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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-4906 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM reconstruction of TssA protein from T6SS of Escherichia coli. | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | Type VI secretion system-associated, VCA0119 / Type VI secretion, EvfE, EvfF, ImpA, BimE, VC_A0119, VasJ / ImpA, N-terminal / ImpA, N-terminal, type VI secretion system / Putative type VI secretion protein 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Nazarov S / Shneider M / Basler M / Leiman P | |||||||||
資金援助 | スイス, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Cryo-EM structure of TssA protein from Type VI secretion system of E. coli. 著者: Nazarov S / Demurtas D / Shneider M / Basler M / Leiman P | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_4906.map.gz | 100.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-4906-v30.xml emd-4906.xml | 19.7 KB 19.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_4906_fsc.xml | 7.8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_4906.png | 144 KB | ||
マスクデータ | emd_4906_msk_1.map | 129.7 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_4906_additional_1.map.gz emd_4906_additional_2.map.gz emd_4906_half_map_1.map.gz emd_4906_half_map_2.map.gz | 37.8 MB 120.5 MB 95.6 MB 97.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4906 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4906 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6rjuMUC |
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類似構造データ |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_4906.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 129.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.058 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_4906_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: #1
ファイル | emd_4906_additional_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: #2
ファイル | emd_4906_additional_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_4906_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_4906_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : C-terminal domain of T6SS protein TssA.
全体 | 名称: C-terminal domain of T6SS protein TssA. |
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要素 |
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-超分子 #1: C-terminal domain of T6SS protein TssA.
超分子 | 名称: C-terminal domain of T6SS protein TssA. / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 634 KDa |
-分子 #1: Putative type VI secretion protein
分子 | 名称: Putative type VI secretion protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 59.159789 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MASIHSLLSA CQTTPRDVAE PAQVRIALWD KWLAPVTPDN PAGDDAGYDD DFQQMREEVN KLSGADAGIV SQLAEKLLTT RTKDIRVAT WYIWARLRQD GEKGLADGLE LLTGLLQRFG EHLHPQRSRA RKAALEWLCS ARILDSLSLY PEVVKADTLR I AGALWLAE ...文字列: MASIHSLLSA CQTTPRDVAE PAQVRIALWD KWLAPVTPDN PAGDDAGYDD DFQQMREEVN KLSGADAGIV SQLAEKLLTT RTKDIRVAT WYIWARLRQD GEKGLADGLE LLTGLLQRFG EHLHPQRSRA RKAALEWLCS ARILDSLSLY PEVVKADTLR I AGALWLAE QTFTDEASAP VLNGLYQALE NRLMKAGGVD AVVPQEAAAP APTVTSGSVM ALSAITSGQE LLSQARVLAK YL RDQPEGW LAAHRLMKSV RHDTLHQLPP LSADGRTRIA PPGPDRRASL KRLYLQQNWL SLLEQCDDMF ARGASHLWLD LQW YIHQAL LQTGKENYAA IIQYDLKGLL LRLPGLETLA FNDGMPFADD VTLSWIQQQV MECGERWAEE PSVTITAAPG DNDI LSLEP EALQIADNEG TEAALSWLQA RPGIQSDRSN WLLRLL(MSE)ARV AEQTGKNDLA LHLLAELDER ATRLTLSQWE P ELVFEVKA RRLKLLR(MSE)KS AKTESDRVRL QPD(MSE)EHLLAG LIAIDAARAA VLCNSGSS |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 293 K / 詳細: Leica EM GP2. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 実像数: 3269 / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |