+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 453d | ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | 5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3'-BENZIMIDAZOLE COMPLEX | ||||||||||||||||||
![]() | DNA (5'-D(*![]() DNA / MINOR GROOVE BINDING | 機能・相同性 | Chem-E96 / DNA / DNA (> 10) | ![]() 手法 | ![]() ![]() Neidle, S. | ![]() ジャーナル: J.Chem.Soc.,Chem.Commun. / 年: 1999 | タイトル: Symmetric bis-benzimidazoles, a new class of sequence-selective DNA-binding molecules 著者: Neidle, S. / Mann, J. / Rayner, E.J. / Baron, A. / Opoku-Boahen, Y. / Simpson, I.J. / Smith, N.J. / Fox, K.R. / Hartley, J.A. / Kelland, L.R. 履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 27.3 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 17.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
類似構造データ |
---|
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3663.392 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #2: 化合物 | ChemComp-E96 / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.68 % | ||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 286 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 286K | ||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年9月15日 / 詳細: YALE MIRROR |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→8 Å / Num. all: 6380 / Num. obs: 6157 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 4 / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.044 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 解像度: 1.8→8 Å / σ(F): 4
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→8 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|