[日本語] English
万見
- PDB-4agw: Discovery of a small molecule type II inhibitor of wild-type and ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4agw
タイトルDiscovery of a small molecule type II inhibitor of wild-type and gatekeeper mutants of BCR-ABL, PDGFRalpha, Kit, and Src kinases
要素PROTO-ONCOGENE TYROSINE-PROTEIN KINASE SRC
キーワードTRANSFERASE / ATP-BINDING / LIPOPROTEIN / MYRISTATE / PHOSPHOPROTEIN / SH2 DOMAIN / SH3 DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Signaling by ERBB2 / Nuclear signaling by ERBB4 / PIP3 activates AKT signaling / Signaling by SCF-KIT / Regulation of KIT signaling / Signaling by EGFR / GAB1 signalosome / Regulation of gap junction activity / FCGR activation / PECAM1 interactions ...Signaling by ERBB2 / Nuclear signaling by ERBB4 / PIP3 activates AKT signaling / Signaling by SCF-KIT / Regulation of KIT signaling / Signaling by EGFR / GAB1 signalosome / Regulation of gap junction activity / FCGR activation / PECAM1 interactions / CD28 co-stimulation / CTLA4 inhibitory signaling / EPHA-mediated growth cone collapse / Ephrin signaling / G alpha (i) signalling events / GP1b-IX-V activation signalling / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / VEGFR2 mediated cell proliferation / RAF activation / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / RET signaling / Receptor Mediated Mitophagy / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / Downregulation of ERBB4 signaling / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / Cyclin D associated events in G1 / Regulation of RUNX3 expression and activity / Activated NTRK3 signals through PI3K / Downstream signal transduction / MAP2K and MAPK activation / Integrin signaling / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / DCC mediated attractive signaling / MET activates PTK2 signaling / Extra-nuclear estrogen signaling / EPHB-mediated forward signaling / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / VEGFA-VEGFR2 Pathway / connexin binding / osteoclast development / progesterone receptor signaling pathway / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / bone resorption / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / non-specific protein-tyrosine kinase / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / epidermal growth factor receptor signaling pathway / cell junction / protein phosphatase binding / protein tyrosine kinase activity / mitochondrial inner membrane / cell differentiation / cytoskeleton / endosome membrane / cell adhesion / regulation of cell cycle / cell cycle / phosphorylation / innate immune response / focal adhesion / signaling receptor binding / heme binding / perinuclear region of cytoplasm / protein-containing complex / ATP binding / membrane / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain ...SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NG7 / Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src
類似検索 - 構成要素
生物種GALLUS GALLUS (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Weisberg, E. / Choi, H.G. / Seeliger, M. / Gray, N. / Griffin, J.D.
引用ジャーナル: Blood / 年: 2010
タイトル: Discovery of a Small-Molecule Type II Inhibitor of Wild-Type and Gatekeeper Mutants of Bcr-Abl, Pdgfralpha, Kit, and Src Kinases: Novel Type II Inhibitor of Gatekeeper Mutants.
著者: Weisberg, E. / Choi, H.G. / Ray, A. / Barrett, R. / Zhang, J. / Sim, T. / Zhou, W. / Seeliger, M. / Cameron, M. / Azam, M. / Fletcher, J.A. / Debiec-Rychter, M. / Mayeda, M. / Moreno, D. / ...著者: Weisberg, E. / Choi, H.G. / Ray, A. / Barrett, R. / Zhang, J. / Sim, T. / Zhou, W. / Seeliger, M. / Cameron, M. / Azam, M. / Fletcher, J.A. / Debiec-Rychter, M. / Mayeda, M. / Moreno, D. / Kung, A.L. / Janne, P.A. / Khosravi-Far, R. / Melo, J.V. / Manley, P.W. / Adamia, S. / Wu, C. / Gray, N. / Griffin, J.D.
履歴
登録2012年2月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月27日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_biol
Item: _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.22021年4月28日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / reflns / struct_site
Item: _chem_comp.name / _entity.pdbx_description ..._chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _reflns.pdbx_redundancy / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: PROTO-ONCOGENE TYROSINE-PROTEIN KINASE SRC
B: PROTO-ONCOGENE TYROSINE-PROTEIN KINASE SRC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,1537
ポリマ－65,4532
非ポリマー1,7005
水2,738152
1
A: PROTO-ONCOGENE TYROSINE-PROTEIN KINASE SRC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6234
ポリマ－32,7271
非ポリマー8963
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: PROTO-ONCOGENE TYROSINE-PROTEIN KINASE SRC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,5313
ポリマ－32,7271
非ポリマー8042
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.738, 61.393, 71.814
Angle α, β, γ (deg.)79.57, 89.10, 90.14
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111CHAIN A AND (RESSEQ 335:405 OR RESSEQ 425:533 )
211CHAIN B AND (RESSEQ 335:405 OR RESSEQ 425:533 )

-
要素

#1: タンパク質 PROTO-ONCOGENE TYROSINE-PROTEIN KINASE SRC / SRC KINASE / PROTO-ONCOGENE C-SRC / PP60C-SRC / P60-SRC


分子量: 32726.645 Da / 分子数: 2 / 断片: KINASE DOMAIN, RESIDUES 251-533 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) GALLUS GALLUS (ニワトリ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
参照: UniProt: P00523, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-NG7 / 3-{2-[(cyclopropylcarbonyl)amino][1,3]thiazolo[5,4-b]pyridin-5-yl}-N-{4-[(4-ethylpiperazin-1-yl)methyl]-3-(trifluoromet hyl)phenyl}benzamide / HG-7-85-01 / HG-7-85-01


分子量: 608.677 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H31F3N6O2S
#3: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 152 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.42 % / 解説: NONE
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: PROTEIN CONCENTRATION 0.3 MM INHIBITOR CONCENTRATION 0.5 MM METHOD HANGING DROP VAPOR DIFFUSION AT 298 K PROTEIN BUFFER 5 % DMSO, 20 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 5 % GLYCEROL, 1 MM DTT. ...詳細: PROTEIN CONCENTRATION 0.3 MM INHIBITOR CONCENTRATION 0.5 MM METHOD HANGING DROP VAPOR DIFFUSION AT 298 K PROTEIN BUFFER 5 % DMSO, 20 MM TRIS PH 8.0, 250 MM NACL, 5 % GLYCEROL, 1 MM DTT. MOTHER LIQUOR: 100 MM MES PH 6.5, 7.5 % PEG 3350, 10 % GLYCEROL, 1 MM DTT

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 19430 / % possible obs: 93.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 7.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 2.6→42.267 Å / SU ML: 0.42 / σ(F): 0.1 / 位相誤差: 29.29 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2713 1547 8 %
Rwork0.2258 --
obs0.2295 19430 92.23 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 30.258 Å2 / ksol: 0.331 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.2769 Å2-0.1409 Å2-0.0518 Å2
2---3.5687 Å27.2138 Å2
3---11.8456 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→42.267 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4151 0 116 152 4419
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.014378
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.575938
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.7151689
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.132621
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011755
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A1457X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B1457X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.088
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6001-2.6840.32351220.2791453X-RAY DIFFRACTION81
2.684-2.77990.35731270.27041444X-RAY DIFFRACTION83
2.7799-2.89120.3061250.25321557X-RAY DIFFRACTION87
2.8912-3.02270.27851390.23761567X-RAY DIFFRACTION91
3.0227-3.1820.29191420.2231662X-RAY DIFFRACTION93
3.182-3.38130.28261390.22561645X-RAY DIFFRACTION93
3.3813-3.64220.26511540.22611669X-RAY DIFFRACTION96
3.6422-4.00850.24951490.21641697X-RAY DIFFRACTION97
4.0085-4.58790.22031470.18711736X-RAY DIFFRACTION97
4.5879-5.7780.27281550.21151710X-RAY DIFFRACTION98
5.778-42.27270.24551480.2181743X-RAY DIFFRACTION99

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る