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- PDB-4e3t: Round 18 Arylesterase Variant of Phosphotriesterase with Bound Tr... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4e3t | ||||||
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Title | Round 18 Arylesterase Variant of Phosphotriesterase with Bound Transition State Analog | ||||||
![]() | Phosphotriesterase | ||||||
![]() | HYDROLASE / phosphotriesterase / alpha/beta hydrolase / arylesterase | ||||||
Function / homology | ![]() aryldialkylphosphatase / aryldialkylphosphatase activity / catabolic process / zinc ion binding / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Tokuriki, N. / Jackson, C.J. / Tawfik, D.S. | ||||||
![]() | ![]() Title: Diminishing returns and tradeoffs constrain the laboratory optimization of an enzyme Authors: Tokuriki, N. / Jackson, C.J. / Afriat-Jurnou, L. / Wyganowski, K.T. / Tang, R. / Tawfik, D.S. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 287.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 233.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 4gy0C ![]() 4gy1C ![]() 2r1nS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 36208.414 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-ZN / #3: Chemical | ChemComp-HLN / | #4: Water | ChemComp-HOH / | Sequence details | A SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR THIS PROTEIN HAS BEEN DEPOSITED TO GENBANK, AFL46607. | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.26 Å3/Da / Density % sol: 45.54 % |
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Crystal grow | Temperature: 298.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 50mM MES, 2% PEG8000, 30% MPD, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.15K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Nov 20, 2010 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9393 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.65→30 Å / Num. obs: 79417 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 18.42 Å2 |
Reflection shell | Resolution: 1.65→1.74 Å / % possible all: 99.5 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 2R1N Resolution: 1.65→29.576 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.865 / SU ML: 0.42 / σ(F): 1.33 / Phase error: 20.34 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.83 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 46.814 Å2 / ksol: 0.347 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 110.83 Å2 / Biso mean: 26.5965 Å2 / Biso min: 6.87 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.65→29.576 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 28
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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