PDB-4ezd: Crystal Structure of the UT-B Urea Transporter from Bos Taurus Bo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ezd

タイトル

Crystal Structure of the UT-B Urea Transporter from Bos Taurus Bound to Selenourea

要素

Urea transporter 1

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Membrane protein / channel / urea transport / slc14 / Structural Genomics / PSI-Biology / New York Consortium on Membrane Protein Structure / NYCOMPS

機能・相同性

機能・相同性情報

Transport of bile salts and organic acids, metal ions and amine compounds / urea channel activity / urea transmembrane transport / urea transmembrane transporter activity / water transmembrane transporter activity / establishment of localization in cell / basolateral plasma membrane / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Cao, Y. / Levin, E.J. / Zhou, M. / New York Consortium on Membrane Protein Structure (NYCOMPS)

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Structure and permeation mechanism of a mammalian urea transporter.
著者: Levin, E.J. / Cao, Y. / Enkavi, G. / Quick, M. / Pan, Y. / Tajkhorshid, E. / Zhou, M.

履歴

登録	2012年5月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年6月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年7月4日	Group: Database references
改定 1.2	2012年7月25日	Group: Other
改定 1.3	2013年1月9日	Group: Database references
改定 1.4	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.5	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.6	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ezd.cif.gz	410.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ezd.ent.gz	340.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ezd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4ezd_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ezd_full_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示
XML形式データ	4ezd_validation.xml.gz	41.9 KB	表示
CIF形式データ	4ezd_validation.cif.gz	56.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/4ezd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/4ezd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ezcC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4ezc-d 6zax-1 4l78-d 6lyk-d 6lym-d 3ujn-d 3umm-d 6lyo-d 6jta-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: NYCOMPS-GO.15444

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (1) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Urea transporter 1

B: Urea transporter 1

C: Urea transporter 1

ヘテロ分子

131 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.002, 106.227, 105.816
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 98.180, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

The biological assembly is the asymmetric unit.

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質	Urea transporter 1 / Solute carrier family 14 member 1 / Urea transporter B / UT-B / Urea transporter / erythrocyte 分子量: 41496.449 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: SLC14A1, UT-B / プラスミド: pFastBac 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 株 (発現宿主): Sf9 / 参照: UniProt: Q5QF96

#1: タンパク質

Urea transporter 1 / Solute carrier family 14 member 1 / Urea transporter B / UT-B / Urea transporter / erythrocyte

分子量: 41496.449 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: SLC14A1, UT-B / プラスミド: pFastBac
発現宿主:

Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Sf9 / 参照: UniProt: Q5QF96

-
糖 , 2種, 18分子

#3: 糖

ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose / β-D-グルコピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₂O₆

#4: 糖

ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド

タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₁₄H₂₈O₆ / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 3種, 193分子

#2: 化合物	ChemComp-SEY / selenourea / セレノ尿素分子量: 123.016 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₄N₂Se
#5: 化合物	ChemComp-SPL / OCTANOIC ACID (2-HYDROXY-1-HYDROXYMETHYL-HEPTADEC-3-ENYL)-AMIDE / CERAMIDE 分子量: 425.688 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₆H₅₁NO₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 184 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.3 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 25% PEG 400, 50 mM sodium sulfate, 50 mM lithium sulfate, 0.2 mM DDAO, 100 mM Tris pH 8.0-8.5, 20 mM selenourea, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 93 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X29A / 波長: 0.9788 Å

検出器

タイプ: ADSC Q315R / 検出器: CCD / 日付: 2011年1月29日

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9788 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 56923 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 0.168 / Χ²: 1.025 / Net I/σ(I): 6.8

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.5-2.54	6.7	0.921	2788	0.94	1	100
2.54-2.59	6.8	0.87	2884	0.943	1	100
2.59-2.64	6.9	0.854	2806	1.016	1	100
2.64-2.69	7	0.726	2816	0.964	1	100
2.69-2.75	7.1	0.63	2855	0.98	1	100
2.75-2.82	7.1	0.538	2838	1.021	1	100
2.82-2.89	7.1	0.463	2862	1.081	1	100
2.89-2.96	7.2	0.438	2827	1.062	1	100
2.96-3.05	7.2	0.406	2811	1.026	1	100
3.05-3.15	7.2	0.345	2850	1.123	1	100
3.15-3.26	7.1	0.283	2866	1.065	1	100
3.26-3.39	7.1	0.229	2822	1.061	1	100
3.39-3.55	7.1	0.181	2843	1.072	1	100
3.55-3.73	7.1	0.158	2851	0.966	1	100
3.73-3.97	7.1	0.132	2863	0.996	1	100
3.97-4.27	7.1	0.118	2830	0.997	1	100
4.27-4.7	7	0.103	2877	1.005	1	100
4.7-5.38	6.8	0.092	2860	1.031	1	100
5.38-6.78	6.9	0.092	2879	1.114	1	100
6.78-50	7	0.102	2895	1.018	1	98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.5→47.37 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.936 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.915 / WR_factor R_free: 0.2311 / WR_factor R_work: 0.2008 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.62 / FOM work R set: 0.8609 / SU B: 14.915 / SU ML: 0.167 / SU R Cruickshank DPI: 0.3263 / SU R_free: 0.2304 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.326 / ESU R Free: 0.23 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2285	2828	5 %	RANDOM
R_work	0.1973	-	-	-
obs	0.1988	56835	99.78 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 126.42 Å² / B_iso mean: 51.4817 Å² / B_iso min: 23.55 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.61 Å²	0 Å²	-0.33 Å²
2-	-	-1.77 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.07 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→47.37 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7891	0	410	184	8485

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.02	8520
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.19	2.01	11622
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.77	5	1034
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.782	23.962	260
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.529	15	1239
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.772	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	1415
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	6015

LS精密化シェル

解像度: 2.499→2.564 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.277	184	-
R_work	0.244	3864	-
all	-	4048	-
obs	-	-	99.7 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.458	5.2479	1.4506	8.4412	2.8539	4.0637	-0.2572	0.5111	-0.5939	-0.7659	0.5581	-0.8602	0.1817	0.9515	-0.3009	0.6424	0.3284	-0.0656	0.8201	-0.2069	1.1107	49.634	-37.0145	24.139
2	2.1178	-0.1098	0.167	2.3131	-0.0266	1.7277	0.1014	-0.0165	-0.4494	0.1003	-0.0484	-0.0744	0.4209	0.1637	-0.053	0.1683	0.0299	-0.0078	0.0932	-0.0253	0.1674	32.9364	-23.1075	29.3356
3	0.9733	0.0103	0.6544	1.7654	0.0356	1.5803	0.0899	-0.0872	-0.2297	0.3627	-0.0738	-0.2363	0.0801	0.1268	-0.0161	0.1687	-0.0169	-0.0312	0.1222	0.0638	0.1343	40.7392	-11.2211	42.8079
4	6.0607	-0.6446	2.2032	5.7322	-0.9236	5.9727	0.4252	0.2812	-0.9005	-0.4352	-0.1233	-0.8893	0.6471	1.1139	-0.302	0.1175	0.1053	0.065	0.5588	-0.0726	0.5224	58.5295	-15.0349	25.733
5	5.3278	-0.5631	-0.3495	12.6561	0.8037	6.8449	0.0354	1.3899	-0.0182	-1.5202	-0.3233	-0.6348	-0.3074	0.2211	0.2878	0.8986	0.0124	-0.2001	0.8011	-0.001	0.266	14.8628	5.405	-11.4327
6	1.992	0.373	0.7652	1.9849	0.2407	2.3876	-0.0335	0.3038	0.1687	-0.3455	-0.038	0.4606	-0.2329	-0.3143	0.0715	0.2449	0.0585	-0.0673	0.244	-0.005	0.1687	14.1633	9.4808	8.8547
7	0.8472	-0.1321	0.3716	1.7097	-0.0997	1.2062	0.0445	0.0835	-0.2204	-0.2089	-0.0753	0.3604	-0.0024	-0.2018	0.0307	0.059	0.0109	-0.0169	0.181	-0.0733	0.1806	14.9284	-7.8108	17.1443
8	6.4114	-1.0918	2.3924	3.1941	0.1339	4.7473	0.0914	0.939	-0.2069	-1.0446	-0.2079	0.0473	-0.0847	0.0679	0.1165	0.7036	0.0019	0.0572	0.5117	-0.1313	0.2086	25.9676	-13.5729	-4.4122
9	8.7588	-4.2787	3.3609	2.127	-1.6003	7.8182	1.0193	1.1337	0.3447	-0.5449	-0.5756	-0.3823	0.0323	1.0175	-0.4437	0.7181	-0.4202	-0.0093	0.8897	0.2345	1.4076	62.1415	27.6486	26.8933
10	1.0506	0.0915	0.1024	1.6717	0.2328	1.8132	-0.0353	0.0009	0.2152	0.2594	-0.0493	-0.3559	-0.2849	0.2781	0.0846	0.1942	-0.0545	-0.0558	0.1349	0.0334	0.1614	43.6185	14.1292	37.7558
11	1.5938	-0.1346	-0.0906	1.3495	0.1698	0.6984	-0.0382	0.0592	0.1831	-0.02	-0.1037	-0.0858	-0.4081	-0.0251	0.1419	0.3554	-0.0016	-0.0426	0.0839	0.0121	0.0945	30.4946	23.6294	26.8957
12	7.045	1.2401	-0.6553	5.7849	-0.4674	2.8061	0.0448	0.1817	0.432	-0.1436	-0.1781	-0.7063	-0.3027	0.5192	0.1333	0.3153	-0.0754	0.06	0.3084	0.1241	0.2899	46.548	23.0223	10.8193

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	31 - 51
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	52 - 188
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	189 - 351
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	352 - 375
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	31 - 51
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	52 - 163
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	164 - 360
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	361 - 377
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	31 - 49
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	50 - 207
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	208 - 352
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	353 - 376

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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