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万見
- PDB-4dt2: Crystal structure of red kidney bean purple acid phosphatase in c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dt2
タイトルCrystal structure of red kidney bean purple acid phosphatase in complex with Maybridge fragment CC27209
要素Purple acid phosphatase
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / phosphatase / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


acid phosphatase / acid phosphatase activity / ferric iron binding / zinc ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Purple acid phosphatase-like, N-terminal / Purple acid phosphatase-like / Purple acid phosphatase, N-terminal / Iron/zinc purple acid phosphatase-like C-terminal domain / Purple acid phosphatase, metallophosphatase domain / Iron/zinc purple acid phosphatase-like protein C / Purple acid Phosphatase, N-terminal domain / Purple acid phosphatase-like, N-terminal / Metallo-dependent phosphatases / Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 ...Purple acid phosphatase-like, N-terminal / Purple acid phosphatase-like / Purple acid phosphatase, N-terminal / Iron/zinc purple acid phosphatase-like C-terminal domain / Purple acid phosphatase, metallophosphatase domain / Iron/zinc purple acid phosphatase-like protein C / Purple acid Phosphatase, N-terminal domain / Purple acid phosphatase-like, N-terminal / Metallo-dependent phosphatases / Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatase-like / 4-Layer Sandwich / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0LV / ACETATE ION / : / Fe(3+)-Zn(2+) purple acid phosphatase / Fe(3+)-Zn(2+) purple acid phosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Phaseolus vulgaris (インゲン)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Feder, D. / Hussein, W.M. / Clayton, D.J. / Kan, M. / Schenk, G. / McGeary, R.P. / Guddat, L.W.
引用ジャーナル: Chem.Biol.Drug Des. / 年: 2012
タイトル: Identification of purple acid phosphatase inhibitors by fragment-based screening: promising new leads for osteoporosis therapeutics.
著者: Feder, D. / Hussein, W.M. / Clayton, D.J. / Kan, M.W. / Schenk, G. / McGeary, R.P. / Guddat, L.W.
履歴
登録2012年2月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月2日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Purple acid phosphatase
B: Purple acid phosphatase
C: Purple acid phosphatase
D: Purple acid phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)207,83453
ポリマ－198,2224
非ポリマー9,61249
水7,080393
1
A: Purple acid phosphatase
D: Purple acid phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,49230
ポリマ－99,1112
非ポリマー5,38128
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10130 Å2
ΔGint-103 kcal/mol
Surface area31770 Å2
手法PISA
2
B: Purple acid phosphatase
C: Purple acid phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,34223
ポリマ－99,1112
非ポリマー4,23121
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9080 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area31880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)126.760, 126.760, 298.954
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Purple acid phosphatase


分子量: 49555.398 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Phaseolus vulgaris (インゲン) / 遺伝子: pap
参照: UniProt: O24319, UniProt: P80366*PLUS, acid phosphatase

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糖 , 3種, 16分子

#2: 多糖
alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-3[DGlcpNAcb1-4]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2-1/a3-b1_a4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 367.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-3DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2/a3-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#11: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 8種, 426分子

#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物
ChemComp-0LV / (2,2-dimethyl-2,3-dihydro-1-benzofuran-7-yl)methanol


分子量: 178.228 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H14O2
#8: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#9: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#10: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#12: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 393 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.83 %

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→19.901 Å / Num. obs: 420125

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.7_650) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→19.72 Å / SU ML: 0.34 / σ(F): 1.23 / 位相誤差: 21.22 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.228 3861 5.02 %
Rwork0.175 --
obs0.178 76897 99.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 21.11 Å2 / ksol: 0.31 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.0854 Å2-0 Å20 Å2
2--0.0854 Å2-0 Å2
3----0.1707 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→19.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14040 0 592 393 15025
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00815133
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.14420537
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.2895493
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0782120
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052570
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7001-2.73290.30071280.26612570X-RAY DIFFRACTION100
2.7329-2.76740.31471430.24312592X-RAY DIFFRACTION100
2.7674-2.80380.32031330.23372569X-RAY DIFFRACTION100
2.8038-2.84210.28621140.23372586X-RAY DIFFRACTION100
2.8421-2.88250.31631230.23222625X-RAY DIFFRACTION100
2.8825-2.92540.30981370.22842546X-RAY DIFFRACTION100
2.9254-2.9710.3031440.22412569X-RAY DIFFRACTION100
2.971-3.01950.28511390.21792595X-RAY DIFFRACTION100
3.0195-3.07140.29191460.20422548X-RAY DIFFRACTION100
3.0714-3.12710.25931480.19642538X-RAY DIFFRACTION100
3.1271-3.1870.2551430.19932610X-RAY DIFFRACTION100
3.187-3.25170.26971510.20452626X-RAY DIFFRACTION100
3.2517-3.32210.25641390.18832562X-RAY DIFFRACTION100
3.3221-3.3990.24511310.17542560X-RAY DIFFRACTION100
3.399-3.48360.20861230.15722611X-RAY DIFFRACTION100
3.4836-3.57720.23821270.1642606X-RAY DIFFRACTION100
3.5772-3.68180.23721450.18582601X-RAY DIFFRACTION100
3.6818-3.79980.2071390.15652598X-RAY DIFFRACTION100
3.7998-3.93460.19791320.14292617X-RAY DIFFRACTION100
3.9346-4.09080.19651440.13732627X-RAY DIFFRACTION100
4.0908-4.27520.16911400.12972597X-RAY DIFFRACTION100
4.2752-4.49810.16931470.12972602X-RAY DIFFRACTION100
4.4981-4.77610.16951510.12672625X-RAY DIFFRACTION100
4.7761-5.13880.19621290.1472645X-RAY DIFFRACTION100
5.1388-5.6450.20011490.15932625X-RAY DIFFRACTION100
5.645-6.43680.22431160.17682698X-RAY DIFFRACTION100
6.4368-8.01790.2411630.18652676X-RAY DIFFRACTION100
8.0179-19.71710.22711370.20692812X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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