PDB-4d42: Crystal structure of S. aureus FabI in complex with NADP and 4-fl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4d42

タイトル

Crystal structure of S. aureus FabI in complex with NADP and 4-fluoro- 5-hexyl-2-phenoxyphenol

要素

ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

キーワード

OXIDOREDUCTASE / SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE/REDUCTASE SUPERFAMILY / FATTY ACID BIOSYNTHESIS / LIPID SYNTHESIS / SAFABI / FABI

機能・相同性

機能・相同性情報

enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH, Re-specific) / : / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / fatty acid biosynthetic process / nucleotide binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

STAPHYLOCOCCUS AUREUS SUBSP. AUREUS N315 (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.02 Å

データ登録者

Schiebel, J. / Chang, A. / Tonge, P.J. / Sotriffer, C.A. / Kisker, C.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: An ordered water channel in Staphylococcus aureus FabI: unraveling the mechanism of substrate recognition and reduction.
著者: Schiebel, J. / Chang, A. / Merget, B. / Bommineni, G.R. / Yu, W. / Spagnuolo, L.A. / Baxter, M.V. / Tareilus, M. / Tonge, P.J. / Kisker, C. / Sotriffer, C.A.

履歴

登録	2014年10月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年3月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年4月15日	Group: Database references
改定 1.2	2018年11月14日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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関連構造データ

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類似構造データ	4alk-1 4d43-2 4alj-2 4fs3-1 4bnj-2 6tbb-2 4d44-1 4d44-2 4bnh-1 4d41-2 4ali-1 4cv0-d 4bnl-1 4ali-2 6tbc-1 4d41-1 4bnk-2 4bng-1 4bnf-2 4bnm-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (2) #235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

B: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

C: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

D: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

E: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

F: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

G: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

H: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

ヘテロ分子

258 kDa, 8 ポリマー
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1

A: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

B: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

C: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

D: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
129 kDa, 4 ポリマー
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2

E: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

F: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

G: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

H: ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH]

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
129 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	90.350, 94.860, 94.900
Angle α, β, γ (deg.)	98.19, 97.22, 112.46
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	ENOYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] REDUCTASE [NADPH] / ENR / ENOYL-ACP REDUCTASE 分子量: 31144.240 Da / 分子数: 8 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) STAPHYLOCOCCUS AUREUS SUBSP. AUREUS N315 (黄色ブドウ球菌) プラスミド: PETM-11 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q7A6D8, UniProt: A0A0J9X1Y0*PLUS, EC: 1.3.1.10
#2: 化合物	ChemComp-GLU / GLUTAMIC ACID / グルタミン酸タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₉NO₄
#3: 化合物	ChemComp-W0I / 4-fluoro-5-hexyl-2-phenoxyphenol 分子量: 288.357 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₂₁FO₂
#4: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1373 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.1 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M NA/K-PHOSPHATE PH 6.45, 39% MPD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.02→38.6 Å / Num. obs: 181260 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): 6 / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 7.5
反射シェル	解像度: 2.02→2.13 Å / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 97

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4ALK

4alk

解像度: 2.02→38.44 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.976 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.959 / SU B: 7.884 / SU ML: 0.099 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.129 / ESU R Free: 0.125 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.18541	9096	5 %	RANDOM
R_work	0.14493	-	-	-
obs	0.14698	172159	97.83 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.46 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.22 Å²	0.85 Å²	-0.22 Å²
2-	-	-1.27 Å²	-1.33 Å²
3-	-	-	-1.74 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.02→38.44 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15675	0	612	1373	17660

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	17134
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.779	2.009	23205
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.552	5	2144
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.604	24.735	775
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.367	15	3013
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.583	15	112
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.101	0.2	2590
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.014	0.02	12812
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.456	1.5	10393
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.194	2	16661
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.907	3	6741
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.735	4.5	6515
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.02→2.072 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.291	665	-
R_work	0.265	12600	-
obs	-	-	96.99 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.3054	-0.4246	0.9919	2.5831	0.2618	3.4793	-0.0159	0.0147	0.2098	-0.2668	0.0437	-0.2644	-0.6009	0.3214	-0.0277	0.1607	-0.1058	0.0291	0.1126	0.0329	0.1051	34.6851	-18.8346	-6.1561
2	2.527	-0.1211	1.4392	2.3019	0.4476	4.1281	-0.1361	0.2031	0.1614	-0.4212	0.1501	-0.1133	-0.8428	0.3558	-0.014	0.2587	-0.1306	0.0561	0.179	0.0588	0.1886	33.796	-15.8975	-14.4426
3	1.5775	1.0034	-0.251	1.3094	-0.3377	1.3011	-0.0323	0.149	0.1131	-0.3766	0.0253	-0.0824	-0.079	0.2783	0.0069	0.2361	-0.0258	0.036	0.1792	0.0264	0.1619	29.4137	-29.6183	-15.337
4	1.7224	0.4018	-0.3893	1.0624	-0.0421	1.431	0.0259	0.0418	-0.0372	-0.1638	0.0169	-0.0257	0.0011	0.178	-0.0429	0.067	-0.0008	-0.0101	0.0735	0.0185	0.0908	23.5181	-35.8385	-7.2983
5	0.0526	0.2636	-0.0186	1.4153	0.2672	1.8069	-0.0122	0.0006	-0.0025	-0.04	0.0364	-0.0442	0.0351	0.1397	-0.0242	0.0262	-0.0255	0.0009	0.1089	0.0173	0.0965	26.8561	-35.6823	-0.987
6	4.2877	-1.8334	-1.6287	3.6537	2.8767	3.9644	0.0489	0.1716	0.2991	-0.2756	-0.2444	0.3964	-0.6114	-1.115	0.1955	0.3037	0.1901	-0.0345	0.5186	0.0348	0.3297	12.5886	-19.4513	2.4364
7	0.9536	-0.2267	-0.2633	0.9755	0.2025	2.4605	-0.0221	-0.0486	0.067	0.1074	0.048	-0.0657	-0.2473	0.175	-0.0259	0.058	-0.0585	-0.025	0.1639	0.003	0.1622	28.4222	-24.813	7.8208
8	2.8793	-0.4233	-0.4786	2.6573	-0.0422	3.4624	-0.0331	-0.0915	-0.2015	-0.0104	-0.0401	0.145	0.6703	-0.2083	0.0732	0.2061	-0.0703	0.0286	0.0308	-0.0192	0.1278	5.0923	-63.3563	1.374
9	4.183	-0.9854	-2.6353	2.7102	0.9914	4.8786	-0.1221	0.2371	-0.3807	0.0908	-0.0522	0.285	0.8159	-0.3373	0.1743	0.2363	-0.0901	-0.017	0.0646	-0.0595	0.2299	3.2865	-67.2179	-6.0735
10	2.0261	0.9865	-0.4598	1.1308	0.2305	1.0266	-0.0966	0.1704	-0.1414	-0.217	-0.0228	0.1664	0.2008	-0.1876	0.1194	0.2246	-0.0208	-0.0338	0.1695	-0.0354	0.2238	6.9132	-54.284	-10.5323
11	1.557	0.4367	-0.2528	0.9638	0.0702	1.2716	-0.0239	0.028	-0.041	-0.1329	-0.0026	0.1075	0.0668	-0.0752	0.0265	0.0844	0.0267	-0.016	0.0518	-0.0186	0.1011	14.3921	-47.0273	-5.2418
12	0.6445	-0.531	-0.5965	2.1074	0.5305	1.3594	0.0254	0.0442	-0.111	0.009	-0.042	0.07	0.1231	-0.0473	0.0165	0.0611	0.0055	-0.0196	0.079	0.0114	0.1014	13.3422	-46.371	1.6735
13	5.6118	-0.4852	0.6016	0.9254	-0.9526	8.329	-0.002	0.4827	-0.3868	-0.0758	0.0173	-0.2332	0.5265	1.4194	-0.0153	0.4227	0.1639	0.069	0.3467	-0.0331	0.3858	28.5317	-61.9753	3.0259
14	0.2542	-0.0723	-0.5108	1.5199	0.356	1.812	-0.0339	-0.0582	-0.0407	0.1347	-0.0166	0.0444	0.3458	0.0522	0.0506	0.177	0.0053	0.0336	0.0792	0.0285	0.1286	14.8336	-55.5064	11.9992
15	2.0779	-0.0791	0.5287	2.2136	0.7215	3.5563	0.0222	-0.2258	-0.175	0.3376	-0.0464	0.2792	0.6079	-0.3483	0.0243	0.243	-0.0839	0.1058	0.1095	0.0246	0.1064	1.8769	-53.906	30.1118
16	1.6235	-1.1013	-0.5207	3.6918	3.3102	4.8568	-0.2958	-0.2365	-0.121	0.4417	0.0359	0.3933	0.6192	-0.3683	0.2598	0.3124	-0.099	0.1356	0.2284	0.0569	0.1644	-0.4988	-53.0595	38.8988
17	1.0295	0.5526	-0.4954	3.0285	-0.0294	1.5933	0.0373	-0.3138	-0.1197	0.468	-0.0561	0.0726	0.3418	0.1291	0.0188	0.2399	0.012	0.0413	0.139	0.0564	0.0387	13.2357	-49.1396	38.864
18	0.9601	0.4098	-0.0297	2.2018	0.4568	1.7336	-0.0021	-0.2429	-0.0904	0.257	0.0034	0.063	0.2318	0.0822	-0.0014	0.1051	0.0308	0.0389	0.1412	0.0269	0.0298	19.0936	-42.9433	31.0321
19	1.3003	0.1013	-0.4028	0.6833	0.7834	1.1358	0.0349	-0.127	-0.0159	0.1452	-0.0497	0.0318	0.1638	0.0353	0.0148	0.169	0.043	0.0222	0.1481	0.0363	0.0987	18.2807	-45.7522	24.5025
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43	X-RAY DIFFRACTION	43	G	3 - 29
44	X-RAY DIFFRACTION	44	G	30 - 61
45	X-RAY DIFFRACTION	45	G	62 - 104
46	X-RAY DIFFRACTION	46	G	105 - 154
47	X-RAY DIFFRACTION	47	G	155 - 193
48	X-RAY DIFFRACTION	48	G	194 - 214
49	X-RAY DIFFRACTION	49	G	215 - 256
50	X-RAY DIFFRACTION	50	H	3 - 29
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53	X-RAY DIFFRACTION	53	H	105 - 154
54	X-RAY DIFFRACTION	54	H	155 - 193
55	X-RAY DIFFRACTION	55	H	194 - 214
56	X-RAY DIFFRACTION	56	H	215 - 256

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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