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万見
- PDB-4fr3: Crystal structure of human 14-3-3 sigma in complex with TASK-3 pe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fr3
タイトルCrystal structure of human 14-3-3 sigma in complex with TASK-3 peptide and stabilizer 16-O-Me-FC-H
要素
  • 14-3-3 protein sigma
  • TASK-3 peptide
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN/TOXIN / Nucleus / PEPTIDE BINDING PROTEIN-TOXIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of aldosterone secretion / regulation of action potential firing rate / TWIK-releated acid-sensitive K+ channel (TASK) / Phase 4 - resting membrane potential / potassium ion leak channel activity / regulation of resting membrane potential / cellular response to acidic pH / outward rectifier potassium channel activity / regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity ...negative regulation of aldosterone secretion / regulation of action potential firing rate / TWIK-releated acid-sensitive K+ channel (TASK) / Phase 4 - resting membrane potential / potassium ion leak channel activity / regulation of resting membrane potential / cellular response to acidic pH / outward rectifier potassium channel activity / regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / sodium channel activity / positive regulation of epidermal cell differentiation / keratinocyte development / keratinization / potassium ion import across plasma membrane / regulation of cell-cell adhesion / cAMP/PKA signal transduction / Regulation of localization of FOXO transcription factors / keratinocyte proliferation / phosphoserine residue binding / potassium channel activity / Activation of BAD and translocation to mitochondria / negative regulation of keratinocyte proliferation / establishment of skin barrier / negative regulation of protein localization to plasma membrane / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / negative regulation of stem cell proliferation / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / RHO GTPases activate PKNs / positive regulation of protein localization / visual perception / positive regulation of cell adhesion / protein sequestering activity / negative regulation of innate immune response / protein export from nucleus / release of cytochrome c from mitochondria / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / positive regulation of protein export from nucleus / negative regulation of protein kinase activity / stem cell proliferation / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / TP53 Regulates Metabolic Genes / potassium ion transport / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / intracellular protein localization / synaptic vesicle / regulation of protein localization / positive regulation of cell growth / mitochondrial inner membrane / regulation of cell cycle / cadherin binding / protein heterodimerization activity / dendrite / protein kinase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / extracellular space / extracellular exosome / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Potassium channel subfamily K member 9 / Two pore domain potassium channel, TASK family / Two pore domain potassium channel / 14-3-3 domain / Delta-Endotoxin; domain 1 / Potassium channel domain / Ion channel / 14-3-3 protein sigma / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site ...Potassium channel subfamily K member 9 / Two pore domain potassium channel, TASK family / Two pore domain potassium channel / 14-3-3 domain / Delta-Endotoxin; domain 1 / Potassium channel domain / Ion channel / 14-3-3 protein sigma / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0V4 / 14-3-3 protein sigma / Potassium channel subfamily K member 9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Ottmann, C. / Anders, C. / Schumacher, B.
引用ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2013
タイトル: A semisynthetic fusicoccane stabilizes a protein-protein interaction and enhances the expression of k(+) channels at the cell surface.
著者: Anders, C. / Higuchi, Y. / Koschinsky, K. / Bartel, M. / Schumacher, B. / Thiel, P. / Nitta, H. / Preisig-Muller, R. / Schlichthorl, G. / Renigunta, V. / Ohkanda, J. / Daut, J. / Kato, N. / Ottmann, C.
履歴
登録2012年6月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.name
改定 1.22023年9月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 14-3-3 protein sigma
P: TASK-3 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8475
ポリマ－27,3022
非ポリマー5453
水2,360131
1
A: 14-3-3 protein sigma
P: TASK-3 peptide
ヘテロ分子

A: 14-3-3 protein sigma
P: TASK-3 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,69410
ポリマ－54,6044
非ポリマー1,0906
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area4260 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area21860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.680, 111.990, 62.970
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 14-3-3 protein sigma / Epithelial cell marker protein 1 / Stratifin


分子量: 26444.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HME1, SFN / プラスミド: pPROEX HTB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta DE3 / 参照: UniProt: P31947
#2: タンパク質・ペプチド TASK-3 peptide


分子量: 856.950 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic peptide / 由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NPC2*PLUS
#3: 糖 ChemComp-0V4 / (4R,5R,6R,6aS,9S,9aE,10aR)-5-hydroxy-9-(methoxymethyl)-6,10a-dimethyl-3-(propan-2-yl)-1,2,4,5,6,6a,7,8,9,10a-decahydrodicyclopenta[a,d][8]annulen-4-yl alpha-D-glucopyranoside / 16-O-Me-Fusicoccin H


タイプ: D-saccharide / 分子量: 496.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C27H44O8
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 131 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.36 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 0.095M HEPES Na-Salt pH7.4, 25.6% PEG 400, 0.19M CaCl2, 5% Glycerol, Vapor Diffusion, Hanging Drop, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
Reflection数: 91462 / Rmerge(I) obs: 0.037 / D res high: 1.9 Å / Num. obs: 23065 / % possible obs: 99.7
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)IDRmerge(I) obs
101512696.210.019
81015697.510.021
6846199.610.024
46179799.710.024
34342599.910.026
2.53427499.910.038
2.22.5471499.910.057
2.12.2216999.710.084
22.1267099.910.115
1.92323999.810.171
反射解像度: 1.9→19.6545 Å / Num. all: 23145 / Num. obs: 23065 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / Rmerge(I) obs: 0.037 / Net I/σ(I): 25.79
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.9-20.1718.22199.8
2-2.10.11511.57199.9
2.1-2.20.08415.54199.7
2.2-2.50.05721.34199.9
2.5-30.03829.61199.9
3-40.02643199.9
4-60.02449.98199.7
6-80.02449199.6
8-100.02153.59197.5
10-150.01953.8196.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
MAR345researchデータ収集
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3lw1

3lw1


解像度: 1.9→19.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU B: 2.398 / SU ML: 0.073 / SU R Cruickshank DPI: 0.1306 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.129 / ESU R Free: 0.126 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20863 1154 5 %RANDOM
Rwork0.16769 ---
obs0.16973 21911 100 %-
all-23065 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.594 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.62 Å20 Å20 Å2
2---0.23 Å20 Å2
3----0.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→19.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1828 0 37 131 1996
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0270.0222063
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0582.0042808
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg12.4925.072277
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.86324.16796
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.26415.039386
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.0451518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1560.2323
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.021540
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.531.51252
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.35722018
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.7643807
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.0074.5764
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.206 84 -
Rwork0.187 1587 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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