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- PDB-4cku: Three dimensional structure of plasmepsin II in complex with hydr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4cku
タイトルThree dimensional structure of plasmepsin II in complex with hydroxyethylamine-based inhibitor
要素PLASMEPSIN-2
キーワードHYDROLASE / MALARIA / DRUG DESIGN
機能・相同性
機能・相同性情報


cytostome / plasmepsin II / acquisition of nutrients from host / vacuolar lumen / food vacuole / vacuolar membrane / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能
Pepsin-like domain / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily ...Pepsin-like domain / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-P2F / Plasmepsin II
類似検索 - 構成要素
生物種PLASMODIUM FALCIPARUM (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Tars, K. / Leitans, J. / Jaudzems, K.
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2014
タイトル: Plasmepsin Inhibitory Activity and Structure-Guided Optimization of a Potent Hydroxyethylamine-Based Antimalarial Hit.
著者: Jaudzems, K. / Tars, K. / Maurops, G. / Ivdra, N. / Otikovs, M. / Leitans, J. / Kanepe-Lapsa, I. / Domraceva, I. / Mutule, I. / Trapencieris, P. / Blackman, M.J. / Jirgensons, A.
履歴
登録2014年1月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年6月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月17日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22019年1月30日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PLASMEPSIN-2
B: PLASMEPSIN-2
C: PLASMEPSIN-2
D: PLASMEPSIN-2
E: PLASMEPSIN-2
F: PLASMEPSIN-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)225,61512
ポリマ－221,4586
非ポリマー4,1576
水21,4201189
1
A: PLASMEPSIN-2
F: PLASMEPSIN-2
ヘテロ分子

A: PLASMEPSIN-2
F: PLASMEPSIN-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,4108
ポリマ－147,6384
非ポリマー2,7724
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_554-x,y,-z-11
Buried area10020 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area50880 Å2
手法PISA
2
B: PLASMEPSIN-2
C: PLASMEPSIN-2
D: PLASMEPSIN-2
E: PLASMEPSIN-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,4108
ポリマ－147,6384
非ポリマー2,7724
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9390 Å2
ΔGint-41.3 kcal/mol
Surface area51310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)201.950, 115.250, 93.170
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.75, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11F-2006-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
PLASMEPSIN-2 / ASPARTIC HEMOGLOBINASE II / PFAPD / PLASMEPSIN II


分子量: 36909.617 Da / 分子数: 6 / 断片: PLASMEPSIN-2, RESIDUES 125-453 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) PLASMODIUM FALCIPARUM (マラリア病原虫)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P46925, plasmepsin II
#2: 化合物
ChemComp-P2F / 5-[1,1-bis(oxidanylidene)-1,2-thiazinan-2-yl]-N3-[(2S,3R)-4-[2-(3-methoxyphenyl)propan-2-ylamino]-3-oxidanyl-1-phenyl-butan-2-yl]-N1,N1-dipropyl-benzene-1,3-dicarboxamide


分子量: 692.908 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H52N4O6S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1189 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.27 % / 解説: NONE
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 0.1M CITRIC ACID, PH 4.5, 0.3M AMMONIUM ACETATE, 25% PEG 3350, PROTEIN 10 MG/ML, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TIME 2-4 WEEKS.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-3 / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月18日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: DOUBLE SI CRYSTAL MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→30 Å / Num. obs: 166099 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 16.852 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 1.85→1.95 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.28 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2BJU

2bju


解像度: 1.85→29.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 2.819 / SU ML: 0.086 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.129 / ESU R Free: 0.129 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2089 8325 5 %RANDOM
Rwork0.15783 ---
obs0.1604 157768 97.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.732 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å2-0.02 Å2
2---0.03 Å20 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→29.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15308 0 294 1189 16791
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0216046
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0214879
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8661.97921892
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8773.00134295
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.10551946
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.07125.411706
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.193152509
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.451518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1210.22469
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.02118070
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023652
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3942.2047784
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.3892.2037783
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.5893.2919715
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.2822.588262
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.294 624 -
Rwork0.218 11737 -
obs--99.36 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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