+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4frg | ||||||
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Title | Crystal structure of the cobalamin riboswitch aptamer domain | ||||||
Components | cobalamin riboswitch aptamer domain | ||||||
Keywords | RNA / cobalamin / riboswitch / B12 | ||||||
Function / homology | Hydroxocobalamin / IRIDIUM (III) ION / RNA / RNA (> 10) Function and homology information | ||||||
Biological species | Marine metagenome (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MAD / Resolution: 2.95 Å | ||||||
Authors | Reyes, F.E. / Johnson, J.E. / Polaski, J.T. / Batey, R.T. | ||||||
Citation | Journal: Nature / Year: 2012 Title: B12 cofactors directly stabilize an mRNA regulatory switch. Authors: Johnson, J.E. / Reyes, F.E. / Polaski, J.T. / Batey, R.T. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4frg.cif.gz | 196.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4frg.ent.gz | 160.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4frg.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4frg_validation.pdf.gz | 1.3 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4frg_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | Display | |
Data in XML | 4frg_validation.xml.gz | 7.8 KB | Display | |
Data in CIF | 4frg_validation.cif.gz | 10.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fr/4frg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fr/4frg | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: RNA chain | Mass: 27135.234 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Details: RNA was transcribed via in vitro T7 RNA polymerase / Source: (synth.) Marine metagenome (others) #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-IR3 / #4: Chemical | ChemComp-MG / Sequence details | THE SEQUENCE CAN BE FOUND AT GENBANK ACCESSION #: AACY021350931.1/557-477 OBTAINED FROM SHOTGUN ...THE SEQUENCE CAN BE FOUND AT GENBANK ACCESSION #: AACY021350931.1/557-477 OBTAINED FROM SHOTGUN SEQUENCING | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal |
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Crystal grow |
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-Data collection
Diffraction |
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Diffraction source |
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Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Dec 12, 2010 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: MAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength |
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Reflection | Redundancy: 13.5 % / Av σ(I) over netI: 6.8 / Number: 192234 / Rsym value: 0.082 / D res high: 3.16 Å / D res low: 137.897 Å / Num. obs: 14220 / % possible obs: 97.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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Reflection | Resolution: 2.95→137.899 Å / Num. all: 17854 / Num. obs: 17854 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 13.7 % / Rsym value: 0.098 / Net I/σ(I): 20.6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Rmerge(I) obs: 0.014 / Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: MAD | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing MAD | D res high: 3.16 Å / D res low: 43.06 Å / FOM acentric: 0.358 / FOM centric: 0.227 / Reflection acentric: 11936 / Reflection centric: 2423 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing MAD set | Highest resolution: 3.16 Å / Lowest resolution: 43.06 Å
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Phasing MAD set shell |
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