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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4gek | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of wild-type CmoA from E.coli | ||||||
要素 | tRNA (cmo5U34)-methyltransferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / Structural Genomics / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium / NYSGRC / Rossmann fold / synthase / SAM prephenate | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; カルボキシル基またはH2NCO-カルバモイル基を移すもの / carboxyl- or carbamoyltransferase activity / tRNA wobble uridine modification / S-adenosyl-L-methionine binding / methyltransferase activity / methylation 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å | ||||||
データ登録者 | Kim, J. / Toro, R. / Bonanno, J.B. / Bhosle, R. / Sampathkumar, P. / Almo, S.C. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC) | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2013 タイトル: Structure-guided discovery of the metabolite carboxy-SAM that modulates tRNA function 著者: Kim, J. / Xiao, H. / Bonanno, J.B. / Kalyanaraman, C. / Brown, S. / Tang, X. / Al-Obaidi, N.F. / Patskovsky, Y. / Babbitt, P.C. / Jacobson, M.P. / Lee, Y.-S. / Almo, S.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4gek.cif.gz | 120.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4gek.ent.gz | 91.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4gek.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4gek_validation.pdf.gz | 1011.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4gek_full_validation.pdf.gz | 1014.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4gek_validation.xml.gz | 24.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4gek_validation.cif.gz | 36.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ge/4gek ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ge/4gek | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1im8S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29544.537 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 substr. MG1655 / 遺伝子: cmoA / プラスミド: LIC pET46a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) 参照: UniProt: C3T5M2*PLUS, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.75 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.2M Li2SO4, 0.1M Bis-Tris:HCl pH 5.5, 25% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月23日 |
放射 | モノクロメーター: Double silicon(111) crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 76870 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 29.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1IM8 解像度: 1.5→44.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 1.185 / SU ML: 0.045 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.073 / ESU R Free: 0.075 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.346 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→44.18 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
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