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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4bei | ||||||
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タイトル | V. cholera biofilm scaffolding protein RbmA in complex with 18-crown- 6 | ||||||
要素 | RBMA | ||||||
キーワード | CELL ADHESION / BACTERIAL COMMUNITY | ||||||
機能・相同性 | Immunoglobulin-like - #3880 / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / 1,4,7,10,13,16-HEXAOXACYCLOOCTADECANE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / : 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | VIBRIO CHOLERAE MJ-1236 (コレラ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Maestre-Reyna, M. / Wang, A.H.-J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Plos One / 年: 2013 タイトル: Structural Insights Into Rbma, a Biofilm Scaffolding Protein of V. Cholerae. 著者: Maestre-Reyna, M. / Wu, W. / Wang, A.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4bei.cif.gz | 365.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4bei.ent.gz | 298.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4bei.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4bei_validation.pdf.gz | 3.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4bei_full_validation.pdf.gz | 3.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 4bei_validation.xml.gz | 69 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4bei_validation.cif.gz | 90.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/be/4bei ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/be/4bei | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28696.119 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) VIBRIO CHOLERAE MJ-1236 (コレラ菌) Variant: SEROTYPE O1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C3NSJ9 #2: 化合物 | ChemComp-O4B / #3: 化合物 | ChemComp-PEG / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.1 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 7 詳細: 0.1 M HEPES PH 7 0.2 M CACL2 30 % (V/V) PEG 400 50 MM 18-CROWN-6 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13C1 / 波長: 0.97622 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月15日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: HORIZONTALLY FOCUSING SINGLE CRYSTAL MONOCHROMATOR プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97622 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→22 Å / Num. obs: 75002 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 21.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.9 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.93 / Mean I/σ(I) obs: 2.44 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 4BE5 解像度: 2.6→21.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 12.154 / SU ML: 0.253 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.624 / ESU R Free: 0.312 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 53.439 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→21.96 Å
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拘束条件 |
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