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- PDB-4bc9: MAMMALIAN ALKYLDIHYDROXYACETONEPHOSPHATE SYNTHASE: WILD-TYPE, ADD... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bc9
タイトルMAMMALIAN ALKYLDIHYDROXYACETONEPHOSPHATE SYNTHASE: WILD-TYPE, ADDUCT WITH CYANOETHYL
要素ALKYLDIHYDROXYACETONEPHOSPHATE SYNTHASE, PEROXISOMAL
キーワードTRANSFERASE / PLASMALOGEN / FLAVIN / PEROXISOME
機能・相同性
機能・相同性情報


alkylglycerone-phosphate synthase / alkylglycerone-phosphate synthase activity / ether lipid biosynthetic process / peroxisomal membrane / FAD binding / peroxisome
類似検索 - 分子機能
Double Stranded RNA Binding Domain - #650 / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 - #330 / Alpha-Beta Plaits - #3450 / Alkyldihydroxyacetonephosphate synthase / Vanillyl-alcohol Oxidase; Chain A, domain 4 / Vanillyl-alcohol Oxidase; Chain A, domain 4 / FAD-linked oxidase, C-terminal / FAD linked oxidases, C-terminal domain / Vanillyl-alcohol oxidase, C-terminal subdomain 2 / FAD-linked oxidase-like, C-terminal ...Double Stranded RNA Binding Domain - #650 / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 - #330 / Alpha-Beta Plaits - #3450 / Alkyldihydroxyacetonephosphate synthase / Vanillyl-alcohol Oxidase; Chain A, domain 4 / Vanillyl-alcohol Oxidase; Chain A, domain 4 / FAD-linked oxidase, C-terminal / FAD linked oxidases, C-terminal domain / Vanillyl-alcohol oxidase, C-terminal subdomain 2 / FAD-linked oxidase-like, C-terminal / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase, domain 2 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 2 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3 - #10 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3 / FAD linked oxidase, N-terminal / FAD binding domain / FAD-binding, type PCMH, subdomain 1 / FAD-binding domain, PCMH-type / PCMH-type FAD-binding domain profile. / FAD-binding, type PCMH, subdomain 2 / FAD-binding, type PCMH-like superfamily / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / Double Stranded RNA Binding Domain / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
propanenitrile / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Alkyldihydroxyacetonephosphate synthase, peroxisomal
類似検索 - 構成要素
生物種CAVIA PORCELLUS (哺乳類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.41 Å
データ登録者Nenci, S. / Piano, V. / Rosati, S. / Aliverti, A. / Pandini, V. / Fraaije, M.W. / Heck, A.J.R. / Edmondson, D.E. / Mattevi, A.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Precursor of Ether Phospholipids is Synthesized by a Flavoenzyme Through Covalent Catalysis.
著者: Nenci, S. / Piano, V. / Rosati, S. / Aliverti, A. / Pandini, V. / Fraaije, M.W. / Heck, A.J.R. / Edmondson, D.E. / Mattevi, A.
履歴
登録2012年10月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年11月28日Group: Database references
改定 1.22019年5月8日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32019年5月15日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ALKYLDIHYDROXYACETONEPHOSPHATE SYNTHASE, PEROXISOMAL
B: ALKYLDIHYDROXYACETONEPHOSPHATE SYNTHASE, PEROXISOMAL
C: ALKYLDIHYDROXYACETONEPHOSPHATE SYNTHASE, PEROXISOMAL
D: ALKYLDIHYDROXYACETONEPHOSPHATE SYNTHASE, PEROXISOMAL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)295,40515
ポリマ－291,7554
非ポリマー3,65111
水5,765320
1
C: ALKYLDIHYDROXYACETONEPHOSPHATE SYNTHASE, PEROXISOMAL
D: ALKYLDIHYDROXYACETONEPHOSPHATE SYNTHASE, PEROXISOMAL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,6557
ポリマ－145,8772
非ポリマー1,7775
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9680 Å2
ΔGint-65.9 kcal/mol
Surface area38090 Å2
手法PISA
2
A: ALKYLDIHYDROXYACETONEPHOSPHATE SYNTHASE, PEROXISOMAL
B: ALKYLDIHYDROXYACETONEPHOSPHATE SYNTHASE, PEROXISOMAL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,7518
ポリマ－145,8772
非ポリマー1,8736
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9860 Å2
ΔGint-72.5 kcal/mol
Surface area38940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.910, 98.620, 106.280
Angle α, β, γ (deg.)90.92, 89.84, 95.66
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYGLYLYSLYS1AA81 - 10281 - 102
21GLYGLYLYSLYS1BB81 - 10281 - 102
31GLYGLYLYSLYS1CC81 - 10281 - 102
41GLYGLYLYSLYS1DD81 - 10281 - 102
12SERSERARGARG4AA158 - 265158 - 265
22SERSERARGARG4BB158 - 265158 - 265
32SERSERARGARG4CC158 - 265158 - 265
42SERSERARGARG4DD158 - 265158 - 265
13VALVALGLNGLN4AA278 - 425278 - 425
23VALVALGLNGLN4BB278 - 425278 - 425
33VALVALGLNGLN4CC278 - 425278 - 425
43VALVALGLNGLN4DD278 - 425278 - 425
14VALVALGLYGLY4AA465 - 472465 - 472
24VALVALGLYGLY4BB465 - 472465 - 472
34VALVALGLYGLY4CC465 - 472465 - 472
44VALVALGLYGLY4DD465 - 472465 - 472
15METMETTYRTYR4AA514 - 578514 - 578
25METMETTYRTYR4BB514 - 578514 - 578
35METMETTYRTYR4CC514 - 578514 - 578
45METMETTYRTYR4DD514 - 578514 - 578
16VALVALLEULEU4AA594 - 658594 - 658
26VALVALLEULEU4BB594 - 658594 - 658
36VALVALLEULEU4CC594 - 658594 - 658
46VALVALLEULEU4DD594 - 658594 - 658

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.97133, 0.224622, -0.077864), (0.224965, -0.974357, -0.004451), (-0.076867, -0.013193, -0.996954)-6.14117, 90.33826, 109.0787
3given(0.985702, 0.02544, 0.166564), (0.143678, 0.389484, -0.909758), (-0.088018, 0.920682, 0.38026)14.1398, 8.37867, -36.77331
4given(0.995264, 0.046522, -0.085358), (0.096625, -0.377042, 0.921142), (0.01067, -0.925027, -0.379752)11.98444, 85.4635, 144.05267

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要素

#1: タンパク質
ALKYLDIHYDROXYACETONEPHOSPHATE SYNTHASE, PEROXISOMAL / ALKYL-DHAP SYNTHASE / ALKYLGLYCERONE-PHOSPHATE SYNTHASE


分子量: 72938.695 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) CAVIA PORCELLUS (哺乳類) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P97275, alkylglycerone-phosphate synthase
#2: 化合物
ChemComp-CNV / propanenitrile / プロピオニトリル


分子量: 55.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N
#3: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 320 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細CYANOETHYL (CNV): CYANOETHYL COVALENT ADDUCT WITH THE FLAVIN N5 ATOM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 % / 解説: NONE
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: CRYSTALS WERE OBTAINED USING VAPOR-DIFFUSION SITTING-DROP AT 20 DEGREES C BY MIXING EQUAL VOLUMES OF 10 MG PROTEIN/ML IN 50 MM NACL, 5% (V/V) GLYCEROL, 50 MM TRIS/HCL PH 8.0 AND OF 30% (W/V) ...詳細: CRYSTALS WERE OBTAINED USING VAPOR-DIFFUSION SITTING-DROP AT 20 DEGREES C BY MIXING EQUAL VOLUMES OF 10 MG PROTEIN/ML IN 50 MM NACL, 5% (V/V) GLYCEROL, 50 MM TRIS/HCL PH 8.0 AND OF 30% (W/V) PEG1500 IN 100 MM NA/HEPES PH 7.5.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→54 Å / Num. obs: 92832 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 2.4→2.5 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.58 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 97

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0027精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4BBY

4bby


解像度: 2.41→54.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.888 / SU B: 9.211 / SU ML: 0.211 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.424 / ESU R Free: 0.266 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24767 1014 1.1 %RANDOM
Rwork0.18627 ---
obs0.18695 91818 97.58 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.209 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.61 Å2-0.11 Å2-0.62 Å2
2---1.51 Å20.55 Å2
3---3.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.41→54.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17260 0 243 320 17823
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0217923
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.651.96924279
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.63352193
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.4823.988820
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.561153015
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.07715112
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.22629
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02113574
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A3052medium positional0.420.5
2B3052medium positional0.350.5
3C3052medium positional0.330.5
4D3052medium positional0.350.5
1A186tight thermal3.240.5
2B186tight thermal4.820.5
3C186tight thermal5.340.5
4D186tight thermal4.530.5
1A3052medium thermal3.772
2B3052medium thermal3.82
3C3052medium thermal42
4D3052medium thermal4.72
LS精密化 シェル解像度: 2.41→2.472 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.282 69 -
Rwork0.247 6675 -
obs--96.74 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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