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- PDB-4daw: Crystal structure of PAK1 kinase domain with the ruthenium phthal... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4daw
タイトルCrystal structure of PAK1 kinase domain with the ruthenium phthalimide complex
要素Serine/threonine-protein kinase PAK 1
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Serine/threonine kinase / phosphorylation / ATP-binding / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cell proliferation involved in contact inhibition / protein localization to cytoplasmic stress granule / positive regulation of microtubule nucleation / hepatocyte growth factor receptor signaling pathway / RHO GTPases Activate ROCKs / gamma-tubulin binding / Activation of RAC1 / CD28 dependent Vav1 pathway / Ephrin signaling / positive regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway ...negative regulation of cell proliferation involved in contact inhibition / protein localization to cytoplasmic stress granule / positive regulation of microtubule nucleation / hepatocyte growth factor receptor signaling pathway / RHO GTPases Activate ROCKs / gamma-tubulin binding / Activation of RAC1 / CD28 dependent Vav1 pathway / Ephrin signaling / positive regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / Fc-gamma receptor signaling pathway involved in phagocytosis / RHOV GTPase cycle / branching morphogenesis of an epithelial tube / regulation of axonogenesis / RHOJ GTPase cycle / stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway / regulation of MAPK cascade / RHOQ GTPase cycle / RHO GTPases activate PAKs / exocytosis / RHOU GTPase cycle / Sema3A PAK dependent Axon repulsion / CDC42 GTPase cycle / RHOH GTPase cycle / Generation of second messenger molecules / intercalated disc / ephrin receptor signaling pathway / Smooth Muscle Contraction / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / phosphorylation / RHO GTPases activate PKNs / positive regulation of JUN kinase activity / positive regulation of stress fiber assembly / ruffle / collagen binding / positive regulation of microtubule polymerization / EPHB-mediated forward signaling / RAC1 GTPase cycle / CD209 (DC-SIGN) signaling / neuron projection morphogenesis / VEGFR2 mediated vascular permeability / Signal transduction by L1 / regulation of actin cytoskeleton organization / actin filament / FCERI mediated MAPK activation / wound healing / MAPK6/MAPK4 signaling / Z disc / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / G beta:gamma signalling through CDC42 / ruffle membrane / cell-cell junction / cell migration / lamellipodium / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / chromosome / actin cytoskeleton organization / nuclear membrane / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / intracellular signal transduction / positive regulation of cell migration / chromatin remodeling / positive regulation of protein phosphorylation / protein phosphorylation / axon / protein serine kinase activity / focal adhesion / protein serine/threonine kinase activity / centrosome / DNA damage response / positive regulation of cell population proliferation / dendrite / apoptotic process / protein-containing complex / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
p21 activated kinase binding domain / CRIB domain superfamily / P21-Rho-binding domain / : / CRIB domain profile. / P21-Rho-binding domain / CRIB domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 ...p21 activated kinase binding domain / CRIB domain superfamily / P21-Rho-binding domain / : / CRIB domain profile. / P21-Rho-binding domain / CRIB domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0H2 / Serine/threonine-protein kinase PAK 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Maksimoska, J. / Marmorstein, R.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2012
タイトル: The art of filling protein pockets efficiently with octahedral metal complexes.
著者: Blanck, S. / Maksimoska, J. / Baumeister, J. / Harms, K. / Marmorstein, R. / Meggers, E.
履歴
登録2012年1月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年5月30日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase PAK 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,9302
ポリマ－33,3671
非ポリマー5631
水3,693205
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)51.676, 103.549, 122.790
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase PAK 1 / Alpha-PAK / p21-activated kinase 1 / PAK-1 / p65-PAK


分子量: 33367.242 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 249-545 / 変異: K299R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PAK1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q13153, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-0H2 / [1,3-dioxo-6-(pyridin-2-yl-kappaN)-2,3-dihydro-1H-isoindol-5-yl-kappaC~5~][(thioxomethylidene)azanido-kappaN](1,4,7-trithionane-kappa~3~S~1~,S~4~,S~7~)ruthenium


分子量: 562.714 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H19N3O2RuS4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 205 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.03 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 25 PEG 4000, 1 M NaCl, 10 mM DTT, 0.1 M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月12日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 22816 / Num. obs: 22771 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.137 / Rsym value: 0.098 / Net I/σ(I): 15.2
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.587 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 2210 / Rsym value: 0.561 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3FXZ

3fxz


解像度: 2→27.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 3.735 / SU ML: 0.108 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.193 / ESU R Free: 0.166 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23761 1163 5.1 %RANDOM
Rwork0.20109 ---
obs0.20296 21570 99.94 %-
all-21582 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.495 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→27.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2259 0 30 205 2494
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0222390
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3732.0033263
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4015311
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.58525.16193
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.37315426
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.8751511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2378
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021752
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1920.21126
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2980.21659
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.120.2181
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1620.229
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1610.222
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6021.51538
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.02622420
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.38931040
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.2824.5831
LS精密化 シェル解像度: 1.998→2.049 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.274 90 -
Rwork0.221 1535 -
obs--99.33 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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