+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Ubiquitin E1-Ub-E2 tetrahedral transthiolation intermediate mimic (singly Ub-loaded) - Ub(T) class 1 map and model from cluster 1 (ATP/Mg) | |||||||||
![]() | Full map from the gold-standard refinement (unsharpened), used for model building and refinement. | |||||||||
![]() |
| |||||||||
![]() | ubiquitin / E1 / E2 / UBA1 / UBC4 / transthioesterification / thioester / transthiolation / tetrahedral intermediate / adenylation / inhibitor / LIGASE / nucleus / phosphoprotein / UBL conjugation pathway / UBL / ATP / ATP-binding / AMP / nucleotide-binding / isopeptide bond | |||||||||
機能・相同性 | ![]() E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / Peroxisomal protein import / nuclear SCF ubiquitin ligase complex / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / E1 ubiquitin-activating enzyme / ubiquitin activating enzyme activity / SREBP signaling pathway / positive regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process ...E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / Peroxisomal protein import / nuclear SCF ubiquitin ligase complex / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / E1 ubiquitin-activating enzyme / ubiquitin activating enzyme activity / SREBP signaling pathway / positive regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / ubiquitin conjugating enzyme activity / ubiquitin ligase complex / modification-dependent protein catabolic process / protein polyubiquitination / protein tag activity / ubiquitin-protein transferase activity / ribosome biogenesis / ubiquitin-dependent protein catabolic process / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / protein ubiquitination / structural constituent of ribosome / ubiquitin protein ligase binding / DNA damage response / nucleolus / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.67 Å | |||||||||
![]() | Kochanczyk T / Lima CD | |||||||||
資金援助 | ![]()
| |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural basis for transthiolation intermediates in the ubiquitin pathway 著者: Kochanczyk T / Hann ZS / Lux MC / Reyes AMVD / Ji C / Tan DS / Lima CD | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
添付画像 |
---|
-
ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 108.2 MB | ![]() | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 22.8 KB 22.8 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 12.7 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 121.2 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 7.2 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() | 108.6 MB 200.5 MB 200.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 9b5uMC ![]() 9b55C ![]() 9b56C ![]() 9b57C ![]() 9b58C ![]() 9b59C ![]() 9b5aC ![]() 9b5bC ![]() 9b5mC ![]() 9b5nC ![]() 9b5oC ![]() 9b5pC ![]() 9b5qC ![]() 9b5rC ![]() 9b5sC ![]() 9b5tC ![]() 9b5vC ![]() 9b5wC ![]() 9b5xC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
-
リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-
マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Full map from the gold-standard refinement (unsharpened), used for model building and refinement. | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.064 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-追加マップ: Full map of 3D class reconstructed using particle...
ファイル | emd_44225_additional_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Full map of 3D class reconstructed using particle alignment information and a half-set split from the gold-standard refinement of the parental set (singly Ub-loaded - cluster 1). | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 1 from the gold-standard refinement.
ファイル | emd_44225_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Half map 1 from the gold-standard refinement. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 2 from the gold-standard refinement.
ファイル | emd_44225_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Half map 2 from the gold-standard refinement. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-
試料の構成要素
-全体 : Covalent E1-Ub-E2 transthiolation intermediate mimic complex (sin...
全体 | 名称: Covalent E1-Ub-E2 transthiolation intermediate mimic complex (singly Ub-loaded E1-Ub-E2 complex) |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Covalent E1-Ub-E2 transthiolation intermediate mimic complex (sin...
超分子 | 名称: Covalent E1-Ub-E2 transthiolation intermediate mimic complex (singly Ub-loaded E1-Ub-E2 complex) タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: Ubiquitin-activating enzyme E1 1
分子 | 名称: Ubiquitin-activating enzyme E1 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: E1 ubiquitin-activating enzyme |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 111.764047 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: SNTIDEGLYS RQLYVLGHEA MKQMSQSNVL IIGCKGLGVE IAKNVCLAGV KSVTLYDPQP TRIEDLSSQY FLTEDDIGVP RAKVTVSKL AELNQYVPVS VVDELSTEYL KNFKCVVVTE TSLTKQLEIN DFTHKNHIAY IAADSRGLFG SIFCDFGENF I CTDTDGNE ...文字列: SNTIDEGLYS RQLYVLGHEA MKQMSQSNVL IIGCKGLGVE IAKNVCLAGV KSVTLYDPQP TRIEDLSSQY FLTEDDIGVP RAKVTVSKL AELNQYVPVS VVDELSTEYL KNFKCVVVTE TSLTKQLEIN DFTHKNHIAY IAADSRGLFG SIFCDFGENF I CTDTDGNE PLTGMIASIT DDGVVTMLEE TRHGLENGDF VKFTEVKGMP GLNDGTPRKV EVKGPYTFSI GSVKDLGSAG YN GVFTQVK VPTKISFKSL RESLKDPEYV YPDFGKMMRP PQYHIAFQAL SAFADAHEGS LPRPRNDIDA AEFFEFCKKI AST LQFDVE LDEKLIKEIS YQARGDLVAM SAFLGGAVAQ EVLKATTSKF YPLKQYFYFD SLESLPSSVT ISEETCKPRG CRYD GQIAV FGSEFQEKIA SLSTFLVGAG AIGCEMLKNW AMMGVATGES GHISVTDMDS IEKSNLNRQF LFRPRDVGKL KSECA STAV SIMNPSLTGK ITSYQERVGP ESEGIFGDEF FEKLSLVTNA LDNVEARMYV DRRCVFFEKP LLESGTLGTK GNTQVV VPH LTESYGSSQD PPEKSFPICT LKNFPNRIEH TIAWARDLFE GLFKQPIDNV NMYLSSPNFL ETSLKTSSNP REVLENI RD YLVTEKPLSF EECIMWARLQ FDKFFNNNIQ QLLFNFPKDS VTSTGQPFWS GPKRAPTPLS FDIHNREHFD FIVAAASL Y AFNYGLKSET DPAIYERVLA GYNPPPFAPK SGIKIQVNEN EEAPETAANK DKQELKSIAD SLPPPSSLVG FRLTPAEFE KDDDSNHHID FITAASNLRA MNYDITPADR FKTKFVAGKI VPAMCTSTAV VSGLVCLELV KLVDGKKKIE EYKNGFFNLA IGLFTFSDP IASPKMKVNG KEIDKIWDRY NLPDCTLQEL IDYFQKEEGL EVTMLSSGVS LLYANFQPPK KLAERLPLKI S ELVEQITK KKLEPFRKHL VLEICCDDAN GEDVEVPFIC IKL UniProtKB: Ubiquitin-activating enzyme E1 1 |
-分子 #2: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 4
分子 | 名称: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: E2 ubiquitin-conjugating enzyme |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 17.043336 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MALKRINREL ADLGKDPPSS SSAGPVGDDL FHWQATIMGP ADSPYAGGVF FLSIHFPTDY PFKPPKVNFT TRIYHPNINS NGSICLDIL RDQWSPALTI SKVLLSISSL LTDPNPDDPL VPEIAHVYKT DRSRYELSAR EWTRKYAIGG LVPR UniProtKB: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 4 |
-分子 #3: Ubiquitin
分子 | 名称: Ubiquitin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 8.769948 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: GSGGMQIFVK TLTGKTITLE VESSDTIDNV KSKIQDKEGI PPDQQRLIFA GKQLEDGRTL SDYNIQKEST LHLVLRLRG UniProtKB: Ubiquitin-ribosomal protein eL40B fusion protein |
-分子 #4: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: MG |
---|---|
分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-分子 #5: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: ATP |
---|---|
分子量 | 理論値: 507.181 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-ATP: |
-分子 #6: 4-aminobutanenitrile
分子 | 名称: 4-aminobutanenitrile / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: A1AIV |
---|---|
分子量 | 理論値: 84.12 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-
試料調製
緩衝液 | pH: 7.2 / 詳細: 20 mM Tris-HCl, 100 mM NaCl, 0.05% CHAPSO |
---|---|
グリッド | モデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-
電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均露光時間: 4.0 sec. / 平均電子線量: 72.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+
画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT |
---|---|
得られたモデル | ![]() PDB-9b5u: |