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万見
- PDB-4c8k: Crystal structure of the large fragment of DNA polymerase I from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4c8k
タイトルCrystal structure of the large fragment of DNA polymerase I from Thermus Aquaticus in a partially closed complex with the artificial base pair d5SICS-dNaMTP
要素
  • 5'-D(*AP*AP*C*LHOP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*TP*GP*GP*TP*C)-3'
  • 5'-D(*GP*AP*CP*CP*AP*CP*GP*GP*CP*GP*C*DOC)-3'
  • DNA POLYMERASE I, THERMOSTABLE
キーワードTRANSFERASE/DNA / TRANSFERASE-DNA COMPLEX / UNNATURAL NUCLEOTIDE / ARTIFICIAL NUCLEOTIDE / BINARY COMPLEX / KLENTAQ
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleoside binding / 5'-3' exonuclease activity / double-strand break repair via alternative nonhomologous end joining / DNA-templated DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Taq polymerase, thermostable, exonuclease region / Taq polymerase, exonuclease / DNA polymerase I-like, H3TH domain / 5'-3' exonuclease, C-terminal SAM fold / 5'-3' exonuclease, alpha-helical arch, N-terminal / 5'-3' exonuclease, N-terminal resolvase-like domain / 5'-3' exonuclease / 5'-3' exonuclease / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 ...Taq polymerase, thermostable, exonuclease region / Taq polymerase, exonuclease / DNA polymerase I-like, H3TH domain / 5'-3' exonuclease, C-terminal SAM fold / 5'-3' exonuclease, alpha-helical arch, N-terminal / 5'-3' exonuclease, N-terminal resolvase-like domain / 5'-3' exonuclease / 5'-3' exonuclease / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 / DNA polymerase 1 / Alpha-Beta Plaits - #370 / Helix-hairpin-helix motif, class 2 / Helix-hairpin-helix class 2 (Pol1 family) motifs / 5'-3' exonuclease, C-terminal domain superfamily / DNA polymerase A / DNA polymerase family A / DNA-directed DNA polymerase, family A, conserved site / DNA polymerase family A signature. / DNA-directed DNA polymerase, family A, palm domain / DNA polymerase A domain / PIN-like domain superfamily / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif, class 1 / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif class 1 / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / DNA polymerase; domain 1 / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Alpha-Beta Plaits / DNA/RNA polymerase superfamily / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-BMR / DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase I, thermostable
類似検索 - 構成要素
生物種THERMUS AQUATICUS (バクテリア)
SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.17 Å
データ登録者Betz, K. / Malyshev, D.A. / Lavergne, T. / Welte, W. / Diederichs, K. / Romesberg, F.E. / Marx, A.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2013
タイトル: Structural Insights Into DNA Replication without Hydrogen Bonds.
著者: Betz, K. / Malyshev, D.A. / Lavergne, T. / Welte, W. / Diederichs, K. / Romesberg, F.E. / Marx, A.
履歴
登録2013年10月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年12月25日Group: Atomic model / Database references
改定 2.02017年8月23日Group: Atomic model / Data collection / Refinement description
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / refine / reflns / reflns_shell
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _refine.pdbx_method_to_determine_struct / _refine.pdbx_starting_model / _reflns.pdbx_CC_half / _reflns_shell.pdbx_CC_half
改定 2.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA POLYMERASE I, THERMOSTABLE
B: 5'-D(*GP*AP*CP*CP*AP*CP*GP*GP*CP*GP*C*DOC)-3'
C: 5'-D(*AP*AP*C*LHOP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*TP*GP*GP*TP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,3889
ポリマ－69,5193
非ポリマー8696
水2,594144
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6390 Å2
ΔGint-23.7 kcal/mol
Surface area25930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.039, 115.039, 91.106
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 DNA POLYMERASE I, THERMOSTABLE / TAQ POLYMERASE 1 / LARGE FRAGMENT OF TAQ DNA POLYMERASE I


分子量: 60936.965 Da / 分子数: 1 / 断片: KLENOW FRAGMENT, RESIDUES 293-832 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) THERMUS AQUATICUS (バクテリア) / プラスミド: PGDR11 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P19821, DNA-directed DNA polymerase

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DNA鎖 , 2種, 2分子 BC

#2: DNA鎖 5'-D(*GP*AP*CP*CP*AP*CP*GP*GP*CP*GP*C*DOC)-3'


分子量: 3617.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: PRIMER' / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#3: DNA鎖 5'-D(*AP*AP*C*LHOP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*TP*GP*GP*TP*C)-3'


分子量: 4964.315 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: TEMPLATE / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)

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非ポリマー , 5種, 150分子

#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-BMR / ((2R,3S,5R)-3-hydroxy-5-(3-methoxynaphthalen-2-yl)methyl-tetrahydrogen-triphosphate / dNaM-Triphosphate


分子量: 514.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H21O13P3
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細5'-AA OF THE TEMPLATE IS NOT RESOLVED IN THE STRUCTURE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.58 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7
詳細: 15% W/V PEG 8000, 100MM TRIS PH 7.0, 200MM MAGNESIUM FORMIAT

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.99987
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年10月22日 / 詳細: DYNAMICALLY BENDABLE MIRROR
放射モノクロメーター: LN2 COOLED FIXED-EXIT SI(111) MONOCHROMATOR
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.16→48.6 Å / Num. obs: 34375 / % possible obs: 91.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 42.06 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 14.44
反射 シェル解像度: 2.16→2.29 Å / 冗長度: 4.7 % / Mean I/σ(I) obs: 0.47 / CC1/2: 0.478 / % possible all: 51.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 3m8s

3m8s


解像度: 2.17→48.637 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 16.32 / 位相誤差: 26.44 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: RESIDUES 643-660 HAVE HIGH B- -FACTORS
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2214 1671 5 %
Rwork0.1811 --
obs0.1832 33357 89.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 51.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.17→48.637 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4291 530 54 144 5019
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075049
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.876944
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.8691970
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.034757
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004824
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.17-2.23390.3339720.36461602X-RAY DIFFRACTION99
2.2339-2.3060.3744560.2991987X-RAY DIFFRACTION98
2.306-2.38840.29011460.22612914X-RAY DIFFRACTION100
2.3884-2.4840.25871290.21052948X-RAY DIFFRACTION100
2.484-2.5970.25241540.20992910X-RAY DIFFRACTION100
2.597-2.73390.24061610.20812906X-RAY DIFFRACTION100
2.7339-2.90520.26631510.20942929X-RAY DIFFRACTION100
2.9052-3.12950.25811760.22262936X-RAY DIFFRACTION100
3.1295-3.44440.25561420.192936X-RAY DIFFRACTION100
3.4444-3.94260.20921410.16692569X-RAY DIFFRACTION87
3.9426-4.96640.18161720.14152972X-RAY DIFFRACTION100
4.9664-48.64940.18281710.1573077X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9109-0.5436-0.22961.5411-0.2120.9151-0.1146-0.0046-0.3103-0.1263-0.019-0.10230.31770.1056-00.5005-0.05370.05430.2709-0.00420.320242.8379-45.8972-17.8253
20.84680.1014-0.22020.23370.19361.41570.01020.00020.3215-0.07270.0466-0.0099-0.20360.06310.00060.383-0.0692-0.00510.2470.00490.424434.0662-16.9066-3.4864
30.05430.04340.11260.03940.07740.1205-0.08330.0236-0.0001-0.14530.01490.0269-0.7811-0.3824-01.00820.11890.00710.69120.11120.75318.5903-14.2162-7.066
41.353-0.0253-0.49130.4536-0.19671.1973-0.09110.05610.0144-0.04340.00830.0730.0084-0.210400.3663-0.0835-0.03760.30370.02290.287218.7319-28.1173-11.6038
50.01780.0716-0.10240.0739-0.18130.2176-0.25970.3216-0.06490.3479-0.1570.1643-0.56420.5374-0.01930.3654-0.02680.00240.47890.04680.41240.7262-26.28515.3644
60.05840.0221-0.26450.37120.35170.4301-0.3342-0.0866-0.17570.11760.2414-0.14970.18890.13750.00010.38120.0023-0.01410.38220.00310.342836.985-26.79465.7586
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 293 THROUGH 433 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 434 THROUGH 633 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESID 634 THROUGH 671 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESID 672 THROUGH 832 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN B AND (RESID 101 THROUGH 111 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN C AND (RESID 203 THROUGH 216 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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