PDB-4d2t: Structure of MELK in complex with inhibitors

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4d2t

タイトル

Structure of MELK in complex with inhibitors

要素

MATERNAL EMBRYONIC LEUCINE ZIPPER KINASE

キーワード

TRANSFERASE / FRAGMENT BASED DRUG DESIGN / KINASE

機能・相同性

機能・相同性情報

neural precursor cell proliferation / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / hemopoiesis / non-specific protein-tyrosine kinase / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / G2/M transition of mitotic cell cycle / cell cortex / cell population proliferation / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 / OTHER / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Johnson, C.N. / Berdini, V. / Beke, L. / Bonnet, P. / Brehmer, D. / Coyle, J.E. / Day, P.J. / Frederickson, M. / Freyne, E.J.E. / Gilissen, R.A.H.J. ...

引用

ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2015
タイトル: Fragment-Based Discovery of Type I Inhibitors of Maternal Embryonic Leucine Zipper Kinase
著者: Johnson, C.N. / Berdini, V. / Beke, L. / Bonnet, P. / Brehmer, D. / Coyle, J.E. / Day, P.J. / Frederickson, M. / Freyne, E.J.E. / Gilissen, R.A.H.J. / Hamlett, C.C.F. / Howard, S. / Meerpoel, ...

履歴

登録	2014年5月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年10月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年1月28日	Group: Database references
改定 1.2	2015年3月18日	Group: Refinement description
改定 2.0	2018年4月4日	Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / diffrn_source Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _diffrn_source.type
改定 2.1	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4d2t.cif.gz	541.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4d2t.ent.gz	451.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4d2t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4d2t_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4d2t_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	4d2t_validation.xml.gz	50.5 KB	表示
CIF形式データ	4d2t_validation.cif.gz	70.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d2/4d2t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d2/4d2t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4d2pC 4d2vC 4d2wC 4umpC 4umqC 4umrC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4umr-d 4bky-d 6hom-2 5twl-d 4goj-1 5dgi-d 5yq0-8 1rgs-d 4nzo-d 3dru-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: MATERNAL EMBRYONIC LEUCINE ZIPPER KINASE

B: MATERNAL EMBRYONIC LEUCINE ZIPPER KINASE

C: MATERNAL EMBRYONIC LEUCINE ZIPPER KINASE

D: MATERNAL EMBRYONIC LEUCINE ZIPPER KINASE

ヘテロ分子

165 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: MATERNAL EMBRYONIC LEUCINE ZIPPER KINASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
41.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: MATERNAL EMBRYONIC LEUCINE ZIPPER KINASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
41.2 kDa, 1 ポリマー
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3

B: MATERNAL EMBRYONIC LEUCINE ZIPPER KINASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
41.2 kDa, 1 ポリマー
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4

D: MATERNAL EMBRYONIC LEUCINE ZIPPER KINASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
41.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.526, 75.410, 79.736
Angle α, β, γ (deg.)	86.03, 69.05, 90.03
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	MATERNAL EMBRYONIC LEUCINE ZIPPER KINASE / HMELK / PROTEIN KINASE EG3 / PEG3 KINASE / PROTEIN KINASE PK38 / HPK38 / TYROSINE-PROTEIN KINASE ...HMELK / PROTEIN KINASE EG3 / PEG3 KINASE / PROTEIN KINASE PK38 / HPK38 / TYROSINE-PROTEIN KINASE MELK / HMELK / PROTEIN KINASE EG3 / PEG3 KINASE / PROTEIN KINASE PK38 / HPK38 / TYROSINE-PROTEIN KINASE MELK / MELK 分子量: 40876.273 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 1-336 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 解説: IMAGE CLONE / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q14680, non-specific serine/threonine protein kinase, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物	ChemComp-3I7 / 3-[2-(phenylcarbamoyl)-5-(1H-pyrazol-4-yl)phenoxy]propan-1-aminium 分子量: 337.396 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₂₁N₄O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 396 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	HIS TAG ADDED AND C-TERMINAL RESIDUES NOT INCLUDED (304)

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 46 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月22日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→48.5 Å / Num. obs: 39601 / % possible obs: 93.1 % / Observed criterion σ(I): 0.75 / 冗長度: 1.9 % / B_iso Wilson estimate: 84.38 Å² / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 5.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.11.5	精密化
d*TREK		データ削減
d*TREK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 2.7→48.54 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9147 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.8563 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R_free Blow DPI: 0.491

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.34	1870	5.07 %	RANDOM
R_work	0.2696	-	-	-
obs	0.2732	36893	93.14 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 89.482 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	8.5337 Å²	-1.9684 Å²	-7.7593 Å²
2-	-	-2.6209 Å²	-0.6359 Å²
3-	-	-	-5.9128 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.674 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→48.54 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10279	0	100	396	10775

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	10706	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.11	14533	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		3741	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		253	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		1550	HARMONIC	16
X-RAY DIFFRACTION	t_it		10706	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	6
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	22.59
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		1335	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		11861	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.7→2.78 Å / Total num. of bins used: 18

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3179	123	5.19 %
R_work	0.2469	2249	-
all	0.2504	2372	-
obs	-	-	93.14 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.6932	-0.0875	-3.6114	0.8161	0.0813	5.3691	-0.0607	0.4207	0.1113	-0.3382	-0.0288	-0.447	-0.136	0.2844	0.0895	-0.2119	0.2117	0.2134	-0.2333	0.1212	0.1822	9.8447	-0.1651	-11.1599
2	5.0387	-1.0016	-1.0738	7.3877	0.7348	2.075	-0.0097	-0.0335	0.1727	0.712	-0.1086	0.3332	0.0684	-0.1897	0.1183	-0.0351	0.0906	0.1529	-0.3071	-0.0454	-0.0252	-10.7002	4.2767	6.6559
3	3.1165	-3.8061	-1.5121	0.4112	-1.4927	4.1571	0.0871	0.021	0.024	0.1689	-0.1214	-0.1452	0.2204	0.2618	0.0343	-0.3229	0.2	0.0693	-0.2518	0.1274	0.3158	20.4232	-11.3644	0.3483
4	4.0381	-0.5305	-2.8429	5.3384	-1.3655	6.4406	-0.0583	0.1982	-0.0584	-0.712	-0.0025	-0.2951	-0.1837	0.1588	0.0608	-0.258	0.0304	0.0754	-0.1319	-0.0086	-0.036	-2.533	-34.1549	-20.737
5	4.1598	0.0197	-1.7444	3.2647	-1.1623	5.6784	0.0197	0.3849	0.1177	0.3213	0.2385	0.42	-0.3827	-0.4792	-0.2583	-0.2774	0.1586	0.0837	-0.2861	-0.0018	0.0622	-22.6052	-35.1702	-2.0576
6	3.2901	-1.8283	3.3026	0.1345	-0.3457	1.6903	0.0387	-0.1518	-0.0393	0.1213	-0.1356	-0.0747	0.0696	0.2369	0.0969	-0.3383	-0.0399	0.0557	0.1257	0.1841	0.2195	11.4173	-39.2354	-8.2652
7	3.7361	-1.0372	-3.0002	1.5021	0.353	5.5646	-0.1038	-0.3031	-0.1313	0.1868	0.0536	0.4993	-0.1519	-0.242	0.0502	-0.3178	-0.1906	0.1047	-0.308	-0.0441	0.3361	-28.0626	-37.9995	-32.6021
8	6.5768	2.1537	-1.84	7.3419	-1.1808	1.0566	0.1224	0.2157	0.5027	-0.6849	-0.1571	-0.2746	0.1154	0.2336	0.0348	0.1371	0.0185	0.1309	-0.3026	0.018	-0.0254	-7.1326	-33.3072	-49.7337
9	1.6204	3.0894	0.1832	0.4009	1.9221	0.8141	0.0483	0.1221	0.0935	-0.095	-0.1028	0.1427	0.0807	-0.1605	0.0546	-0.0419	-0.1935	-0.0479	-0.3061	-0.0522	0.2731	-38.4184	-48.838	-44.2353
10	4.9058	-0.956	-2.2914	4.9852	2.3714	8.1765	-0.0507	-0.6396	-0.0883	0.6392	0.0227	0.1559	-0.061	-0.1729	0.028	-0.2862	0.0152	0.0651	-0.1136	-0.0177	-0.048	-15.2961	3.738	-22.9576
11	5.9254	-0.3828	-3.3501	3.3719	0.6651	7.0815	0.0327	-0.333	0.3573	-0.3723	0.1404	-0.4543	-0.396	0.5711	-0.1731	-0.2771	-0.0774	0.101	-0.3189	-0.071	0.0405	4.3987	3.044	-41.2053
12	2.1261	3.298	2.4643	1.3092	0.3237	2.4631	-0.0015	0.0373	0.0015	-0.0349	-0.0868	0.2877	0.045	-0.4097	0.0883	-0.3345	0.0122	0.0698	0.2831	-0.1678	0.2904	-28.9288	-1.8508	-34.8958

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND RESIDUES 1 TO 91
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND RESIDUES 92 TO 274
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND RESIDUES 275 TO 333
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN B AND RESIDUES 0 TO 91
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN B AND RESIDUES 92 TO 274
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN B AND RESIDUES 275 TO 333
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN C AND RESIDUES 1 TO 91
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN C AND RESIDUES 92 TO 274
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN C AND RESIDUES 275 TO 333
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN D AND RESIDUES 3 TO 91
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN D AND RESIDUES 92 TO 274
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN D AND RESIDUES 275 TO 333

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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