[日本語] English
万見
- PDB-4cp5: ndpK in complex with (Rp)-SPMPApp -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4cp5
タイトルndpK in complex with (Rp)-SPMPApp
要素NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE, CYTOSOLIC
キーワードTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


dGTP biosynthetic process from dGDP / Azathioprine ADME / Ribavirin ADME / asexual reproduction / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / Neutrophil degranulation / nucleoside triphosphate biosynthetic process / negative regulation of pinocytosis / nucleoside-diphosphate kinase / CTP biosynthetic process ...dGTP biosynthetic process from dGDP / Azathioprine ADME / Ribavirin ADME / asexual reproduction / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / Neutrophil degranulation / nucleoside triphosphate biosynthetic process / negative regulation of pinocytosis / nucleoside-diphosphate kinase / CTP biosynthetic process / UTP biosynthetic process / negative regulation of exocytosis / negative regulation of phagocytosis / GTP biosynthetic process / nucleoside diphosphate kinase activity / translational elongation / phagocytic vesicle / secretory granule / response to bacterium / actin cytoskeleton organization / cytoskeleton / ribosome / G protein-coupled receptor signaling pathway / phosphorylation / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nucleoside diphosphate kinase (NDPK)-like domain profile. / Nucleoside diphosphate kinase-like domain / Nucleoside diphosphate kinase, active site / Nucleoside diphosphate kinase (NDPK) active site signature. / Nucleoside diphosphate kinase / Nucleoside diphosphate kinase-like domain / Nucleoside diphosphate kinase / NDK / Nucleoside diphosphate kinase-like domain superfamily / Alpha-Beta Plaits ...Nucleoside diphosphate kinase (NDPK)-like domain profile. / Nucleoside diphosphate kinase-like domain / Nucleoside diphosphate kinase, active site / Nucleoside diphosphate kinase (NDPK) active site signature. / Nucleoside diphosphate kinase / Nucleoside diphosphate kinase-like domain / Nucleoside diphosphate kinase / NDK / Nucleoside diphosphate kinase-like domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-EOI / Nucleoside diphosphate kinase, cytosolic
類似検索 - 構成要素
生物種DICTYOSTELIUM DISCOIDEUM (キイロタマホコリカビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.32 Å
データ登録者Priet, S. / Ferron, F. / Alvarez, K. / Verron, M. / Canard, B.
引用ジャーナル: Antiviral Res. / 年: 2015
タイトル: Enzymatic Synthesis of Acyclic Nucleoside Thiophosphonate Diphosphates: Effect of the Alpha-Phosphorus Configuration on HIV-1 RT Activity.
著者: Priet, S. / Roux, L. / Saez-Ayala, M. / Ferron, F. / Canard, B. / Alvarez, K.
履歴
登録2014年1月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年2月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月25日Group: Database references
改定 1.22015年4月22日Group: Database references
改定 1.32020年3月4日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly ...pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop
Item: _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE, CYTOSOLIC
B: NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE, CYTOSOLIC
C: NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE, CYTOSOLIC
D: NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE, CYTOSOLIC
E: NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE, CYTOSOLIC
F: NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE, CYTOSOLIC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,19112
ポリマ－100,4116
非ポリマー2,7796
水9,098505
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12780 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area35480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.008, 105.790, 70.576
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 117.23, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE, CYTOSOLIC / NDK / NDP KINASE


分子量: 16735.242 Da / 分子数: 6 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: S-PMPAPP
由来: (組換発現) DICTYOSTELIUM DISCOIDEUM (キイロタマホコリカビ)
プラスミド: PETG20A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P22887, nucleoside-diphosphate kinase
#2: 化合物
ChemComp-EOI / [[(2R)-1-(6-aminopurin-9-yl)propan-2-yl]oxymethyl-sulfanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate


分子量: 463.238 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H16N5O9P3S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 505 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.93 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 26% PEG 1000 100MM TRIS PH7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.00185
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年10月22日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI (311) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00185 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.32→33.43 Å / Num. obs: 38673 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 53.91 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 13.17
反射 シェル解像度: 2.32→2.4 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 2.83 / % possible all: 96.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.5精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4C6A

4c6a


解像度: 2.32→33.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.891 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8611 / SU R Cruickshank DPI: 0.45 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.472 / SU Rfree Blow DPI: 0.254 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.255
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2463 1952 5.05 %RANDOM
Rwork0.1988 ---
obs0.2012 38673 97.65 %-
原子変位パラメータBiso mean: 56.16 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-18.2156 Å20 Å2-2.1766 Å2
2--13.2824 Å20 Å2
3----31.498 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.345 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.32→33.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6900 0 162 505 7567
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.017288HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.069912HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2546SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes161HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1152HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it7288HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.95
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.68
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion905SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact8722SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.32→2.38 Å / Total num. of bins used: 19
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4054 136 4.71 %
Rwork0.2686 2754 -
all0.2749 2890 -
obs--97.65 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る