PDB-4d45: Crystal structure of S. aureus FabI in complex with NADP and 5-br...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4d45

タイトル

Crystal structure of S. aureus FabI in complex with NADP and 5-bromo- 2-(4-chloro-2-hydroxyphenoxy)benzonitrile

要素

ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

キーワード

OXIDOREDUCTASE / ENOYL-ACP REDUCTASE / SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE/REDUCTASE SUPERFAMILY / FATTY ACID BIOSYNTHESIS / LIPID SYNTHESIS / SAFABI / FABI

機能・相同性

機能・相同性情報

: / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH, Re-specific) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / fatty acid biosynthetic process / nucleotide binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

STAPHYLOCOCCUS AUREUS SUBSP. AUREUS N315 (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Tareilus, M. / Schiebel, J. / Chang, A. / Tonge, P.J. / Sotriffer, C.A. / Kisker, C.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: An Ordered Water Channel in Staphylococcus Aureus Fabi: Unraveling the Mechanism of Substrate Recognition and Reduction.
著者: Schiebel, J. / Chang, A. / Merget, B. / Bommineni, G.R. / Yu, W. / Spagnuolo, L.A. / Baxter, M.V. / Tareilus, M. / Tonge, P.J. / Kisker, C. / Sotriffer, C.A.

履歴

登録	2014年10月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年3月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年4月15日	Group: Database references
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb4d45.ent.gz	684.9 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	4d45_full_validation.pdf.gz	4.5 MB	表示
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関連構造データ

関連構造データ	4d41C 4d42C 4d43C 4d44C 4d46C 4alkS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6yur-3 4bng-2 4cv1-1 4d44-1 4d42-2 6yur-1 4alk-1 4cv0-d 4d41-2 4bni-1 6tbb-2 4nk5-4 4cv1-2 3ojf-d 4bnj-2 4d42-1 4d43-2 4ali-1 4bnk-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (2) #235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

B: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

C: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

D: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

E: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

F: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

G: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

H: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

ヘテロ分子

259 kDa, 8 ポリマー
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1

A: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

B: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

C: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

D: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
129 kDa, 4 ポリマー
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2

E: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

F: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

G: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

H: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
129 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	90.077, 95.168, 95.200
Angle α, β, γ (deg.)	98.43, 97.53, 111.47
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH] / ENR / ENOYL-ACP REDUCTASE 分子量: 31144.240 Da / 分子数: 8 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) STAPHYLOCOCCUS AUREUS SUBSP. AUREUS N315 (黄色ブドウ球菌) プラスミド: PETM-11 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q7A6D8, UniProt: A0A0J9X1Y0*PLUS, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH, Re-specific), EC: 1.3.1.10
#2: 化合物	ChemComp-GLU / GLUTAMIC ACID / グルタミン酸タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₉NO₄
#3: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃
#4: 化合物	ChemComp-J47 / 5-bromo-2-(4-chloro-2-hydroxyphenoxy)benzonitrile 分子量: 324.557 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₇BrClNO₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1016 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.45 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M NA/K-PHOSPHATE PH 6.5, 47% MPD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年4月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→46.58 Å / Num. obs: 152227 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): 6 / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 8.3
反射シェル	解像度: 2.15→2.27 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.56 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 97.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0102	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4ALK

4alk

解像度: 2.15→46.58 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.938 / SU B: 10.94 / SU ML: 0.136 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.184 / ESU R Free: 0.173 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22679	7676	5 %	RANDOM
R_work	0.17417	-	-	-
obs	0.17684	144551	98.18 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.78 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.6 Å²	0.16 Å²	-0.27 Å²
2-	-	-1.68 Å²	-1.55 Å²
3-	-	-	-2.32 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→46.58 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15640	0	588	1016	17244

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	16608
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.682	1.996	22497
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.867	5	2061
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.071	25.135	740
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.296	15	2890
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.73	15	88
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	2527
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	12812
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.323	1.5	10150
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.074	2	16246
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.794	3	6458
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.468	4.5	6237
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.297	545	-
R_work	0.252	10586	-
obs	-	-	97.61 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.3437	-1.0807	0.6107	3.7619	0.1214	3.0129	0.0257	-0.0859	0.2943	-0.0655	0.0464	-0.0638	-0.1534	0.2073	-0.072	0.1312	-0.0799	0.0164	0.1106	0.0276	0.0891	33.7282	-19.2843	-7.4679
2	5.0002	0.4973	2.1645	1.4471	0.5247	3.2579	-0.1721	0.28	0.2718	-0.2326	0.139	-0.0183	-0.559	0.3652	0.0331	0.1611	-0.095	0.0357	0.1792	0.079	0.1524	33.1205	-16.4652	-15.622
3	2.4223	0.289	0.6098	1.042	0.0732	0.2753	-0.0286	0.1234	0.0393	-0.1833	0.0358	0.0114	-0.0191	0.1378	-0.0072	0.1456	-0.0307	0.008	0.1647	0.0301	0.0993	28.6241	-29.9614	-16.8391
4	1.3137	0.7145	-0.4295	0.6609	-0.2131	0.9947	-0.033	-0.0664	-0.0672	-0.1145	0.0233	0.0089	-0.0672	0.0984	0.0097	0.1408	0.0184	-0.0074	0.1314	0.0161	0.1264	22.9735	-36.4054	-8.8045
5	0.46	-0.1332	0.1446	0.6668	0.1271	1.4775	-0.011	0.0095	0.0542	0.0472	0.0178	-0.0508	0.053	0.0908	-0.0067	0.0978	0.0057	-0.0055	0.1393	0.0095	0.1601	25.9513	-36.144	-2.5973
6	3.8968	-0.2074	-1.5736	2.2691	1.0972	10.7855	0.0175	0.0481	0.2567	-0.1966	0.0544	0.1788	-0.3245	-0.946	-0.0719	0.109	0.0262	-0.0398	0.1945	0.0391	0.2557	12.1151	-20.2497	1.8689
7	1.5073	-0.3876	0.0197	0.9818	-0.0374	0.3372	-0.0082	-0.0874	0.0799	0.0313	0.0236	0.0306	-0.0574	0.1901	-0.0153	0.1295	-0.0275	-0.0186	0.2094	-0.0018	0.1609	27.7177	-25.4845	6.4136
8	1.8949	-0.6704	-0.3094	2.6452	0.2612	1.9401	-0.0565	-0.2051	-0.2884	-0.1813	-0.0713	0.1946	0.0754	-0.0623	0.1278	0.1803	-0.0368	0.017	0.0757	-0.0279	0.1792	3.7618	-63.9272	0.0957
9	4.2909	0.612	-1.8725	1.7177	1.8892	4.033	-0.2408	0.3029	-0.2965	0.1708	0.0201	0.1727	0.6727	-0.3154	0.2207	0.3114	-0.135	-0.054	0.1158	-0.0047	0.3167	2.4748	-67.81	-7.8365
10	2.2412	0.1684	-0.8746	1.5449	0.2383	1.2803	-0.1222	0.131	-0.0966	-0.1959	0.0272	0.1473	0.1602	-0.1704	0.095	0.1558	-0.0399	-0.0446	0.0976	-0.0252	0.1277	5.8527	-54.6338	-11.7955
11	2.1437	0.7237	-0.7432	0.6142	-0.2732	1.4963	-0.0029	0.0168	0.0064	-0.1432	-0.0168	0.03	0.1325	-0.0625	0.0197	0.1649	0.0201	-0.0205	0.0726	-0.0255	0.1356	13.5633	-47.66	-6.6339
12	0.3452	0.1617	-0.168	1.5804	0.214	1.3212	0.0028	0.1235	-0.0243	0.0438	-0.042	-0.0135	0.0671	-0.0124	0.0391	0.1249	0.0131	-0.0147	0.1414	0.0112	0.1803	12.4794	-46.8185	0.2776
13	3.4662	0.4024	4.2922	1.0463	0.9007	11.9212	-0.0471	0.2641	-0.1145	-0.2041	0.0226	-0.3342	0.4829	0.7939	0.0244	0.1852	0.1106	0.0462	0.1144	0.0017	0.2294	27.5793	-62.6843	2.1592
14	0.4833	-0.7826	-0.4763	1.3419	0.885	2.0195	-0.0727	-0.0484	-0.1056	0.07	0.031	0.0783	0.1843	-0.0134	0.0417	0.1517	0.0058	0.0272	0.1235	0.0313	0.2075	13.8398	-56.2407	10.4751
15	1.858	-0.0382	-0.343	1.0364	1.1926	1.4768	-0.0269	-0.0344	-0.1637	0.3432	-0.1773	0.2372	0.3435	-0.2135	0.2042	0.2172	-0.0551	0.1246	0.1535	0.0198	0.2143	0.4477	-54.249	28.4753
16	1.1091	0.141	-0.1065	2.7719	2.9959	3.5877	-0.1973	-0.0786	-0.1286	0.3876	-0.0111	0.2522	0.4708	-0.2033	0.2084	0.2681	-0.1012	0.0974	0.2311	0.0551	0.1717	-1.5914	-53.8958	37.1953
17	2.0026	0.1048	-0.0901	3.8545	0.5957	0.8866	0.018	-0.2969	-0.0999	0.2728	-0.0099	-0.1156	0.2657	0.1112	-0.0082	0.2344	-0.0031	0.0391	0.1936	0.0415	0.0336	12.113	-50.5482	37.4271
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19	1.1098	0.5401	-0.0836	0.3539	0.223	0.887	-0.0068	-0.0585	0.0006	0.0946	-0.0103	0.0272	0.2026	0.0849	0.0171	0.168	0.0221	0.0176	0.2055	0.0287	0.1646	17.2852	-46.3416	23.1933
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41	X-RAY DIFFRACTION	41	F	194 - 214
42	X-RAY DIFFRACTION	42	F	215 - 256
43	X-RAY DIFFRACTION	43	G	3 - 29
44	X-RAY DIFFRACTION	44	G	30 - 61
45	X-RAY DIFFRACTION	45	G	62 - 104
46	X-RAY DIFFRACTION	46	G	105 - 154
47	X-RAY DIFFRACTION	47	G	155 - 193
48	X-RAY DIFFRACTION	48	G	194 - 214
49	X-RAY DIFFRACTION	49	G	215 - 256
50	X-RAY DIFFRACTION	50	H	3 - 29
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55	X-RAY DIFFRACTION	55	H	194 - 214
56	X-RAY DIFFRACTION	56	H	215 - 256

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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