PDB-4fco: Crystal structure of bace1 with its inhibitor

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4fco

タイトル

Crystal structure of bace1 with its inhibitor

要素

Beta-secretase 1

キーワード

Hydrolase/Hydrolase Inhibitor / HYDROLASE / Hydrolase-Hydrolase Inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

memapsin 2 / Golgi-associated vesicle lumen / beta-aspartyl-peptidase activity / response to insulin-like growth factor stimulus / signaling receptor ligand precursor processing / amyloid precursor protein catabolic process / amyloid-beta formation / membrane protein ectodomain proteolysis / swimming behavior / amyloid-beta metabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.76 Å

データ登録者

Chen, T.T. / Chen, W.Y. / Li, L. / Xu, Y.C.

引用

ジャーナル: To be Published / 年: 2012
タイトル: Flexibility of the Flap in the Active Site of BACE1 as Revealed by Crystal Structures and MD simulations
著者: Xu, Y.C. / Chen, W.Y. / Chen, T.T. / Li, L.

履歴

登録	2012年5月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年5月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4fco.cif.gz	103.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4fco.ent.gz	75 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4fco.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fc/4fco ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fc/4fco	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3uquC 3uqwC 3uqxC 4fgx C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3veu-d 4dv9-d 5qd0-2 6dmi-d 3i25-1 3ivi-3 4bfd-d 4j1i-d 3ckr-1 2p83-1 3duy-1 5qcq-1 3uqx-d 3ckp-3 2ph6-d 3msj-1 3uqu-d 5e1e-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#115 - 2009年7月 β-セクレターゼ (beta-Secretase) 類似性 (5) #79 - 2006年7月アミロイドβ前駆体タンパク質 (Amyloid-beta Precursor Protein) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Beta-secretase 1

ヘテロ分子

49.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: Beta-secretase 1

ヘテロ分子

A: Beta-secretase 1

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
98.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.440, 128.420, 76.270
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-745- HOH
2	1	A-978- HOH

詳細

biological unit is the same as asym.

#1: タンパク質	Beta-secretase 1 / Aspartyl protease 2 / ASP2 / Asp 2 / Beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 / Beta- ...Aspartyl protease 2 / ASP2 / Asp 2 / Beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 / Beta-site APP cleaving enzyme 1 / Memapsin-2 / Membrane-associated aspartic protease 2 分子量: 48222.922 Da / 分子数: 1 / 変異: K136A, E138A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BACE, BACE1, KIAA1149 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P56817, memapsin 2
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-0U4 / N-[(2S,3R)-4-{[2-(1-benzylpiperidin-4-yl)ethyl]amino}-3-hydroxy-1-phenylbutan-2-yl]-5-[methyl(methylsulfonyl)amino]-N'-[(1R)-1-phenylethyl]benzene-1,3-dicarboxamide 分子量: 739.966 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₂H₅₃N₅O₅S
#4: 化合物	ChemComp-URE / UREA / 尿素分子量: 60.055 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₄N₂O
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 440 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.61 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1.7 M Li2SO4/100 mM HEPES, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL17U / 波長: 0.97915 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月23日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97915 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.76→43.09 Å / Num. all: 51066 / Num. obs: 51092 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / R_merge(I) obs: 0.112 / Net I/σ(I): 23.46

反射シェル

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
1.76-1.81		0.533	5.27	1	99.9
1.81-1.86		0.439	6.55	1	100
1.86-1.91		0.368	7.92	1	100
1.91-1.97		0.301	9.71	1	100
1.97-2.03		0.239	12.51	1	100
2.03-2.1		0.211	14.48	1	100
2.1-2.18		0.181	16.77	1	100
2.18-2.27		0.156	19.07	1	99.9
2.27-2.37		0.156	20.72	1	100
2.37-2.49		0.145	22.7	1	100
2.49-2.62		0.129	25.75	1	100
2.62-2.78		0.111	29.48	1	99.9
2.78-2.97		0.095	34.57	1	100
2.97-3.21		0.076	40.83	1	100
3.21-3.52		0.07	47.17	1	100
3.52-3.94		0.062	51.4	1	99.9
3.94-4.54		0.06	56.84	1	99.9
4.54-5.57		0.054	56.61	1	99.8
5.57-7.87		0.073	53.65	1	100
	7.87	0.094	58.33	1	98.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.7_650	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
Blu-Ice		データ収集
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.76→43.088 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU ML: 0.15 / σ(F): 2 / 位相誤差: 16.64 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1831	2552	5 %
R_work	0.1626	-	-
obs	0.1636	51051	99.93 %
all	-	51092	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 34.867 Å² / k_sol: 0.35 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.3373 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.2034 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.1338 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.76→43.088 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2918	0	76	440	3434

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3074
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.118	4179
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.057	1091
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.076	451
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	535

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.76-1.7939	0.232	139	0.2016	2642	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7939-1.8305	0.2216	140	0.1811	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8305-1.8703	0.2046	141	0.1794	2667	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8703-1.9138	0.2189	140	0.1638	2667	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9138-1.9617	0.1882	141	0.1629	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9617-2.0147	0.1985	142	0.1497	2691	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0147-2.074	0.1796	139	0.1507	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
2.074-2.1409	0.1726	141	0.1526	2676	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1409-2.2175	0.2021	140	0.1479	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2175-2.3062	0.1826	142	0.1561	2701	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3062-2.4112	0.1722	142	0.1616	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4112-2.5383	0.1952	141	0.1636	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5383-2.6973	0.1784	141	0.1715	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6973-2.9055	0.2077	142	0.1751	2703	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9055-3.1978	0.167	144	0.1726	2729	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1978-3.6604	0.1718	143	0.1517	2707	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6604-4.6108	0.151	145	0.1378	2752	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6108-43.1012	0.1897	149	0.1855	2861	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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