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- PDB-482d: RELEASE OF THE CYANO MOIETY IN THE CRYSTAL STRUCTURE OF N-CYANOME... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 482d
タイトルRELEASE OF THE CYANO MOIETY IN THE CRYSTAL STRUCTURE OF N-CYANOMETHYL-N-(2-METHOXYETHYL)-DAUNOMYCIN COMPLEXED WITH D(CGATCG)
要素5'-D(*CP*GP*AP*TP*CP*G)-3'
キーワードDNA / RIGHT HANDED DNA / DOUBLE HELIX / COMPLEXED WITH DRUG / DEOXYRIBONUCLEIC ACID
機能・相同性N-HYDROXYMETHYL-N-(2-METHOXYETHYL)-DAUNOMYCIN / DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.54 Å
データ登録者Saminadin, P. / Dautant, A. / Mondon, M. / Langlois D'Estaintot, B. / Courseille, C. / Precigoux, G.
引用
ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 2000
タイトル: Release of the cyano moiety in the crystal structure of N-cyanomethyl-N-(2-methoxyethyl)-daunomycin complexed with d(CGATCG).
著者: Saminadin, P. / Dautant, A. / Mondon, M. / Langlois D'estaintot, B. / Courseille, C. / Precigoux, G.
#1: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1998
タイトル: Degradation of the Morpholino Ring in the Crystal Structure of Cyanomorpholinodoxorubicin
著者: Ettorre, A. / Cirilli, M. / Ughetto, G.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1990
タイトル: Structural Comparison of Anticancer Drug-DNA Complexes. Adriamycin and Daunomycin
著者: Frederick, C.A. / Williams, L.D. / Ughetto, G. / Van Der Marel, G.A. / Van Boom, J.H. / Rich, A. / Wang, A.H.-J.
履歴
登録1999年7月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*CP*GP*AP*TP*CP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,4272
ポリマ－1,8091
非ポリマー6181
水45025
1
A: 5'-D(*CP*GP*AP*TP*CP*G)-3'
ヘテロ分子

A: 5'-D(*CP*GP*AP*TP*CP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,8544
ポリマ－3,6182
非ポリマー1,2352
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)28.160, 28.160, 53.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Cell settingtetragonal
Space group name H-MP41212

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*CP*GP*AP*TP*CP*G)-3'


分子量: 1809.217 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: COMPLEXED WITH (2-METHOXYETHYL)-DAUNOMYCIN
#2: 化合物 ChemComp-DM9 / N-HYDROXYMETHYL-N-(2-METHOXYETHYL)-DAUNOMYCIN


分子量: 617.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H39NO12
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細N-CYANOMETHYL-N-(2-METHOXYETHYL)-DAUNOMYCIN WAS USED IN CRYSTALLIZATION SET-UP. DEGRADATION OF THIS ...N-CYANOMETHYL-N-(2-METHOXYETHYL)-DAUNOMYCIN WAS USED IN CRYSTALLIZATION SET-UP. DEGRADATION OF THIS COMPOUND GAVE RISE TO N-HYDROXYMETHYL-N(-2-METHOXYETHYL)-DAUNOMYCIN.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.5 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: CRYSTALS WERE OBTAINED FROM A SOLUTION THAT CONTAINED MPD, LICL, MGCL2, SODIUM CACODYLATE, COBALT HEXAMINE, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MPD11
2LICL11
3MGCL211
4SODIUM CACODYLATE11
5[CO(NH3)6]CL311
6MPD12
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 6.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
12.2 mMd(CGATCG)1drop
23.3 mMdrug1drop
323 %dimethylsulfoxide1drop
473 mMsodium cacodylate1drop
540 mM1dropLiCl
620 mM1dropMgCl2
720 mMcobalt hexamine1drop
810 %(v/v)MPD1drop
935 %(v/v)MPD1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR571 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年6月15日 / 詳細: COLLIMATOR
放射モノクロメーター: GRAPHITE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.54→12.6 Å / Num. obs: 3327 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 15.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rsym value: 0.046 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル解像度: 1.54→1.57 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.158 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Rsym value: 0.158 / % possible all: 92.3
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 92.3 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
X-PLOR精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: SEE REMARK 1 REFERENCE 2

解像度: 1.54→12.6 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28 136 10 %RANDOM
Rwork0.23 ---
obs0.23 3220 92 %-
原子変位パラメータBiso mean: 19.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.54→12.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 120 44 25 189
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.386
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d0.601
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.996
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 1.54→1.58 Å / Total num. of bins used: 15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.43 6 10 %
Rwork0.23 181 -
obs--84 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg0.601
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.996

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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