.0511	0.0442	0.1141	-0.1026	0.588	-0.2424	0.0022	0.594	-0.0321	0.1628	7.3609	-23.4526	-40.3677
15	0.4063	-0.3395	0.3472	0.9132	0.1688	0.6209	0.2164	0.3699	-0.0155	-0.8362	0.097	0.1244	-0.4977	0.2422	-0.0743	0.7782	-0.2607	0.1083	0.8068	0.004	0.0735	8.113	-23.1325	-49.2345

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 5:30)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 31:77)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 78:98)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 99:198)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 199:224)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 225:311)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resseq 4:57)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resseq 58:198)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resseq 199:283)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resseq 284:310)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resseq 8:42)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resseq 43:77)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resseq 78:139)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resseq 140:198)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resseq 199:310)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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