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万見
- EMDB-45614: T cell receptor complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-45614
タイトルT cell receptor complex
マップデータMain B-factor sharpened overall map
試料
  • 複合体: T cell receptor complex
    • タンパク質・ペプチド: UCHT1 Fab
    • タンパク質・ペプチド: UCHT1 Fab chain 2
    • タンパク質・ペプチド: T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain
    • タンパク質・ペプチド: T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain
    • タンパク質・ペプチド: T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain
    • タンパク質・ペプチド: T-cell surface glycoprotein CD3 gamma chain
    • タンパク質・ペプチド: T cell receptor delta constant
    • タンパク質・ペプチド: T cell receptor gamma constant 1
キーワードT cell receptor T cell immunity / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of lymphocyte apoptotic process / gamma-delta T cell receptor complex / Fc-gamma receptor III complex / T cell anergy / positive regulation of T cell anergy / positive regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / gamma-delta T cell activation / Fc-gamma receptor signaling pathway / negative thymic T cell selection ...regulation of lymphocyte apoptotic process / gamma-delta T cell receptor complex / Fc-gamma receptor III complex / T cell anergy / positive regulation of T cell anergy / positive regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / gamma-delta T cell activation / Fc-gamma receptor signaling pathway / negative thymic T cell selection / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / alpha-beta T cell receptor complex / positive regulation of protein localization to cell surface / positive thymic T cell selection / signal complex assembly / Nef and signal transduction / positive regulation of cell-matrix adhesion / T cell receptor complex / establishment or maintenance of cell polarity / smoothened signaling pathway / positive regulation of interleukin-4 production / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / dendrite development / small molecule binding / alpha-beta T cell activation / Generation of second messenger molecules / immunological synapse / FCGR activation / PD-1 signaling / Role of phospholipids in phagocytosis / T cell receptor binding / positive regulation of T cell proliferation / negative regulation of smoothened signaling pathway / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / T cell costimulation / positive regulation of interleukin-2 production / positive regulation of calcium-mediated signaling / T cell activation / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / cerebellum development / protein tyrosine kinase binding / apoptotic signaling pathway / FCGR3A-mediated phagocytosis / calcium-mediated signaling / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / protein complex oligomerization / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / SH3 domain binding / positive regulation of type II interferon production / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / transmembrane signaling receptor activity / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / cell-cell junction / protein transport / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / signaling receptor complex adaptor activity / Downstream TCR signaling / Clathrin-mediated endocytosis / T cell receptor signaling pathway / cell body / protein-containing complex assembly / regulation of apoptotic process / adaptive immune response / dendritic spine / cell surface receptor signaling pathway / G protein-coupled receptor signaling pathway / protein heterodimerization activity / external side of plasma membrane / negative regulation of gene expression / positive regulation of gene expression / protein kinase binding / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / identical protein binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / : / CD3 gamma/delta subunit, Ig-like domain / T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain / T-cell surface glycoprotein CD3 zeta subunit / Ig-like domain on T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain / CD3 protein, epsilon/gamma/delta subunit / T-cell surface glycoprotein CD3 zeta subunit/High affinity IgE receptor gamma subunit / T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain / Immunoreceptor tyrosine-based activation motif ...: / : / CD3 gamma/delta subunit, Ig-like domain / T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain / T-cell surface glycoprotein CD3 zeta subunit / Ig-like domain on T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain / CD3 protein, epsilon/gamma/delta subunit / T-cell surface glycoprotein CD3 zeta subunit/High affinity IgE receptor gamma subunit / T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain / Immunoreceptor tyrosine-based activation motif / Phosphorylated immunoreceptor signalling ITAM / ITAM motif mammalian type profile. / Immunoreceptor tyrosine-based activation motif / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
T cell receptor delta constant / T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain / T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain / T-cell surface glycoprotein CD3 gamma chain / T cell receptor gamma constant 1 / T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.01 Å
データ登録者Gully BS / Rossjohn J
資金援助 オーストラリア, 1件
OrganizationGrant number国
Australian Research Council (ARC)DP230102073 オーストラリア
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: T cell receptor complex
著者: Gully BS / Rossjohn J
履歴
登録2024年7月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年7月31日-
マップ公開2024年7月31日-
更新2024年7月31日-
現状2024年7月31日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_45614.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_45614.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Main B-factor sharpened overall map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.82 Å/pix.
x 480 pix.
= 393.6 Å		0.82 Å/pix.
x 480 pix.
= 393.6 Å		0.82 Å/pix.
x 480 pix.
= 393.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.82 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.12
最小 - 最大-1.2221788 - 1.9033381
平均 (標準偏差)-0.00011048855 (±0.017357197)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 393.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_45614_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Local B-factor sharpened refinement of the transmembrane region

ファイルemd_45614_additional_1.map
注釈Local B-factor sharpened refinement of the transmembrane region
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Local non-sharpened refinement of the transmembrane region

ファイルemd_45614_additional_2.map
注釈Local non-sharpened refinement of the transmembrane region
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Non-sharpened overall map

ファイルemd_45614_additional_3.map
注釈Non-sharpened overall map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Ab initio reconstruction for the TCR extracellular domain

ファイルemd_45614_additional_4.map
注釈Ab initio reconstruction for the TCR extracellular domain
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: DeepEMhancer postprocessed main map

ファイルemd_45614_additional_5.map
注釈DeepEMhancer postprocessed main map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map A for overall map

ファイルemd_45614_half_map_1.map
注釈Half-map A for overall map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map B for overall map

ファイルemd_45614_half_map_2.map
注釈Half-map B for overall map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : T cell receptor complex

全体名称: T cell receptor complex
要素
  • 複合体: T cell receptor complex
    • タンパク質・ペプチド: UCHT1 Fab
    • タンパク質・ペプチド: UCHT1 Fab chain 2
    • タンパク質・ペプチド: T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain
    • タンパク質・ペプチド: T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain
    • タンパク質・ペプチド: T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain
    • タンパク質・ペプチド: T-cell surface glycoprotein CD3 gamma chain
    • タンパク質・ペプチド: T cell receptor delta constant
    • タンパク質・ペプチド: T cell receptor gamma constant 1

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超分子 #1: T cell receptor complex

超分子名称: T cell receptor complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 200 KDa

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分子 #1: UCHT1 Fab

分子名称: UCHT1 Fab / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.614113 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: MDIQMTQTTS SLSASLGDRV TISCRASQDI RNYLNWYQQK PDGTVKLLIY YTSRLHSGVP SKFSGSGSGT DYSLTISNLE QEDIATYFC QQGNTLPWTF AGGTKLEI(UNK)(UNK) RADAAPTVSI FPPASEQLTS GGASVVCFLN NFYPKSINSK WKI DGSERQ ...文字列:
MDIQMTQTTS SLSASLGDRV TISCRASQDI RNYLNWYQQK PDGTVKLLIY YTSRLHSGVP SKFSGSGSGT DYSLTISNLE QEDIATYFC QQGNTLPWTF AGGTKLEI(UNK)(UNK) RADAAPTVSI FPPASEQLTS GGASVVCFLN NFYPKSINSK WKI DGSERQ NGVLNSWTDQ DSKDSTYSMS STLTLTKNEY ERHNSYTCEA THK(UNK)(UNK)(UNK)SPIV KSFNRS

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分子 #2: UCHT1 Fab chain 2

分子名称: UCHT1 Fab chain 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.766975 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: EVQLQQSGPE LVKPGASMKI SCKASGYSFT GYTMNWVKQS HGKNLEWMGL INPYKGVSTY NQKFKDKATL TVDKSSSTAY MELLSLTSE DSAVYYCARS GYYGDSDWYF DVWGQGTTLT VFSAKTTPPS VYPLAPGS(UNK)(UNK) (UNK)(UNK) (UNK)(UNK)MVTLG ...文字列:
EVQLQQSGPE LVKPGASMKI SCKASGYSFT GYTMNWVKQS HGKNLEWMGL INPYKGVSTY NQKFKDKATL TVDKSSSTAY MELLSLTSE DSAVYYCARS GYYGDSDWYF DVWGQGTTLT VFSAKTTPPS VYPLAPGS(UNK)(UNK) (UNK)(UNK) (UNK)(UNK)MVTLG CLVKGYFPEP VTVTWNSGSL SSGVHTFPAV LKSDLYTLSS SVTV(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)VTCNVA HPASSTTVDK KIVPR

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分子 #3: T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain

分子名称: T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 3.605425 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列:
LDPKLCYLLD GILFIYGVIL TALFLRVKFS R

UniProtKB: T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain

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分子 #4: T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain

分子名称: T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.693529 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列:
FKIPIEELED RVFVNCNTSI TWVEGTVGTL LSDITRLDLG KRILDPRGIY RCNGTDIYKD KESTVQVHYR MCQSCVELDP ATVAGIIVT DVIATLLLAL GVFCFA

UniProtKB: T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain

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分子 #5: T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain

分子名称: T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 14.111933 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列:
QTPYKVSISG TTVILTCPQY PGSEILWQHN DKNIGGDEDD KNIGSDEDHL SLKEFSELEQ SGYYVCYPRG SKPEDANFYL YLRARVCEN CMEMDVMSVA TIVIVDICIT GGLLLLVYYW SKNRK

UniProtKB: T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain

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分子 #6: T-cell surface glycoprotein CD3 gamma chain

分子名称: T-cell surface glycoprotein CD3 gamma chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 12.900892 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列:
SIKGNHLVKV YDYQEDGSVL LTCDAEAKNI TWFKDGKMIG FLTEDKKKWN LGSNAKDPRG MYQCKGSQNK SKPLQVYYRM CQNCIELNA ATISGFLFAE IVSIFVLAVG VYFIAG

UniProtKB: T-cell surface glycoprotein CD3 gamma chain

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分子 #7: T cell receptor delta constant

分子名称: T cell receptor delta constant / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 4.104061 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列:
HTEKVNMMSL TVLGLRMLFA KTVAVNFLLT AKLFFL

UniProtKB: T cell receptor delta constant

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分子 #8: T cell receptor gamma constant 1

分子名称: T cell receptor gamma constant 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 4.403386 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列:
TLLLQLTNTS AYYMYLLLLL KSVVYFAIIT CCLLRRTA

UniProtKB: T cell receptor gamma constant 1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度5 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: Hepes buffer saline
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum ER / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2663326
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7phr

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.01 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v4.2.0) / 使用した粒子像数: 193581
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v4.2.0)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v4.2.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

7phr


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-9ci8:
T cell receptor complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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