PDB-4ch6: Structure of pyrrolysyl-tRNA synthetase in complex with adenylate...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ch6

タイトル

Structure of pyrrolysyl-tRNA synthetase in complex with adenylated propargyloxycarbonyl lysine

要素

PYRROLYSINE--TRNA LIGASE

キーワード

LIGASE / NON-NATURAL AMINO ACID / PYRROLYSINE

機能・相同性

機能・相同性情報

pyrrolysine-tRNAPyl ligase / pyrrolysyl-tRNA synthetase activity / tRNA aminoacylation for protein translation / tRNA binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

METHANOSARCINA MAZEI (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Fluegel, V. / Vrabel, M. / Schneider, S.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2014
タイトル: Structural Basis for the Site-Specific Incorporation of Lysine Derivatives Into Proteins.
著者: Flugel, V. / Vrabel, M. / Schneider, S.

履歴

登録	2013年11月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年3月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年5月7日	Group: Database references
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ch6.cif.gz	128.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ch6.ent.gz	99.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ch6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4ch6_validation.pdf.gz	716 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ch6_full_validation.pdf.gz	717.6 KB	表示
XML形式データ	4ch6_validation.xml.gz	13.5 KB	表示
CIF形式データ	4ch6_validation.cif.gz	19 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ch/4ch6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ch/4ch6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ch3C 4ch4C 4ch5C 4bwaS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4ch3-d 4bwa-d 4ch4-d 2zin-d 6aao-d 6lya-d 6aad-d 4tqd-d 2q7h-d 6ly6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (5)

登録構造単位

A: PYRROLYSINE--TRNA LIGASE

ヘテロ分子

34.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.933, 104.933, 70.964
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	172
Space group name H-M	P6₄

#1: タンパク質	PYRROLYSINE--TRNA LIGASE / PYRROLYSINE--TRNA(PYL) LIGASE / PYRROLYSYL-TRNA SYNTHETASE / PYLRS 分子量: 33416.227 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 185-454 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) METHANOSARCINA MAZEI (古細菌) / 株: GO1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA / 参照: UniProt: Q8PWY1, pyrrolysine-tRNAPyl ligase
#2: 化合物	ChemComp-YLA / (S)-2-amino-6-(((prop-2-yn-1-yloxy)carbonyl)amino)hexanoic (((2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl)methyl phosphoric)anhydride 分子量: 557.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₈N₇O₁₀P
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	FIRST 21 AMINO ACIDS DISORDERED

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.76 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.3 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7.4 / 詳細: 0.1 M LIAC, 12% PEG3350, pH 7.4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→38.29 Å / Num. obs: 28018 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 9.7 % / R_merge(I) obs: 0.03 / Net I/σ(I): 45.7
反射シェル	解像度: 2.05→2.12 Å / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 0.59 / Mean I/σ(I) obs: 3.29 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.7.0032	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4BWA

4bwa

解像度: 2.05→38.29 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.966 / SU B: 5.792 / SU ML: 0.08 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.132 / ESU R Free: 0.113 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.18474	1408	5 %	RANDOM
R_work	0.17369	-	-	-
obs	0.17426	26610	99.96 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 53.093 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.55 Å²	-0.55 Å²	0 Å²
2-	-	-0.55 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.8 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→38.29 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2089	0	59	117	2265

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.019	2219
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2121
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.497	2.009	2992
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.772	3	4877
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.388	5	270
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.335	23.491	106
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.13	15	390
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.293	15	21
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	327
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	2467
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	506
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.3	3.585	1062
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.297	3.585	1062
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.531	5.337	1323
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.531	5.342	1324
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.68	3.798	1157
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.68	3.798	1157
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.093	5.604	1665
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.995	28.45	2506
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	7.994	28.464	2507
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.311	113	-
R_work	0.303	1956	-
obs	-	-	99.76 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.1776	0.7967	-2.2139	7.9977	2.2614	4.0975	0.3175	-0.2597	-0.311	0.5555	-0.1398	-0.7877	0.3286	0.5549	-0.1777	0.1193	0.0243	-0.1172	0.1225	0.0213	0.2955	24.6834	103.4398	-7.5662
2	0.653	-1.2982	1.1753	2.6	-2.3595	2.1427	0.2087	0.2959	0.2759	-0.4539	-0.6526	-0.5035	0.4205	0.6087	0.4439	0.4136	0.0998	-0.1336	0.4028	0.0043	0.443	26.6549	97.6592	0.175
3	0.6961	-2.8061	-1.6123	12.15	7.2451	5.3436	-0.1737	-0.1024	-0.1381	1.1167	0.1397	0.4574	0.8158	-0.0194	0.034	0.2431	-0.1055	-0.0088	0.1088	0.0639	0.1651	17.3494	109.2111	1.6442
4	8.4046	4.4218	1.976	4.6558	0.915	1.9067	-0.0384	-0.0273	-0.215	0.1451	0.0624	-0.1881	0.068	0.0127	-0.024	0.0391	-0.0359	-0.0111	0.0872	0.0077	0.0733	30.517	131.5472	4.2949
5	1.7571	0.0226	0.2723	1.6176	0.1289	2.3361	-0.1035	0.1074	0.0991	-0.2163	0.0659	-0.2587	-0.1472	0.2164	0.0377	0.1022	-0.1104	0.0235	0.1448	0.0017	0.1479	36.812	142.5265	-9.8472
6	1.594	0.3117	0.1187	2.0709	0.2159	1.6856	-0.1609	0.2342	0.0401	-0.3455	0.1631	-0.2504	-0.1309	0.2609	-0.0022	0.1131	-0.1169	0.0339	0.1648	-0.0095	0.1275	38.0811	142.0727	-11.9366
7	3.5016	1.2125	0.962	1.7141	-0.099	1.5699	-0.1353	0.1115	-0.1748	-0.1525	0.0847	-0.2506	-0.0195	0.2627	0.0506	0.0429	-0.058	0.05	0.1385	-0.0309	0.1243	42.342	133.286	-6.0099
8	2.0255	0.342	0.5519	3.9165	-0.9975	2.2128	0.0002	0.2178	-0.2912	-0.2791	0.0252	-0.4769	0.205	0.2329	-0.0254	0.0394	-0.0118	-0.004	0.1652	-0.0235	0.2379	47.6797	127.1563	-0.0708
9	1.9359	0.7465	0.4053	2.1343	-0.1428	1.2703	-0.0464	0.1928	-0.17	-0.1367	0.0765	-0.2625	-0.0402	0.166	-0.0301	0.0741	-0.0452	0.0292	0.0891	-0.0432	0.0894	37.3836	129.7189	-5.9472

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	188 - 206
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	207 - 213
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	214 - 239
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	240 - 254
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	255 - 278
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	279 - 330
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	331 - 359
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	360 - 399
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	400 - 454

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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