PDB-4dvv: Crystal structure of clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core in comple...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4dvv

タイトル

Crystal structure of clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core in complex with AS-I-261

要素

clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core

キーワード

viral protein/transcription inhibitor / HIV-1 gp120 / small molecule inhibitor / CD4 binding site / AS-I-261 / viral protein-transcription inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

viral envelope
類似検索 - 分子機能

生物種

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.94 Å

データ登録者

Kwon, Y.D. / Kwong, P.D.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2014
タイトル: Crystal Structures of HIV-1 gp120 Envelope Glycoprotein in Complex with NBD Analogues That Target the CD4-Binding Site.
著者: Kwon, Y.D. / Lalonde, J.M. / Yang, Y. / Elban, M.A. / Sugawara, A. / Courter, J.R. / Jones, D.M. / Smith, A.B. / Debnath, A.K. / Kwong, P.D.

履歴

登録	2012年2月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年2月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年3月19日	Group: Database references
改定 1.2	2017年5月31日	Group: Structure summary
改定 1.3	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.4	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4dvv.cif.gz	301.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4dvv.ent.gz	246.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4dvv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dv/4dvv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dv/4dvv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4dvrC 4dvsC 4dvtC 4dvwC 4dvxC 3tgtS 4dvu PDB 未公開エントリ C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4dvt-1 6p9n-d 4dkp-2 6ooo-d 4dvs-1 4dku-1 4rz8-3 4rz8-2 3a51-1 6usw-d 2wh8-3 4dkv-2 4dko-1 6ut1-d 4dkv-1 3oft-3 5ibh-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#169 - 2014年1月 HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein) 類似性 (3) #170 - 2014年2月広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies) 類似性 (3) #62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (3)

登録構造単位

A: clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core

B: clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core

ヘテロ分子

84.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.779, 68.079, 94.350
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.42, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質

clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core

分子量: 39160.367 Da / 分子数: 2 / 変異: S375H / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: HIV-1 Env / プラスミド: pVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): 293F / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A0M3KKW9

#2: 糖

...
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#3: 化合物

ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES

分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM

#4: 化合物

ChemComp-0M1 / N-{[(4S,5S)-5-(aminomethyl)-2,2-dimethyl-1,3-dioxolan-4-yl]methyl}-N'-(4-chloro-3-fluorophenyl)ethanediamide

分子量: 359.780 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₉ClFN₃O₄

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 378 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

配列の詳細

THE CRYSTALLIZED SEQUENCE WAS CONSTRUCTED BY DELETION OF N-TERMINAL 1-43, BY REPLACING THE V1/V2 ...

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.68 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 10% PEG 8000, 5% iso-propanol, 0.1M HEPES, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K, pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1
検出器	タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年6月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.94→26.39 Å / Num. all: 61307 / Num. obs: 58230 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.4 % / B_iso Wilson estimate: 35.88 Å² / R_merge(I) obs: 0.058 / R_sym value: 0.062 / Net I/σ(I): 22
反射シェル	解像度: 1.94→1.97 Å / 冗長度: 2.6 % / R_merge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 2.23 / R_sym value: 0.393 / % possible all: 63.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.1_1168	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 3TGT

3tgt

解像度: 1.94→26.39 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.6 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2152	2944	5.06 %
R_work	0.1811	-	-
obs	0.1829	58216	95.4 %
all	-	61022	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 54.4834 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.7219 Å²	-0 Å²	-4.7081 Å²
2-	-	1.6299 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-5.3518 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.94→26.39 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5308	0	386	378	6072

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	5842
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.856	7930
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.703	2206
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	924
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	980

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.939-1.9708	0.2844	89	0.2567	1729	X-RAY DIFFRACTION	63
1.9708-2.0047	0.2671	128	0.2474	2131	X-RAY DIFFRACTION	77
2.0047-2.0412	0.2796	119	0.2419	2386	X-RAY DIFFRACTION	88
2.0412-2.0804	0.2669	127	0.2301	2544	X-RAY DIFFRACTION	93
2.0804-2.1229	0.2955	123	0.2262	2690	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1229-2.169	0.2948	147	0.2166	2668	X-RAY DIFFRACTION	99
2.169-2.2194	0.2204	139	0.2075	2736	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2194-2.2749	0.2379	166	0.1969	2710	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2749-2.3364	0.2346	137	0.2043	2729	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3364-2.4051	0.2664	150	0.2022	2771	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4051-2.4827	0.2669	152	0.2164	2709	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4827-2.5713	0.2521	142	0.2063	2722	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5713-2.6742	0.2497	147	0.1958	2747	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6742-2.7958	0.227	164	0.2013	2735	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7958-2.943	0.2372	134	0.1922	2781	X-RAY DIFFRACTION	100
2.943-3.1271	0.2638	125	0.189	2773	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1271-3.3681	0.1952	165	0.1802	2718	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3681-3.7062	0.1957	151	0.1679	2722	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7062-4.2406	0.1938	157	0.1584	2750	X-RAY DIFFRACTION	99
4.2406-5.3355	0.1691	139	0.1454	2779	X-RAY DIFFRACTION	99
5.3355-26.3926	0.1982	143	0.1755	2742	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3874	-0.234	0.6482	3.6924	-0.9478	2.438	-0.0646	0.0399	0.1906	0.0446	-0.0533	-0.1085	-0.2156	-0.0639	0.0899	0.1487	0.0213	0.0199	0.1933	-0.0417	0.2332	18.2107	2.4257	39.4033
2	2.2799	-0.3927	1.5948	2.1352	-0.1787	2.4518	0.0511	-0.2098	-0.174	-0.009	-0.0048	-0.0025	0.251	-0.1475	-0.0336	0.1626	0.0078	0.0462	0.2136	-0.0147	0.2318	14.8099	-19.8309	40.7424
3	4.5836	-1.4761	-0.5244	3.8394	-0.5702	3.0149	0.0737	0.0669	0.2065	-0.3214	0.1093	0.3269	-0.1121	-0.5421	-0.1598	0.4929	0.0164	-0.089	0.2893	0.0658	0.2876	-12.547	-16.4137	9.2509
4	4.1004	-1.5706	-0.4968	3.4448	0.0352	2.3675	-0.0058	-0.1404	-0.9324	-0.3903	0.2183	0.6662	0.7638	-0.4674	-0.0907	0.7291	-0.1523	-0.151	0.2973	0.0984	0.4761	-11.0075	-38.6985	12.0232

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and (resid 1:252 or resid 474:492)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain A and resid 253:473
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain B and (resid 1:252 or resid 474:492)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain B and resid 253:473

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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