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- EMDB-44460: 80S ribosome with H13A angiogenin and tRNA -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-44460
タイトル80S ribosome with H13A angiogenin and tRNA
マップデータ80S ribosome with H13A angiogenin and tRNA
試料
  • 複合体: 80S ribosome with H13A angiogenin and tRNA
    • 複合体: 80S ribosome
    • 複合体: H13A angiogenin
    • 複合体: tRNA-fMet
    • 複合体: tRNA from in vitro transcription system
    • 複合体: mRNA
キーワードAngiogenin / RNase / RIBOSOME
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Homo sapiens (ヒト) / Escherichia coli (大腸菌) / Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Loveland AB / Korostelev AA
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM127094 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2024
タイトル: Structural mechanism of angiogenin activation by the ribosome.
著者: Anna B Loveland / Cha San Koh / Robin Ganesan / Allan Jacobson / Andrei A Korostelev /
要旨: Angiogenin, an RNase-A-family protein, promotes angiogenesis and has been implicated in cancer, neurodegenerative diseases and epigenetic inheritance. After activation during cellular stress, ...Angiogenin, an RNase-A-family protein, promotes angiogenesis and has been implicated in cancer, neurodegenerative diseases and epigenetic inheritance. After activation during cellular stress, angiogenin cleaves tRNAs at the anticodon loop, resulting in translation repression. However, the catalytic activity of isolated angiogenin is very low, and the mechanisms of the enzyme activation and tRNA specificity have remained a puzzle. Here we identify these mechanisms using biochemical assays and cryogenic electron microscopy (cryo-EM). Our study reveals that the cytosolic ribosome is the activator of angiogenin. A cryo-EM structure features angiogenin bound in the A site of the 80S ribosome. The C-terminal tail of angiogenin is rearranged by interactions with the ribosome to activate the RNase catalytic centre, making the enzyme several orders of magnitude more efficient in tRNA cleavage. Additional 80S-angiogenin structures capture how tRNA substrate is directed by the ribosome into angiogenin's active site, demonstrating that the ribosome acts as the specificity factor. Our findings therefore suggest that angiogenin is activated by ribosomes with a vacant A site, the abundance of which increases during cellular stress. These results may facilitate the development of therapeutics to treat cancer and neurodegenerative diseases.
履歴
登録2024年4月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年7月24日-
マップ公開2024年7月24日-
更新2024年7月24日-
現状2024年7月24日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_44460.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_44460.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 857.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈80S ribosome with H13A angiogenin and tRNA
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 608 pix.
= 504.64 Å		0.83 Å/pix.
x 608 pix.
= 504.64 Å		0.83 Å/pix.
x 608 pix.
= 504.64 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 4.5
最小 - 最大-8.101321 - 18.936764
平均 (標準偏差)0.009524148 (±1.138087)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ608608608
Spacing608608608
セルA=B=C: 504.63998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: 80S ribosome with H13A angiogenin and tRNA, low-pass...

ファイルemd_44460_additional_1.map
注釈80S ribosome with H13A angiogenin and tRNA, low-pass filtered to 5 A, used to visualize tRNA
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: 80S ribosome with H13A angiogenin and tRNA, half map 1

ファイルemd_44460_half_map_1.map
注釈80S ribosome with H13A angiogenin and tRNA, half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: 80S ribosome with H13A angiogenin and tRNA, half map 2

ファイルemd_44460_half_map_2.map
注釈80S ribosome with H13A angiogenin and tRNA, half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : 80S ribosome with H13A angiogenin and tRNA

全体名称: 80S ribosome with H13A angiogenin and tRNA
要素
  • 複合体: 80S ribosome with H13A angiogenin and tRNA
    • 複合体: 80S ribosome
    • 複合体: H13A angiogenin
    • 複合体: tRNA-fMet
    • 複合体: tRNA from in vitro transcription system
    • 複合体: mRNA

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超分子 #1: 80S ribosome with H13A angiogenin and tRNA

超分子名称: 80S ribosome with H13A angiogenin and tRNA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
分子量理論値: 4.5 MDa

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超分子 #2: 80S ribosome

超分子名称: 80S ribosome / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: Reticulocyte

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超分子 #3: H13A angiogenin

超分子名称: H13A angiogenin / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #4: tRNA-fMet

超分子名称: tRNA-fMet / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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超分子 #5: tRNA from in vitro transcription system

超分子名称: tRNA from in vitro transcription system / タイプ: complex / ID: 5 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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超分子 #6: mRNA

超分子名称: mRNA / タイプ: complex / ID: 6 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / Synthetically produced: Yes

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 278 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 30.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.1 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.3 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 451181
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

4729

最終 再構成使用したクラス数: 1 / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 2613
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: FREALIGN
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: FREALIGN
最終 3次元分類クラス数: 4 / 平均メンバー数/クラス: 3000 / ソフトウェア - 名称: FREALIGN
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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