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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-4928 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM reconstruction of TMV coat protein | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | cryo-EM / single particle reconstruction / Tobacco mosaic virus / helical reconstruction / ESRF / Titan Krios / K2 Summit / VIRAL PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | Tobacco mosaic virus-like, coat protein / Tobacco mosaic virus-like, coat protein superfamily / Virus coat protein (TMV like) / helical viral capsid / structural molecule activity / Capsid protein 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Tobacco mosaic virus (ウイルス) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Kandiah E / Effantin G | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019 タイトル: CM01: a facility for cryo-electron microscopy at the European Synchrotron. 著者: Eaazhisai Kandiah / Thierry Giraud / Alejandro de Maria Antolinos / Fabien Dobias / Gregory Effantin / David Flot / Michael Hons / Guy Schoehn / Jean Susini / Olof Svensson / Gordon A Leonard ...著者: Eaazhisai Kandiah / Thierry Giraud / Alejandro de Maria Antolinos / Fabien Dobias / Gregory Effantin / David Flot / Michael Hons / Guy Schoehn / Jean Susini / Olof Svensson / Gordon A Leonard / Christoph Mueller-Dieckmann / 要旨: Recent improvements in direct electron detectors, microscope technology and software provided the stimulus for a `quantum leap' in the application of cryo-electron microscopy in structural biology, ...Recent improvements in direct electron detectors, microscope technology and software provided the stimulus for a `quantum leap' in the application of cryo-electron microscopy in structural biology, and many national and international centres have since been created in order to exploit this. Here, a new facility for cryo-electron microscopy focused on single-particle reconstruction of biological macromolecules that has been commissioned at the European Synchrotron Radiation Facility (ESRF) is presented. The facility is operated by a consortium of institutes co-located on the European Photon and Neutron Campus and is managed in a similar fashion to a synchrotron X-ray beamline. It has been open to the ESRF structural biology user community since November 2017 and will remain open during the 2019 ESRF-EBS shutdown. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_4928.map.gz | 24.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-4928-v30.xml emd-4928.xml | 10 KB 10 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_4928.png | 120.3 KB | ||
Filedesc metadata | emd-4928.cif.gz | 4.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4928 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4928 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_4928_validation.pdf.gz | 478.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_4928_full_validation.pdf.gz | 477.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_4928_validation.xml.gz | 6.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_4928_validation.cif.gz | 7.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4928 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4928 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6rlpMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_4928.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.067 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Tobacco mosaic virus
全体 | 名称: Tobacco mosaic virus (ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Tobacco mosaic virus
超分子 | 名称: Tobacco mosaic virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 12242 / 生物種: Tobacco mosaic virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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-分子 #1: Capsid protein
分子 | 名称: Capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 24 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Tobacco mosaic virus (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 17.091998 KDa |
配列 | 文字列: SYSITTPSQF VFLSSAWADP IELINLCTNA LGNQFQTQQA RTVVQRQFSE VWKPSPQVTV RFPDSDFKVY RYNAVLDPLV TALLGAFDT RNRIIEVENQ ANPTTAETLD ATRRVDDATV AIRSAINNLI VELIRGTGSY NRSSFESSSG LVWT UniProtKB: Capsid protein |
-分子 #2: RNA (5'-R(P*GP*AP*A)-3')
分子 | 名称: RNA (5'-R(P*GP*AP*A)-3') / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 24 |
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由来(天然) | 生物種: Tobacco mosaic virus (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 958.66 Da |
配列 | 文字列: GAA |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | helical array |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 1.41 Å 想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 22.04 ° 想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称) 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 109763 |
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初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |