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万見
- PDB-4a69: Structure of HDAC3 bound to corepressor and inositol tetraphosphate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4a69
タイトルStructure of HDAC3 bound to corepressor and inositol tetraphosphate
要素
  • HISTONE DEACETYLASE 3,
  • NUCLEAR RECEPTOR COREPRESSOR 2
キーワードTRANSCRIPTION / HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


protein decrotonylase activity / cornified envelope assembly / NR1D1 (REV-ERBA) represses gene expression / protein de-2-hydroxyisobutyrylase activity / negative regulation of cardiac muscle cell differentiation / Loss of MECP2 binding ability to the NCoR/SMRT complex / p75NTR negatively regulates cell cycle via SC1 / histone decrotonylase activity / negative regulation of androgen receptor signaling pathway / regulation of ketone metabolic process ...protein decrotonylase activity / cornified envelope assembly / NR1D1 (REV-ERBA) represses gene expression / protein de-2-hydroxyisobutyrylase activity / negative regulation of cardiac muscle cell differentiation / Loss of MECP2 binding ability to the NCoR/SMRT complex / p75NTR negatively regulates cell cycle via SC1 / histone decrotonylase activity / negative regulation of androgen receptor signaling pathway / regulation of ketone metabolic process / nuclear glucocorticoid receptor binding / protein deacetylation / negative regulation of JNK cascade / cellular response to fluid shear stress / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / histone deacetylase / protein lysine deacetylase activity / Notch binding / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / DNA repair-dependent chromatin remodeling / : / histone deacetylase activity / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / Notch-HLH transcription pathway / RUNX2 regulates osteoblast differentiation / Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / establishment of mitotic spindle orientation / histone deacetylase complex / Regulation of MECP2 expression and activity / NF-kappaB binding / regulation of multicellular organism growth / positive regulation of TOR signaling / estrous cycle / spindle assembly / establishment of skin barrier / nuclear retinoid X receptor binding / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / regulation of mitotic cell cycle / lactation / transcription repressor complex / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / epigenetic regulation of gene expression / cyclin binding / cerebellum development / transcription corepressor binding / negative regulation of miRNA transcription / SUMOylation of transcription cofactors / positive regulation of protein ubiquitination / Regulation of PTEN gene transcription / HDACs deacetylate histones / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / circadian regulation of gene expression / Heme signaling / regulation of circadian rhythm / regulation of protein stability / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / chromatin DNA binding / mitotic spindle / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / histone deacetylase binding / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear matrix / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / positive regulation of protein import into nucleus / HCMV Early Events / transcription corepressor activity / Circadian Clock / response to estradiol / positive regulation of cold-induced thermogenesis / chromatin organization / DNA-binding transcription factor binding / in utero embryonic development / transcription by RNA polymerase II / nuclear body / positive regulation of protein phosphorylation / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / chromatin / negative regulation of apoptotic process / Golgi apparatus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / membrane / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
N-CoR, GPS2-interacting domain / : / G-protein pathway suppressor 2-interacting domain / Histone deacetylase / Histone deacetylase domain / SANT domain profile. / SANT domain / Myb domain / Arginase; Chain A / Myb-like DNA-binding domain ...N-CoR, GPS2-interacting domain / : / G-protein pathway suppressor 2-interacting domain / Histone deacetylase / Histone deacetylase domain / SANT domain profile. / SANT domain / Myb domain / Arginase; Chain A / Myb-like DNA-binding domain / : / Histone deacetylase family / Histone deacetylase domain / Histone deacetylase domain superfamily / Histone deacetylase domain / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / Ureohydrolase domain superfamily / SANT/Myb domain / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / D-MYO INOSITOL 1,4,5,6 TETRAKISPHOSPHATE / : / Histone deacetylase 3 / Nuclear receptor corepressor 2
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.06 Å
データ登録者Watson, P.J. / Fairall, L. / Santos, G.M. / Schwabe, J.W.R.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2012
タイトル: Structure of Hdac3 Bound to Co-Repressor and Inositol Tetraphosphate.
著者: Watson, P.J. / Fairall, L. / Santos, G.M. / Schwabe, J.W.R.
履歴
登録2011年11月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年1月25日Group: Other
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HISTONE DEACETYLASE 3,
B: HISTONE DEACETYLASE 3,
C: NUCLEAR RECEPTOR COREPRESSOR 2
D: NUCLEAR RECEPTOR COREPRESSOR 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,22518
ポリマ－108,4514
非ポリマー1,77414
水6,251347
1
A: HISTONE DEACETYLASE 3,
C: NUCLEAR RECEPTOR COREPRESSOR 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,1139
ポリマ－54,2262
非ポリマー8877
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3510 Å2
ΔGint-57.1 kcal/mol
Surface area18270 Å2
手法PISA
2
B: HISTONE DEACETYLASE 3,
D: NUCLEAR RECEPTOR COREPRESSOR 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,1139
ポリマ－54,2262
非ポリマー8877
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3450 Å2
ΔGint-55.9 kcal/mol
Surface area18160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.447, 118.634, 190.707
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 HISTONE DEACETYLASE 3, / HD3 / RPD3-2 / SMAP45 / HDAC3


分子量: 42916.484 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 1-376 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PCDNA3 / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: O15379, histone deacetylase
#2: タンパク質 NUCLEAR RECEPTOR COREPRESSOR 2 / N-COR2 / CTG REPEAT PROTEIN 26 / SMAP270 / SILENCING MEDIATOR OF RETINOIC ACID AND THYROID HORMONE ...N-COR2 / CTG REPEAT PROTEIN 26 / SMAP270 / SILENCING MEDIATOR OF RETINOIC ACID AND THYROID HORMONE RECEPTOR / SMRT / T3 RECEPTOR-ASSOCIATING FACTOR / TRAC / THYROID-\ / RETINOIC-ACID-RECEPTOR-ASSOCIATED COREPRESSOR


分子量: 11309.239 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 389-480 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PCDNA3 / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y618

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非ポリマー , 6種, 361分子

#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-I0P / D-MYO INOSITOL 1,4,5,6 TETRAKISPHOSPHATE / D-myo-イノシト-ル1,4,5,6-テトラキスりん酸


分子量: 500.075 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H16O18P4
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 347 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES PH 7.5 0.2 M NACL 10 % V/V PROPAN-2-OL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9778
検出器タイプ: PILATUS 2D HYBRID ARRAY / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年5月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9778 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.06→28.93 Å / Num. obs: 49237 / % possible obs: 85.9 % / Observed criterion σ(I): 2.7 / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル解像度: 2.06→2.17 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 68.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3EW8

3ew8


解像度: 2.06→95.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 4.675 / SU ML: 0.128 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.26 / ESU R Free: 0.204 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23617 2631 5.1 %RANDOM
Rwork0.18702 ---
obs0.18955 49237 85.35 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.739 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.99 Å20 Å20 Å2
2---0.67 Å20 Å2
3---1.66 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.06→95.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7095 0 94 347 7536
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.027373
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2611.9549988
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6145871
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.39723.867375
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.219151190
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.8391536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.21045
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0215690
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.061→2.115 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.314 144 -
Rwork0.233 2536 -
obs--60.98 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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