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- PDB-4d8a: Crystal structure of B. anthracis DHPS with compound 21 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4d8a
タイトルCrystal structure of B. anthracis DHPS with compound 21
要素Dihydropteroate synthase
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / TIM Barrel / TIM narrel / Synthase / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


dihydropteroate synthase / dihydropteroate synthase activity / folic acid biosynthetic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dihydropteroate synthase signature 1. / Dihydropteroate synthase / Dihydropteroate synthase domain / Dihydropteroate synthase signature 2. / Dihydropteroate synthase-like / Pterin-binding domain / Pterin binding enzyme / Pterin-binding domain profile. / Dihydropteroate synthase-like / TIM Barrel ...Dihydropteroate synthase signature 1. / Dihydropteroate synthase / Dihydropteroate synthase domain / Dihydropteroate synthase signature 2. / Dihydropteroate synthase-like / Pterin-binding domain / Pterin binding enzyme / Pterin-binding domain profile. / Dihydropteroate synthase-like / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0HY / LYSINE / : / Dihydropteroate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus anthracis (炭疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.183 Å
データ登録者Hammoudeh, D. / Lee, R.E. / White, S.W.
引用ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2012
タイトル: Structure-Based Design of Novel Pyrimido[4,5-c]pyridazine Derivatives as Dihydropteroate Synthase Inhibitors with Increased Affinity.
著者: Zhao, Y. / Hammoudeh, D. / Yun, M.K. / Qi, J. / White, S.W. / Lee, R.E.
履歴
登録2012年1月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年4月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年5月9日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32023年9月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydropteroate synthase
B: Dihydropteroate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,24213
ポリマ－65,7672
非ポリマー1,47411
水39622
1
A: Dihydropteroate synthase
ヘテロ分子

A: Dihydropteroate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,19712
ポリマ－65,7672
非ポリマー1,42910
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_565-x,-y+1,z1
Buried area3340 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area21200 Å2
手法PISA
2
B: Dihydropteroate synthase
ヘテロ分子

B: Dihydropteroate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,28714
ポリマ－65,7672
非ポリマー1,51912
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_455-x-1,-y,z1
Buried area4000 Å2
ΔGint-118 kcal/mol
Surface area20660 Å2
手法PISA
3
B: Dihydropteroate synthase
ヘテロ分子

B: Dihydropteroate synthase
ヘテロ分子

A: Dihydropteroate synthase
ヘテロ分子

A: Dihydropteroate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,48326
ポリマ－131,5354
非ポリマー2,94822
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_455-x-1,-y,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z+1/31
crystal symmetry operation6_555x-y,x,z+1/31
Buried area9800 Å2
ΔGint-201 kcal/mol
Surface area39400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.177, 98.177, 262.867
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number180
Space group name H-MP6222

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要素

#1: タンパク質 Dihydropteroate synthase


分子量: 32883.734 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株: A2012 / 遺伝子: folP / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: C3P9L8, UniProt: Q81VW8*PLUS, dihydropteroate synthase
#2: 化合物 ChemComp-LYS / LYSINE


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15N2O2
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-0HY / methyl (3R)-3-(7-amino-4,5-dioxo-1,4,5,6-tetrahydropyrimido[4,5-c]pyridazin-3-yl)butanoate


分子量: 279.252 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H13N5O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.76 %
結晶化温度: 291 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: Lithium sulfate, Bis-Tris propane, pH 9.0, hanging drop, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月23日
放射モノクロメーター: Silicon / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.18→50 Å / Num. obs: 37033 / % possible obs: 92.7 % / 冗長度: 12.5 % / Rsym value: 0.087 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.18-2.269.90.242160.1
2.26-2.3510.10.241176.1
2.35-2.4610.40.203193
2.46-2.5812.70.204199.8
2.58-2.7514.20.1681100
2.75-2.9614.20.128199.9
2.96-3.2614.10.1199.9
3.26-3.7313.50.09199.2
3.73-4.712.60.09198.8
4.7-5011.90.054198.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.6.1_357精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1TWS

1tws


解像度: 2.183→35.88 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU ML: 0.33 / σ(F): 0.13 / 位相誤差: 37.5 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2597 1714 5.03 %
Rwork0.2194 --
obs0.2215 34049 85.3 %
all-36993 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 38.331 Å2 / ksol: 0.332 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-10.5349 Å2-0 Å2-0 Å2
2--10.5349 Å20 Å2
3----21.0698 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.183→35.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4001 0 89 22 4112
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074144
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0315594
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0211565
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071627
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007714
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.183-2.26060.3433940.26131773X-RAY DIFFRACTION48
2.2606-2.35110.31521080.28242296X-RAY DIFFRACTION62
2.3511-2.45810.38261560.27332919X-RAY DIFFRACTION78
2.4581-2.58760.35351840.28223291X-RAY DIFFRACTION88
2.5876-2.74970.33431690.27793443X-RAY DIFFRACTION92
2.7497-2.96190.29511810.27943515X-RAY DIFFRACTION94
2.9619-3.25980.33992130.26093616X-RAY DIFFRACTION96
3.2598-3.73110.25481760.21143706X-RAY DIFFRACTION97
3.7311-4.69910.20012290.16413741X-RAY DIFFRACTION97
4.6991-35.88440.21512040.1914035X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.366-0.11170.37040.2608-0.5321.26330.0545-0.1512-0.08410.1938-0.08580.00110.35470.0590.03740.5957-0.17890.01830.34370.04670.3379-18.81223.80233.6174
20.65380.34160.12260.872-0.03051.2375-0.13310.20280.0472-0.1995-0.0251-0.0332-0.15430.50060.15030.4851-0.0680.0210.42230.06620.283-30.49964.781551.3348
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2Chain B

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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