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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-4740 | |||||||||
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タイトル | Atomic structure of potato virus X, the prototype of the Alphaflexiviridae family | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Virus / Coat Protein / RNA | |||||||||
機能・相同性 | Potexviruses and carlaviruses coat protein signature. / Potex/carlavirus coat protein / Viral coat protein / helical viral capsid / viral capsid / ribonucleoprotein complex / structural molecule activity / Coat protein / Coat protein 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Potato virus X (ウイルス) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Grinzato A / Kandiah E | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Chem Biol / 年: 2020 タイトル: Atomic structure of potato virus X, the prototype of the Alphaflexiviridae family. 著者: Alessandro Grinzato / Eaazhisai Kandiah / Chiara Lico / Camilla Betti / Selene Baschieri / Giuseppe Zanotti / 要旨: Potato virus X (PVX) is a positive-sense single-stranded RNA (ssRNA) filamentous plant virus belonging to the Alphaflexiviridae family, considered in recent years as a tool for nanotechnology ...Potato virus X (PVX) is a positive-sense single-stranded RNA (ssRNA) filamentous plant virus belonging to the Alphaflexiviridae family, considered in recent years as a tool for nanotechnology applications. We present the cryo-electron microscopy structure of the PVX particle at a resolution of 2.2 Å. The well-defined density of the coat proteins and of the genomic RNA allowed a detailed analysis of protein-RNA interactions, including those mediated by solvent molecules. The particle is formed by repeated segments made of 8.8 coat proteins, forming a left-handed helical structure. The RNA runs in an internal crevice along the virion, packaged in 5-nucleotide repeats in which the first four bases are stacked in the classical way, while the fifth is rotated and nearly perpendicular. The resolution of the structure described here suggests a mechanism for the virion assembly and potentially provides a platform for the rational design of antiviral compounds and for the use of PVX in nanotechnology. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_4740.map.gz | 166.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-4740-v30.xml emd-4740.xml | 9.5 KB 9.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_4740.png | 58.9 KB | ||
Filedesc metadata | emd-4740.cif.gz | 4.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4740 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4740 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_4740_validation.pdf.gz | 630.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_4740_full_validation.pdf.gz | 630.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_4740_validation.xml.gz | 6.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_4740_validation.cif.gz | 7.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4740 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4740 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6r7gMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10705 (タイトル: structure of potato virus X, the prototype of the Alphaflexiviridae family Data size: 6.6 TB Data #1: Unaligned multi frame micographs of Potato Virus X dataset [micrographs - multiframe]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_4740.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.827 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Potato virus X
全体 | 名称: Potato virus X (ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Potato virus X
超分子 | 名称: Potato virus X / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 / NCBI-ID: 12183 / 生物種: Potato virus X / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes |
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-分子 #1: Coat protein
分子 | 名称: Coat protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 13 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Potato virus X (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 22.519514 KDa |
配列 | 文字列: ASGLFTIPDG DFFSTARAIV ASNAVATNED LSKIEAIWKD MKVPTDTMAQ AAWDLVRHCA DVGSSAQTEM IDTGPYSNGI SRARLAAAI KEVCTLRQFC MKYAPVVWNW MLTNNSPPAN WQAQGFKPEH KFAAFDFFNG VTNPAAIMPK EGLIRPPSEA E MNAAQTAA ...文字列: ASGLFTIPDG DFFSTARAIV ASNAVATNED LSKIEAIWKD MKVPTDTMAQ AAWDLVRHCA DVGSSAQTEM IDTGPYSNGI SRARLAAAI KEVCTLRQFC MKYAPVVWNW MLTNNSPPAN WQAQGFKPEH KFAAFDFFNG VTNPAAIMPK EGLIRPPSEA E MNAAQTAA FVKITKARAQ SNDFASLDAA VTRGRITGTT TAEAVVTLPP P UniProtKB: Coat protein |
-分子 #2: polyU RNA
分子 | 名称: polyU RNA / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Potato virus X (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 21.080488 KDa |
配列 | 文字列: UUUUUUUUUU UUUUUUUUUU UUUUUUUUUU UUUUUUUUUU UUUUUUUUUU UUUUUUUUUU UUUUUUUUU |
-分子 #3: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 92 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | helical array |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 36.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 3.96 Å 想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 40.5 ° 想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称) 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 331130 |
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初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |