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- PDB-4b2h: COMPLEXES OF DODECIN WITH FLAVIN AND FLAVIN-LIKE LIGANDS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4b2h
タイトルCOMPLEXES OF DODECIN WITH FLAVIN AND FLAVIN-LIKE LIGANDS
要素DODECIN
キーワードFLAVOPROTEIN / BIOTECHNOLOGICAL APPLICATION OF DODECIN BINDING PROPERTIES / FLAVIN-DNA LIGAND HYBRID
機能・相同性
機能・相同性情報


Dodecin / Dodecin-like superfamily / Dodecin / Flavin-binding protein dodecin / Dodecin-like / Dodecin subunit-like / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-C3F / Dodecin
類似検索 - 構成要素
生物種HALOBACTERIUM SALINARUM (好塩性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Yu, Y. / Heidel, B. / Parapugna, T.L. / Wenderhold-Reeb, S. / Song, B. / Schoenherr, H. / Grininger, M. / Noell, G.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2013
タイトル: The Flavoprotein Dodecin as a Redox Probe for Electron Transfer Through DNA.
著者: Yu, Y. / Heidel, B. / Parapugna, T.L. / Wenderhold-Reeb, S. / Song, B. / Schonherr, H. / Grininger, M. / Noll, G.
履歴
登録2012年7月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月16日Group: Data collection / Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_struct_special_symmetry ...pdbx_database_status / pdbx_struct_special_symmetry / reflns / reflns_shell
Item: _pdbx_database_status.status_code_sf / _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _reflns_shell.Rmerge_I_obs
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DODECIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,7427
ポリマ－8,1971
非ポリマー5456
水1,42379
1
A: DODECIN
ヘテロ分子
x 12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,90584
ポリマ－98,36312
非ポリマー6,54272
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation52_555x,-y,-z1
crystal symmetry operation59_555y,-z,-x1
crystal symmetry operation54_555z,-x,-y1
crystal symmetry operation75_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation82_555-y,z,-x1
crystal symmetry operation80_555-z,x,-y1
crystal symmetry operation36_555-y,-z,x1
crystal symmetry operation31_555-z,-x,y1
crystal symmetry operation26_555-x,-y,z1
Buried area33020 Å2
ΔGint-592.7 kcal/mol
Surface area25360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)142.005, 142.005, 142.005
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number210
Space group name H-MF4132
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-102-

SO4

21A-102-

SO4

31A-104-

NA

41A-106-

CL

51A-2031-

HOH

61A-2037-

HOH

71A-2051-

HOH

81A-2061-

HOH

91A-2078-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 DODECIN


分子量: 8196.948 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: LIGAND-BOUND FORM / 由来: (組換発現) HALOBACTERIUM SALINARUM (好塩性) / 株: R1 / 解説: GERMAN COLLECTION OF MICROORGANISMS (DSM 671) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B0R5M0

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非ポリマー , 6種, 85分子

#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-C3F / 3-[7,8-dimethyl-2,4-bis(oxidanylidene)benzo[g]pteridin-10-yl]propylcarbamic acid


分子量: 343.337 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H17N5O4
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLU 45 TO ALA
非ポリマーの詳細[4-(7,8-DIMETHYL-2,4-DIOXO-3, 4-DIHYDROBENZO[G]PTERIDIN-10(2H)-YL)PROPYL]CARBAMIC ACID (C3F): ...[4-(7,8-DIMETHYL-2,4-DIOXO-3, 4-DIHYDROBENZO[G]PTERIDIN-10(2H)-YL)PROPYL]CARBAMIC ACID (C3F): ISOALLOXAZINE RING CONNECTED TO DNA VIA PROPYL CHAIN
配列の詳細MUTATION OF E45A AND DELETION OF GLU50 AND GLU51 OE3073R AT HALOLEX DATABASE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.28 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9393
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9393 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→20 Å / Num. obs: 20156 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 18 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 27.5
反射 シェル解像度: 1.6→1.7 Å / 冗長度: 18 % / Rmerge(I) obs: 0.625 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2CCC

2ccc


解像度: 1.6→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.969 / SU B: 0.897 / SU ML: 0.032 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.057 / ESU R Free: 0.056 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17759 862 5.2 %RANDOM
Rwork0.1665 ---
obs0.16709 15863 99.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.739 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数473 0 34 79 586
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0330.02522
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg3.7631.999719
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.192565
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.97626.2524
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.7521577
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.386152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.3020.286
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0170.02397
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.641 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.293 53 -
Rwork0.224 1001 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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