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万見
- PDB-454d: INTERCALATION AND MAJOR GROOVE RECOGNITION IN THE 1.2 A RESOLUTIO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 454d
タイトルINTERCALATION AND MAJOR GROOVE RECOGNITION IN THE 1.2 A RESOLUTION CRYSTAL STRUCTURE OF RH[ME2TRIEN]PHI BOUND TO 5'-G(5IU)TGCAAC-3'
要素5'-D(*GP*(5IU)P*TP*GP*CP*AP*AP*C)-3'
キーワードDNA / METALLOINTERCALATOR / INTERCALATION / MAJOR GROOVE RECOGNITION / PHOTOEXCITABLE
機能・相同性Chem-RHM / DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Kielkopf, C.L. / Erkkila, K.E. / Hudson, B.P. / Barton, J.K. / Rees, D.C.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2000
タイトル: Structure of a photoactive rhodium complex intercalated into DNA.
著者: Kielkopf, C.L. / Erkkila, K.E. / Hudson, B.P. / Barton, J.K. / Rees, D.C.
履歴
登録1999年3月3日登録サイト: NDB / 処理サイト: NDB
改定 1.02000年2月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*GP*(5IU)P*TP*GP*CP*AP*AP*C)-3'
B: 5'-D(*GP*(5IU)P*TP*GP*CP*AP*AP*C)-3'
C: 5'-D(*GP*(5IU)P*TP*GP*CP*AP*AP*C)-3'
D: 5'-D(*GP*(5IU)P*TP*GP*CP*AP*AP*C)-3'
E: 5'-D(*GP*(5IU)P*TP*GP*CP*AP*AP*C)-3'
F: 5'-D(*GP*(5IU)P*TP*GP*CP*AP*AP*C)-3'
G: 5'-D(*GP*(5IU)P*TP*GP*CP*AP*AP*C)-3'
H: 5'-D(*GP*(5IU)P*TP*GP*CP*AP*AP*C)-3'
I: 5'-D(*GP*(5IU)P*TP*GP*CP*AP*AP*C)-3'
J: 5'-D(*GP*(5IU)P*TP*GP*CP*AP*AP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,77715
ポリマ－25,38510
非ポリマー2,3925
水6,738374
1
A: 5'-D(*GP*(5IU)P*TP*GP*CP*AP*AP*C)-3'
B: 5'-D(*GP*(5IU)P*TP*GP*CP*AP*AP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,5553
ポリマ－5,0772
非ポリマー4781
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: 5'-D(*GP*(5IU)P*TP*GP*CP*AP*AP*C)-3'
D: 5'-D(*GP*(5IU)P*TP*GP*CP*AP*AP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,5553
ポリマ－5,0772
非ポリマー4781
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: 5'-D(*GP*(5IU)P*TP*GP*CP*AP*AP*C)-3'
F: 5'-D(*GP*(5IU)P*TP*GP*CP*AP*AP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,5553
ポリマ－5,0772
非ポリマー4781
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
G: 5'-D(*GP*(5IU)P*TP*GP*CP*AP*AP*C)-3'
H: 5'-D(*GP*(5IU)P*TP*GP*CP*AP*AP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,5553
ポリマ－5,0772
非ポリマー4781
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
I: 5'-D(*GP*(5IU)P*TP*GP*CP*AP*AP*C)-3'
J: 5'-D(*GP*(5IU)P*TP*GP*CP*AP*AP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,5553
ポリマ－5,0772
非ポリマー4781
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)94.740, 23.980, 96.520
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.24, 90.00
Int Tables number5
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-342-

HOH

21E-281-

HOH

-
要素

#1: DNA鎖
5'-D(*GP*(5IU)P*TP*GP*CP*AP*AP*C)-3'


分子量: 2538.487 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成
#2: 化合物
ChemComp-RHM / DELTA-ALPHA-RH[2R,9R-DIAMINO-4,7-DIAZADECANE]9,10-PHENANTHRENEQUINONE DIIMINE / RH(ME2TRIEN)PHI


分子量: 478.395 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H27N6Rh
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 374 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.79 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: MPD, CALCIUM ACETATE, SODIUM CACODYLATE, PH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP at 277 K, temperature 277.0K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1CALCIUM ACETATE11
2SODIUM CACODYLATE11
3MPD11
4MPD12
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 43.1 %
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
11 mMoligonucleotide1dropdouble strand
21.7 mMRh(Me2trien)phi3+1drop
350 mMcalcium acetate1drop
45 mMsodium cacodylate1drop
510 %MPD1drop
620 %MPD1reservoir

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11031
21031
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長
回転陽極RIGAKU11.5418
シンクロトロンSSRL BL9-120.98
検出器
タイプID検出器
RIGAKU RAXIS IV1IMAGE PLATE
MARRESEARCH2IMAGE PLATE
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.54181
20.981
反射解像度: 1.2→17 Å / Num. all: 122830 / Num. obs: 122830 / % possible obs: 92.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 25
反射 シェル解像度: 1.2→1.3 Å / Rmerge(I) obs: 0.278 / % possible all: 88.2
反射
*PLUS
Num. measured all: 360925
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 88.2 % / Mean I/σ(I) obs: 3.6

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解析

ソフトウェア
名称分類
SOLVE位相決定
SHELXL-97精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散
開始モデル: INITIAL MODEL OBTAINED BY SIRAS WITH 10 IODINE POSITIONS

解像度: 1.2→17 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21 6141 5 %RANDOM
Rwork0.17 ---
obs0.17 122830 92.5 %-
all-122830 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.2→17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1658 145 374 2177
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.2 Å / 最低解像度: 17 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.17 / Rfactor Rfree: 0.21 / Rfactor Rwork: 0.17
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d1.2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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