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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-45130 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM Structure of a Tm1C Fibril | |||||||||
マップデータ | EM density map of the class A structure from Relion post-processing, using a 10% central Z length mask. | |||||||||
試料 |
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キーワード | PROTEIN FIBRIL | |||||||||
機能・相同性 | Tropomyosin / Tropomyosin / GH09289p 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.31 Å | |||||||||
データ登録者 | Fonda BD / Kato M / Li Y / Murray DT | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Protein Sci / 年: 2024 タイトル: Cryo-EM and solid state NMR together provide a more comprehensive structural investigation of protein fibrils. 著者: Blake D Fonda / Masato Kato / Yang Li / Dylan T Murray / 要旨: The tropomyosin 1 isoform I/C C-terminal domain (Tm1-LC) fibril structure is studied jointly with cryogenic electron microscopy (cryo-EM) and solid state nuclear magnetic resonance (NMR). This study ...The tropomyosin 1 isoform I/C C-terminal domain (Tm1-LC) fibril structure is studied jointly with cryogenic electron microscopy (cryo-EM) and solid state nuclear magnetic resonance (NMR). This study demonstrates the complementary nature of these two structural biology techniques. Chemical shift assignments from solid state NMR are used to determine the secondary structure at the level of individual amino acids, which is faithfully seen in cryo-EM reconstructions. Additionally, solid state NMR demonstrates that the region not observed in the reconstructed cryo-EM density is primarily in a highly mobile random coil conformation rather than adopting multiple rigid conformations. Overall, this study illustrates the benefit of investigations combining cryo-EM and solid state NMR to investigate protein fibril structure. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_45130.map.gz | 5.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-45130-v30.xml emd-45130.xml | 18.4 KB 18.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_45130_fsc.xml | 11.3 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_45130.png | 144.7 KB | ||
マスクデータ | emd_45130_msk_1.map emd_45130_msk_2.map | 125 MB 125 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-45130.cif.gz | 6 KB | ||
その他 | emd_45130_additional_1.map.gz emd_45130_half_map_1.map.gz emd_45130_half_map_2.map.gz | 6.7 MB 98.5 MB 98.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-45130 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-45130 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_45130_validation.pdf.gz | 841.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_45130_full_validation.pdf.gz | 840.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_45130_validation.xml.gz | 18.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_45130_validation.cif.gz | 24.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-45130 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-45130 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 9c1uMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_45130.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | EM density map of the class A structure from Relion post-processing, using a 10% central Z length mask. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.83 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_45130_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-マスク #2
ファイル | emd_45130_msk_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: EM density map of the class A structure...
ファイル | emd_45130_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | EM density map of the class A structure from Relion post-processing, using a 20% central Z length mask. This map is used for model building and refinement. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: The first unfiltered half map used in Relion post-processing.
ファイル | emd_45130_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | The first unfiltered half map used in Relion post-processing. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: The second unfiltered half map used in Relion post-processing.
ファイル | emd_45130_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | The second unfiltered half map used in Relion post-processing. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Tropomyosin 1 I/C C-terminal Domain
全体 | 名称: Tropomyosin 1 I/C C-terminal Domain |
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要素 |
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-超分子 #1: Tropomyosin 1 I/C C-terminal Domain
超分子 | 名称: Tropomyosin 1 I/C C-terminal Domain / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) |
分子量 | 理論値: 7.41557 kDa/nm |
-分子 #1: Tropomyosin 1 I/C
分子 | 名称: Tropomyosin 1 I/C / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: SY-tagged Tm1 I/C alternative isoform / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) |
分子量 | 理論値: 7.420535 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: SYSSIKLSNN NNNSNSNNIE ISKSESCNAS DIGGTNNNNA SRTIASAAVG EETSTLSSTS HEHNNNPNND T UniProtKB: GH09289p |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | helical array |
-試料調製
濃度 | 1 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 52.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.4 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |