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- PDB-4ciy: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis type 2 dehydroqui... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ciy
タイトルCrystal structure of Mycobacterium tuberculosis type 2 dehydroquinase in complex with (1R,4R,5R)-1,4,5-trihydroxy-3-((1R)-1-hydroxy-2- phenyl)ethylcyclohex-2-en-1-carboxylic acid
要素3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE
キーワードLYASE / INHIBITOR / PROTEIN BINDING / SHIKIMIS ACID P SUBSTRATE SPECIFICITY
機能・相同性
機能・相同性情報


quinate catabolic process / Chorismate via Shikimate Pathway / 3-dehydroquinate dehydratase / 3-dehydroquinate dehydratase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dehydroquinase, class II / Dehydroquinase, class II, conserved site / Dehydroquinase class II signature. / Dehydroquinase, class II / Dehydroquinase, class II superfamily / Dehydroquinase class II / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NDY / 3-dehydroquinate dehydratase / 3-dehydroquinate dehydratase
類似検索 - 構成要素
生物種MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Otero, J.M. / Llamas-Saiz, A.L. / Lamb, H. / Hawkins, A.R. / Blanco, B. / Sedes, A. / Peon, A. / Gonzalez-Bello, C. / van Raaij, M.J.
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2014
タイトル: Exploring the water-binding pocket of the type II dehydroquinase enzyme in the structure-based design of inhibitors.
著者: Blanco, B. / Sedes, A. / Peon, A. / Otero, J.M. / van Raaij, M.J. / Thompson, P. / Hawkins, A.R. / Gonzalez-Bello, C.
履歴
登録2013年12月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年4月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年5月7日Group: Database references
改定 1.22018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1727
ポリマ－15,6771
非ポリマー4956
水1,65792
1
A: 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE
ヘテロ分子
x 12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)194,05884
ポリマ－188,12112
非ポリマー5,93772
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation46_445-y-1/2,z-1/2,-x1
crystal symmetry operation16_545x,-y-1/2,-z+1/21
crystal symmetry operation21_545y,z-1/2,x+1/21
crystal symmetry operation36_455-y-1/2,-z,x+1/21
crystal symmetry operation27_455-x-1/2,y,-z+1/21
crystal symmetry operation38_445-x-1/2,-y-1/2,z1
crystal symmetry operation19_545-z,-x-1/2,y+1/21
crystal symmetry operation42_445z-1/2,-x-1/2,-y1
crystal symmetry operation29_455z-1/2,x,y+1/21
crystal symmetry operation11_555y,-z,-x1
crystal symmetry operation8_555-z,x,-y1
Buried area36680 Å2
ΔGint-887.8 kcal/mol
Surface area49490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)126.205, 126.205, 126.205
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number196
Space group name H-MF23
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1145-

SO4

21A-1145-

SO4

31A-2014-

HOH

41A-2020-

HOH

51A-2068-

HOH

61A-2078-

HOH

71A-2087-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE / 3-DEHYDROQUINASE / TYPE II DHQASE


分子量: 15676.737 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
プラスミド: PKK233-2 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / Variant (発現宿主): SK3430
参照: UniProt: P0A4Z6, UniProt: P9WPX7*PLUS, 3-dehydroquinate dehydratase

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非ポリマー , 5種, 98分子

#2: 化合物 ChemComp-NDY / (1R,4R,5R)-1,4,5-trihydroxy-3-[(1R)-1-hydroxy-2-phenyl]ethylcyclohex-2-ene-1-carboxylic acid


分子量: 294.300 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H18O6
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 92 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.1 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5
詳細: 32% (V/V) 2-METHYL-2, 4-PENTANEDIOL, 0.3 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M 4-(2-HYDROXYETHYL)-PIPERAZINE-1-ETHANESULFONIC ACID SODIUM SALT (HEPES) PH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97908
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月7日 / 詳細: CYLINDRICAL GRAZING INCIDENCE MIRROR
放射モノクロメーター: CHANNEL-CUT SILICON MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97908 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→44.62 Å / Num. obs: 9857 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 25.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 19.8
反射 シェル解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2Y71

2y71


解像度: 2.1→38.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 4.065 / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.156 / ESU R Free: 0.15 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES ARE REFINED INDIVIDUALLY. GAP BY DISORDERED REGION BETWEEN ARG-18 AND TYR-24 INHIBITOR INCLUDED IN ENZYME ACTIVE SITE BY SOAKING OF ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES ARE REFINED INDIVIDUALLY. GAP BY DISORDERED REGION BETWEEN ARG-18 AND TYR-24 INHIBITOR INCLUDED IN ENZYME ACTIVE SITE BY SOAKING OF APO- CRYSTALS IN INHIBITOR SOLUTION
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19754 472 4.8 %RANDOM
Rwork0.14549 ---
obs0.14802 9359 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.123 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→38.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1032 0 30 92 1154
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0191096
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.021067
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5581.9821492
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8563.0042435
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2035135
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.78323.250
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.55515174
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.9031510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2178
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021230
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02254
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2680.2338
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1890.21042
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1820.2534
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0870.2667
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1890.237
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0460.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.3570.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3610.231
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1790.252
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1310.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.7923.1911096
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.6613.2161067
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.2564.7181492
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.74332.1572000
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.1224.7862435
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.214 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.227 70 -
Rwork0.167 1359 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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