[English] 日本語
Yorodumi- PDB-4f79: The crystal structure of 6-phospho-beta-glucosidase mutant (E375Q... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4f79 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | The crystal structure of 6-phospho-beta-glucosidase mutant (E375Q) in complex with Salicin 6-phosphate | |||||||||
Components | Putative phospho-beta-glucosidase | |||||||||
Keywords | HYDROLASE / structural genomics / PSI-Biology / protein structure initiative / midwest center for structural genomics / MCSG | |||||||||
Function / homology | Function and homology information 6-phospho-beta-glucosidase / 6-phospho-beta-glucosidase activity / : / carbohydrate metabolic process Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Streptococcus mutans (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.54 Å | |||||||||
Authors | Tan, K. / Michalska, K. / Li, H. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | |||||||||
Citation | Journal: Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. / Year: 2013 Title: GH1-family 6-P-beta-glucosidases from human microbiome lactic acid bacteria. Authors: Michalska, K. / Tan, K. / Li, H. / Hatzos-Skintges, C. / Bearden, J. / Babnigg, G. / Joachimiak, A. | |||||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4f79.cif.gz | 211.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb4f79.ent.gz | 170.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4f79.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4f79_validation.pdf.gz | 832.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 4f79_full_validation.pdf.gz | 839.2 KB | Display | |
Data in XML | 4f79_validation.xml.gz | 19.4 KB | Display | |
Data in CIF | 4f79_validation.cif.gz | 26.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f7/4f79 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f7/4f79 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3qomC 4f66C 4gpnC 4gzeC 3pn8S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
| ||||||||
Details | It is predicted to be monomer. |
-Components
#1: Protein | Mass: 55474.359 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Streptococcus mutans (bacteria) / Strain: UA159 / Gene: bgl, SMU_1601 / Plasmid: pMCSG7 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3)magic / References: UniProt: Q8DT00, 6-phospho-beta-glucosidase | ||
---|---|---|---|
#2: Sugar | ChemComp-P53 / | ||
#3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.37 Å3/Da / Density % sol: 63.55 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 0.1M HEPES:NaOH, 25% (w/v) PEG3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97931 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Feb 9, 2012 / Details: mirror |
Radiation | Monochromator: Si 111 crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97931 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.54→39 Å / Num. all: 25874 / Num. obs: 25874 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 25.8 |
Reflection shell | Resolution: 2.54→2.59 Å / Redundancy: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.636 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 1278 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry: 3PN8 Resolution: 2.54→38.966 Å / SU ML: 0.63 / σ(F): 1.33 / Phase error: 23.5 / Stereochemistry target values: ML
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.83 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 47.872 Å2 / ksol: 0.327 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.54→38.966 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|