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- PDB-4bqs: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis shikimate kinase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bqs
タイトルCrystal structure of Mycobacterium tuberculosis shikimate kinase in complex with ADP and a shikimic acid derivative.
要素SHIKIMATE KINASE
キーワードTRANSFERASE / PHOSPHOTRANSFERASES (ALCOHOL GROUP ACCEPTOR) / SHIKIMIC ACID PATHWAY / INHIBITOR
機能・相同性
機能・相同性情報


shikimate kinase / shikimate kinase activity / shikimate metabolic process / Chorismate via Shikimate Pathway / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / magnesium ion binding / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Shikimate kinase, conserved site / Shikimate kinase signature. / Shikimate kinase/Threonine synthase-like 1 / Shikimate kinase/gluconokinase / Shikimate kinase / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Chem-K2Q / Shikimate kinase / Shikimate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Otero, J.M. / Garcia-Doval, C. / Llamas-Saiz, A.L. / Blanco, B. / Prado, V. / Lence, E. / Lamb, H. / Hawkins, A.R. / Gonzalez-Bello, C. / van Raaij, M.J.
引用ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2013
タイトル: Mycobacterium tuberculosis shikimate kinase inhibitors: design and simulation studies of the catalytic turnover.
著者: Blanco, B. / Prado, V. / Lence, E. / Otero, J.M. / Garcia-Doval, C. / van Raaij, M.J. / Llamas-Saiz, A.L. / Lamb, H. / Hawkins, A.R. / Gonzalez-Bello, C.
履歴
登録2013年6月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月28日Group: Database references
改定 1.22018年2月7日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation / citation_author
Item: _audit_author.name / _citation.journal_abbrev ..._audit_author.name / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32019年1月30日Group: Data collection / Experimental preparation
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SHIKIMATE KINASE
B: SHIKIMATE KINASE
C: SHIKIMATE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,7559
ポリマ－55,8373
非ポリマー1,9186
水2,540141
1
A: SHIKIMATE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,2523
ポリマ－18,6121
非ポリマー6392
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: SHIKIMATE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,2523
ポリマ－18,6121
非ポリマー6392
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: SHIKIMATE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,2523
ポリマ－18,6121
非ポリマー6392
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.653, 60.959, 89.976
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.44, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.13579, 0.76259, -0.63247), (-0.76588, -0.48576, -0.42126), (-0.62848, 0.4272, 0.65001)50.78946, 24.22085, -10.92785
2given(0.17682, -0.75102, 0.63617), (-0.74685, -0.52336, -0.41025), (0.64105, -0.40258, -0.65344)-20.30539, 55.58348, 99.54014
3given(0.14478, 0.75556, 0.63888), (0.77184, -0.49025, 0.40487), (0.61911, 0.43449, -0.65415)-83.81224, -22.23803, 103.53188

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要素

#1: タンパク質 SHIKIMATE KINASE / SK


分子量: 18612.352 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P0A4Z2, UniProt: P9WPY3*PLUS, shikimate kinase
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-K2Q / (1R,6R,10S)-6,10-dihydroxy-2-oxabicyclo[4.3.1]deca-4(Z),7-diene-8-carboxylic acid


分子量: 212.199 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12O5
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 141 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.63 % / 解説: NONE
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: VAPOR DIFUSION, SITTING DROP, 20% (W/V) PEG 3350, 500 MM LICL AND 100 MM TRIS.HCL PH 7.8, ATP, SHIKIMIC ACID DERIVATIVE, TEMPERATURE 291 K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9798
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月3日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→28.85 Å / Num. obs: 22876 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 21 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 2.15→2.27 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 79.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2G1K

2g1k


解像度: 2.15→28.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 6.399 / SU ML: 0.164 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.327 / ESU R Free: 0.226 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY RESIDUES 171-176 ARE DISORDERED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23506 1165 5.1 %RANDOM
Rwork0.1723 ---
obs0.17554 21698 95.27 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.371 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.07 Å20 Å22.91 Å2
2---0.79 Å20 Å2
3----0.55 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→28.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3774 0 126 141 4041
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0193954
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023945
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7472.0215370
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8563.0038988
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8535504
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.21320.385156
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.56215645
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.3781563
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2627
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0214419
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02897
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2390.2986
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1690.23817
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1820.21974
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0840.22592
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1490.2137
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.1450.23
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3470.234
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1630.2107
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1560.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other0.0180.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4673.0253954
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.5793.0843945
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.7774.4835370
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.81229.0662955
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.9539.535456
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.266 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.316 138 -
Rwork0.231 2625 -
obs--79.03 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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