PDB-4a8h: Crystal structure of putrescine transcarbamylase from Enterococcu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4a8h

タイトル

Crystal structure of putrescine transcarbamylase from Enterococcus faecalis with N-(phosphonoacetyl)-putrescine

要素

PUTRESCINE CARBAMOYLTRANSFERASE

キーワード

TRANSFERASE / PAPU / AGMATINE DEIMINASE ROUTE / ORNITHINE / ORNITHINE ARGININE DEIMINASE / PHOSPHONOACETYLPUTRESCINE / PALO

機能・相同性

機能・相同性情報

putrescine carbamoyltransferase / putrescine biosynthetic process from arginine via N-carbamoylputrescine / putrescine carbamoyltransferase activity / ornithine carbamoyltransferase activity / arginine biosynthetic process via ornithine / citrulline biosynthetic process / amino acid binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

ENTEROCOCCUS FAECALIS (乳酸球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Polo, L.M. / Gil-Ortiz, F. / Rubio, V.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2012
タイトル: New Insight Into the Transcarbamylase Family: The Structure of Putrescine Transcarbamylase, a Key Catalyst for Fermentative Utilization of Agmatine
著者: Polo, L.M. / Gil-Ortiz, F. / Cantin, A. / Rubio, V.

履歴

登録	2011年11月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2012年2月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年3月14日	Group: Other
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 650

HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4a8h.cif.gz	282.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4a8h.ent.gz	229.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4a8h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4a8h_validation.pdf.gz	484.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4a8h_full_validation.pdf.gz	490 KB	表示
XML形式データ	4a8h_validation.xml.gz	28.3 KB	表示
CIF形式データ	4a8h_validation.cif.gz	40.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a8/4a8h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a8/4a8h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4a8pC 4a8tC 1a1sS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4am8-1 3txx-3 3txx-2 4a8p-2 3txx-1 2otc-1 3txx-4 6ovw-1 4jqo-d 4a8p-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (6)

登録構造単位

A: PUTRESCINE CARBAMOYLTRANSFERASE

B: PUTRESCINE CARBAMOYLTRANSFERASE

ヘテロ分子

81.4 kDa, 2 ポリマー
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1

A: PUTRESCINE CARBAMOYLTRANSFERASE

ヘテロ分子

A: PUTRESCINE CARBAMOYLTRANSFERASE

ヘテロ分子

A: PUTRESCINE CARBAMOYLTRANSFERASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
122 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: PUTRESCINE CARBAMOYLTRANSFERASE

ヘテロ分子

B: PUTRESCINE CARBAMOYLTRANSFERASE

ヘテロ分子

B: PUTRESCINE CARBAMOYLTRANSFERASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
122 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	117.200, 117.200, 225.345
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	182
Space group name H-M	P6₃22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1346- NI
2	1	B-1345- NI
3	1	B-2015- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	B
1	3	A
2	3	B
1	4	A
2	4	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LYS	LYS	LEU	LEU	2	A	A	2 - 73	2 - 73
2	1	LYS	LYS	LEU	LEU	2	B	B	2 - 73	2 - 73
1	2	GLY	GLY	LYS	LYS	5	A	A	231 - 244	231 - 244
2	2	GLY	GLY	LYS	LYS	5	B	B	231 - 244	231 - 244
1	3	VAL	VAL	ALA	ALA	3	A	A	245 - 341	245 - 341
2	3	VAL	VAL	ALA	ALA	3	B	B	245 - 341	245 - 341
1	4	GLY	GLY	TYR	TYR	2	A	A	76 - 230	76 - 230
2	4	GLY	GLY	TYR	TYR	2	B	B	76 - 230	76 - 230

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4

NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.356, -0.934, -0.001), (0.934, 0.356, 0.003), (-0.002, -0.001, 1)
ベクター: 10.793, 0.794, 9.217)

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	PUTRESCINE CARBAMOYLTRANSFERASE / PTC / PTCASE / AGMATINE CATABOLISM PROTEIN B / PUTRESCINE TRANSCARBAMOYLASE / PUTRESCINE TRANSCARBAMYLASE 分子量: 40141.398 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ENTEROCOCCUS FAECALIS (乳酸球菌) / 株: SD10 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q837U7, putrescine carbamoyltransferase

#1: タンパク質

PUTRESCINE CARBAMOYLTRANSFERASE / PTC / PTCASE / AGMATINE CATABOLISM PROTEIN B / PUTRESCINE TRANSCARBAMOYLASE / PUTRESCINE TRANSCARBAMYLASE

分子量: 40141.398 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

ENTEROCOCCUS FAECALIS (乳酸球菌) / 株: SD10 / 発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q837U7, putrescine carbamoyltransferase

-
非ポリマー , 6種, 295分子

#2: 化合物	ChemComp-PUW / N-(PHOSPHONOACETYL)-PUTRESCINE 分子量: 210.168 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₅N₂O₄P
#3: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 284 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 57 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 5.5 詳細: 125 MM AMMONIUM SULPHATE, 17% PEG 3350, 0.1 M BIS-TRIS PH 5.5, 0.43 MM N-(PHOSPHONOACETYL)PUTRESCINE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM16 / 波長: 0.98
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2006年5月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→46 Å / Num. obs: 32509 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 21.3 % / B_iso Wilson estimate: 36.5 Å² / R_merge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 35.1
反射シェル	解像度: 2.5→20 Å / 冗長度: 21.8 % / R_merge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 9.5 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0102	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1A1S

1a1s

解像度: 2.5→29 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.94 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.917 / SU B: 13.217 / SU ML: 0.139 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.396 / ESU R Free: 0.238 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21651	1637	5 %	RANDOM
R_work	0.18225	-	-	-
obs	0.184	30779	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.296 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.19 Å²	-0.1 Å²	0 Å²
2-	-	-0.19 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.29 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→29 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5380	0	66	284	5730

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	5531
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	3721
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.165	1.974	7454
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.874	3	9115
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.367	5	678
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.861	25.263	266
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.016	15	998
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.682	15	24
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	820
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	6120
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1056
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.271	1.5	3382
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.063	1.5	1392
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.541	2	5446
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.013	3	2149
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.604	4.5	2008
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	426	tight positional	0.02	0.05
1	2	B	426	tight positional	0.02	0.05
3	1	A	569	tight positional	0.1	0.05
3	2	B	569	tight positional	0.1	0.05
4	1	A	912	tight positional	0.02	0.05
4	2	B	912	tight positional	0.02	0.05
1	1	A	582	medium positional	0.09	0.5
1	2	B	582	medium positional	0.09	0.5
2	1	A	83	medium positional	0.12	0.5
2	2	B	83	medium positional	0.12	0.5
4	1	A	1064	medium positional	0.1	0.5
4	2	B	1064	medium positional	0.1	0.5
2	1	A	119	loose positional	0.41	5
2	2	B	119	loose positional	0.41	5
3	1	A	737	loose positional	0.44	5
3	2	B	737	loose positional	0.44	5
1	1	A	426	tight thermal	0.04	0.5
1	2	B	426	tight thermal	0.04	0.5
3	1	A	569	tight thermal	0.9	0.5
3	2	B	569	tight thermal	0.9	0.5
4	1	A	912	tight thermal	0.04	0.5
4	2	B	912	tight thermal	0.04	0.5
1	1	A	582	medium thermal	0.05	2
1	2	B	582	medium thermal	0.05	2
2	1	A	83	medium thermal	0.26	2
2	2	B	83	medium thermal	0.26	2
4	1	A	1064	medium thermal	0.06	2
4	2	B	1064	medium thermal	0.06	2
2	1	A	119	loose thermal	0.42	10
2	2	B	119	loose thermal	0.42	10
3	1	A	737	loose thermal	1.02	10
3	2	B	737	loose thermal	1.02	10

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3	116	-
R_work	0.22	2213	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9704	0.5461	-0.5064	2.5976	-0.8484	1.0485	-0.0136	0.1769	-0.2088	-0.2278	-0.0315	-0.0183	0.1312	-0.0716	0.0451	0.0852	0.0084	-0.0093	0.0947	-0.0387	0.052	2.129	46.369	21.729
2	1.4455	0.0601	0.2341	1.1264	-1.0664	1.1095	-0.0107	0.0073	0.0907	0.0414	-0.0538	-0.007	-0.0714	0.0009	0.0646	0.0615	0.0282	-0.0088	0.0979	-0.0356	0.0593	1.196	58.614	31.005
3	2.055	-0.3511	-2.3705	1.0308	-0.0162	2.9582	-0.0211	-0.1536	-0.0224	0.1181	-0.027	-0.0271	0.0426	0.1813	0.0481	0.1155	-0.0136	-0.0171	0.0802	-0.0009	0.0638	-12.484	59.888	37.889
4	1.7377	-0.0936	0.5	0.7094	-0.3776	0.4606	-0.0025	-0.0785	-0.2409	-0.0445	0.0302	0.0744	0.0505	-0.0435	-0.0277	0.0648	-0.0086	0.0226	0.0324	0.0057	0.0757	4.658	40.818	35.674
5	17.9926	12.5107	10.8525	8.8427	6.4969	14.9459	-0.1265	-0.5362	0.2312	-0.125	-0.2375	0.1991	0.0177	-0.7675	0.364	0.0657	0.0209	0.0787	0.2093	0.0694	0.3192	4.378	32.427	49.603
6	1.281	-0.3168	0.1825	0.8935	0.0212	0.7808	-0.0389	-0.1585	-0.1005	0.1002	-0.0052	-0.0012	0.0687	0.0597	0.0442	0.0567	0.0048	0.0372	0.0753	0.0099	0.0407	13.99	41.551	40.425
7	1.9224	-0.3219	0.4812	18.1457	-4.9241	3.5597	0.0753	0.3619	-0.1861	-0.144	-0.0251	0.3274	-0.0928	-0.1285	-0.0502	0.0894	-0.032	-0.0147	0.2373	-0.047	0.0258	-17.852	60.007	10.927
8	3.4673	-1.0728	-0.6136	2.5606	4.2076	22.5295	0.2201	-0.0494	0.6867	-1.2118	-0.244	0.5149	-1.7983	-0.4142	0.0239	0.6054	0.1062	-0.3286	0.2174	-0.0086	0.4868	-21.709	80.392	12.122
9	3.9511	-0.1184	-1.6255	1.2417	0.5929	1.7882	-0.0216	0.3466	-0.1544	-0.1576	-0.0604	0.2206	0.0521	-0.2421	0.082	0.0769	-0.0119	-0.0458	0.1058	-0.0085	0.0527	39.459	24.302	12.639
10	1.2426	-0.2132	-1.1678	1.1239	-0.6364	1.9255	0.0388	-0.1428	0.0408	-0.0886	0.047	0.111	-0.029	0.0784	-0.0858	0.0484	-0.0095	-0.019	0.0553	0.0016	0.0337	50.856	30.227	22.417
11	0.6707	0.6563	-0.201	2.5172	0.2661	0.1756	0.0843	-0.1712	0.0629	0.1558	-0.0776	0.043	-0.0036	0.0682	-0.0068	0.0707	0.0234	0.0219	0.1198	-0.0034	0.0677	43.446	40.037	30.124
12	1.6138	-0.3381	-0.2814	1.1831	-0.7463	1.0724	-0.0366	0.0684	-0.3626	-0.0194	0.0737	0.3149	0.1843	-0.2132	-0.0371	0.0733	-0.0485	0.0103	0.1007	-0.0091	0.1711	34.341	17.459	24.967
13	2.1943	0.6554	0.8567	1.3544	0.4305	3.0532	-0.1003	-0.3976	-0.2967	0.2919	0.0858	0.3629	0.2221	-0.3384	0.0145	0.1782	0.0045	0.1067	0.1962	0.1241	0.2787	32.863	12.847	37.479
14	1.1653	-0.3924	0.0924	1.3996	-0.5904	1.8451	-0.0054	-0.0833	-0.4759	0.0129	0.0098	0.2078	0.3961	-0.0239	-0.0044	0.1234	-0.0255	0.0066	0.0784	0.0266	0.2066	43.725	8.938	28.044
15	3.9125	3.0675	-0.8813	3.0714	-1.3763	4.0163	-0.0918	0.2136	0.1094	-0.3359	0.1214	0.1892	-0.1517	-0.1808	-0.0296	0.1944	0.0837	-0.034	0.0953	0.0198	0.0599	43.908	45.638	3.585
16	11.0118	-3.1163	12.0577	1.04	-3.0308	14.1778	-0.6008	0.7224	0.71	-0.0354	0.2556	-0.4135	-1.5313	1.415	0.3452	0.6074	-0.4158	0.3743	0.6533	-0.2292	0.5158	62.827	58.682	3.083

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 40
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	41 - 69
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	70 - 98
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	99 - 185
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	186 - 194
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	195 - 312
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	313 - 331
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	332 - 340
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	1 - 40
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	41 - 73
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	74 - 112
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	113 - 182
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	183 - 247
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	248 - 308
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	309 - 331
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	332 - 340

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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