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万見
- PDB-4bmm: Crystal structure of Trypanosoma cruzi CYP51 bound to the inhibit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bmm
タイトルCrystal structure of Trypanosoma cruzi CYP51 bound to the inhibitor (R)-N-(3-(1H-indol-3-yl)-1-oxo-1-(pyridin-4-ylamino)propan-2-yl)-2',3, 5'-trifluoro-(1,1'-biphenyl)-4-carboxamide
要素STEROL 14-ALPHA DEMETHYLASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / STEROL BIOSYNTHESIS / CHAGAS DISEASE
機能・相同性
機能・相同性情報


sterol 14alpha-demethylase / sterol 14-demethylase activity / steroid 7-alpha-hydroxylase activity / oxysterol 7-alpha-hydroxylase activity / sterol biosynthetic process / bile acid biosynthetic process / cholesterol homeostasis / iron ion binding / heme binding / membrane
類似検索 - 分子機能
: / Cytochrome P450, E-class, group IV / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-TU1 / Sterol 14-alpha demethylase
類似検索 - 構成要素
生物種TRYPANOSOMA CRUZI (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.84 Å
データ登録者Choi, J.Y. / Calvet, C.M. / Gunatilleke, S.S. / Roush, W.R. / McKerrow, J.H. / Podust, L.M.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2014
タイトル: 4-Aminopyridyl-Based Cyp51 Inhibitors as Anti-Trypanosoma Cruzi Drug Leads with Improved Pharmacokinetic Profile and in Vivo Potency.
著者: Calvet, C.M. / Vieira, D.F. / Choi, J.Y. / Kellar, D. / Cameron, M.D. / Siqueira-Neto, J.L. / Gut, J. / Johnston, J.B. / Lin, L. / Khan, S. / Mckerrow, J.H. / Roush, W.R. / Podust, L.M.
履歴
登録2013年5月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年6月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年8月20日Group: Database references / Other
改定 1.22014年9月10日Group: Database references
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: STEROL 14-ALPHA DEMETHYLASE
B: STEROL 14-ALPHA DEMETHYLASE
C: STEROL 14-ALPHA DEMETHYLASE
D: STEROL 14-ALPHA DEMETHYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)217,67112
ポリマ－213,1474
非ポリマー4,5248
水68538
1
B: STEROL 14-ALPHA DEMETHYLASE
D: STEROL 14-ALPHA DEMETHYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,8366
ポリマ－106,5742
非ポリマー2,2624
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4550 Å2
ΔGint-70.7 kcal/mol
Surface area35360 Å2
手法PISA
2
A: STEROL 14-ALPHA DEMETHYLASE
C: STEROL 14-ALPHA DEMETHYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,8366
ポリマ－106,5742
非ポリマー2,2624
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4820 Å2
ΔGint-68.7 kcal/mol
Surface area35170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)272.469, 66.452, 122.219
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.65, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質
STEROL 14-ALPHA DEMETHYLASE / TC14DM / CYTOCHROME P450 51 / LANOSTEROL 14-ALPHA DEMETHYLASE / STEROL 14-DEMETHYLASE / CYP51


分子量: 53286.820 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 32-481 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) TRYPANOSOMA CRUZI (トリパノソーマ)
株: CL BRENER / プラスミド: PCW / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / Variant (発現宿主): HMS174(DE3) / 参照: UniProt: Q7Z1V1, sterol 14alpha-demethylase
#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物
ChemComp-TU1 / 4-[2,5-bis(fluoranyl)phenyl]-2-fluoranyl-N-[(2R)-3-(1H-indol-3-yl)-1-oxidanylidene-1-(pyridin-4-ylamino)propan-2-yl]benzamide


分子量: 514.498 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H21F3N4O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE (HEM): HEME THIOLATE BOUND TO CYS 422
配列の詳細FIRST 32 RESIDUES AT THE N-TERMINUS ARE REPLACED WITH THE MAKKTSSKGKL SEQUENCE, 6XHIS TAG ...FIRST 32 RESIDUES AT THE N-TERMINUS ARE REPLACED WITH THE MAKKTSSKGKL SEQUENCE, 6XHIS TAG ENGINEERED AT THE C-TERMINUS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.7 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5.5
詳細: 0.1 M AMMONIUM ACETATE, 0.1 M BIS-TRIS PH 5.5, 17% PEG 10K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11587
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月29日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.84→127.48 Å / Num. obs: 48741 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 83.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル解像度: 2.84→2.99 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.72 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2YMC

2ymc
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.84→114.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU B: 50.234 / SU ML: 0.426 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.463 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29005 2469 5.1 %RANDOM
Rwork0.18908 ---
obs0.19427 46238 99.72 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 78.461 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.95 Å20 Å2-0.17 Å2
2--6.66 Å20 Å2
3----2.84 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.84→114.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13726 0 324 38 14088
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.01914434
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0213657
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.571.99319639
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.85331336
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.84551757
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.05423.405602
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.775152359
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.9631598
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.22134
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02116249
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.023359
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.3163.7597052
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other5.3163.7587051
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.1595.6258801
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.0283.827382
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.861328091
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free81.608525
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded24.66527727
LS精密化 シェル解像度: 2.84→2.914 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.403 192 -
Rwork0.301 3384 -
obs--99.44 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.22180.1152-0.18030.0754-0.07690.45110.0002-0.06670.0002-0.030.0189-0.04890.0175-0.1079-0.01910.4692-0.02380.00390.5181-0.0030.492-55.8827-33.10612.1997
20.35650.2108-0.3620.1372-0.20050.40680.00070.02990.04610.0150.0028-0.0086-0.0224-0.055-0.00350.4727-0.0152-0.0060.6111-0.00360.4499-96.6398-50.778241.5366
30.1934-0.01830.07840.2164-0.14130.11690.0073-0.0376-0.015-0.01670.01920.01140.01030.0017-0.02660.46250.00220.01460.6281-0.01890.4645-37.8003-20.734647.0214
40.3237-0.11370.06190.04520.00640.2701-0.0232-0.09550.00950.00090.01070.01430.03670.00930.01240.4601-0.00540.02190.54460.00390.5081-126.4915-66.125116.9606
50.1202-0.0260.01620.0150.00370.05940.0295-0.0509-0.0249-0.06230.00030.0529-0.01970.0321-0.02980.5876-0.027-0.00620.0519-0.04850.6234-66.3862-33.371121.6124
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A30 - 1460
2X-RAY DIFFRACTION2B30 - 1460
3X-RAY DIFFRACTION3C30 - 1460
4X-RAY DIFFRACTION4D30 - 1460
5X-RAY DIFFRACTION5A2001 - 2013
6X-RAY DIFFRACTION5B2001 - 2007
7X-RAY DIFFRACTION5C2001 - 2009
8X-RAY DIFFRACTION5D2001 - 2009

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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