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- PDB-4bvp: Legionella pneumophila NTPDase1 crystal form II (closed) in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bvp
タイトルLegionella pneumophila NTPDase1 crystal form II (closed) in complex with heptamolybdate and octamolybdate
要素ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE I
キーワードHYDROLASE / APYRASE / PURINERGIC SIGNALLING / KEGGIN / TRANSITION STATE / ADPASE / CD39
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleoside diphosphate catabolic process / nucleoside diphosphate phosphatase activity / nucleotide binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Exopolyphosphatase. Domain 2 / Nucleoside phosphatase GDA1/CD39 / GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TETRAKIS-(MU-OXO)-DECA-OXO-TRIMOLYBDENUM / Chem-8M0 / bis(mu2-oxo)-octaoxo-dimolybdenum (VI) / Chem-MO7 / MOLYBDATE ION / Ectonucleoside triphosphate diphosphohydrolase I
類似検索 - 構成要素
生物種LEGIONELLA PNEUMOPHILA (バクテリア)
手法X線回折 / OTHER / 解像度: 1.49 Å
データ登録者Zebisch, M. / Schaefer, P. / Straeter, N.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Structures of Legionella Pneumophila Ntpdase1 in Complex with Polyoxometallates.
著者: Zebisch, M. / Krauss, M. / Schafer, P. / Strater, N.
履歴
登録2013年6月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月9日Group: Database references
改定 1.22014年4月16日Group: Database references
改定 1.32014年12月17日Group: Atomic model / Derived calculations ...Atomic model / Derived calculations / Non-polymer description / Other
改定 1.42024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE I
B: ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,55335
ポリマ－83,7612
非ポリマー8,79233
水8,125451
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10530 Å2
ΔGint-75.2 kcal/mol
Surface area30060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.564, 85.436, 71.779
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.94, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE I / NTPDASE1


分子量: 41880.594 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) LEGIONELLA PNEUMOPHILA (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5ZUA2

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非ポリマー , 12種, 484分子

#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-MOO / MOLYBDATE ION / MOLYBDATE


分子量: 159.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: MoO4
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物
ChemComp-M27 / bis(mu2-oxo)-octaoxo-dimolybdenum (VI) / dimolybdate [Mo(VI)2O10]8-


分子量: 351.874 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mo2O10
#8: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#9: 化合物 ChemComp-6LL / TETRAKIS-(MU-OXO)-DECA-OXO-TRIMOLYBDENUM


分子量: 511.812 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mo3O14
#10: 化合物 ChemComp-MO7 / bis(mu4-oxo)-bis(mu3-oxo)-octakis(mu2-oxo)-dodecaoxo-heptamolybdenum (VI) / HEPTAMOLYBDATE [Mo(VI)7O24]6-


分子量: 1055.566 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mo7O24
#11: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#12: 化合物 ChemComp-8M0 / bis(mu4-oxo)-tetrakis(mu3-oxo)-hexakis(mu2-oxo)-hexadecaoxo-octamolybdenum (VI) / Octamolybdate [Mo(VI)8O28]8-


分子量: 1215.503 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mo8O28
#13: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 451 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 100MM NAMES PH 5.2, 11% PEG3350, 20MM MGCL2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / 波長: 1.5418
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.49→45.3 Å / Num. obs: 119751 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 12.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 18.4

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.7.0029 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: OTHER / 解像度: 1.49→45.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 2.114 / SU ML: 0.036 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.065 / ESU R Free: 0.061 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16858 1207 1 %RANDOM
Rwork0.12608 ---
obs0.12652 118516 96.33 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.175 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.1 Å20 Å2-0.59 Å2
2--0.96 Å20 Å2
3----0.81 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.49→45.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5856 0 282 451 6589
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.026530
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.5772.1149102
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9545796
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.90426.049329
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.132151018
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.176158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.120.2923
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0214932
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr4.68236530
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free27.6555143
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded16.81656615
LS精密化 シェル解像度: 1.486→1.525 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.248 90 -
Rwork0.175 7906 -
obs--87.06 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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