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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-44204 | |||||||||
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タイトル | Ubiquitin E2-Ub-E3 HECT tetrahedral transthiolation intermediate mimic - state 5 | |||||||||
マップデータ | Full map from the gold-standard refinement, globally sharpened using an B-factor of -40 A^2, used for model building and refinement. | |||||||||
試料 |
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キーワード | UBIQUITIN / E2 / E3 / HECT / NEDD4 / RSP5 / PUB2 / UBC4 / TRANSTHIOESTERIFICATION / THIOESTER / TRANSTHIOLATION / TETRAHEDRAL INTERMEDIATE / ADENYLATION / INHIBITOR / LIGASE / NUCLEUS / PHOSPHOPROTEIN / UBL CONJUGATION PATHWAY / UBL / ATP ATP-BINDING / AMP / NUCLEOTIDE-BINDING / ISOPEPTIDE BOND | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RHOQ GTPase cycle / RHOU GTPase cycle / Regulation of PTEN localization / Regulation of PTEN stability and activity / cytoplasm to vacuole targeting by the NVT pathway / cell cortex of cell tip / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / Peroxisomal protein import / nuclear SCF ubiquitin ligase complex / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes ...RHOQ GTPase cycle / RHOU GTPase cycle / Regulation of PTEN localization / Regulation of PTEN stability and activity / cytoplasm to vacuole targeting by the NVT pathway / cell cortex of cell tip / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / Peroxisomal protein import / nuclear SCF ubiquitin ligase complex / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / SREBP signaling pathway / positive regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / HECT-type E3 ubiquitin transferase / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / cell division site / ubiquitin conjugating enzyme activity / ubiquitin ligase complex / modification-dependent protein catabolic process / protein polyubiquitination / protein tag activity / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / ribosome biogenesis / ubiquitin-dependent protein catabolic process / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / protein ubiquitination / structural constituent of ribosome / ubiquitin protein ligase binding / nucleolus / ATP binding / membrane / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.49 Å | |||||||||
データ登録者 | Kochanczyk T / Lima CD | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2024 タイトル: Structural basis for transthiolation intermediates in the ubiquitin pathway 著者: Kochanczyk T / Hann ZS / Lux MC / Reyes AMVD / Ji C / Tan DS / Lima CD | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_44204.map.gz | 64.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-44204-v30.xml emd-44204.xml | 22.4 KB 22.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_44204_fsc.xml | 10.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_44204.png | 101.5 KB | ||
Filedesc metadata | emd-44204.cif.gz | 6.7 KB | ||
その他 | emd_44204_additional_1.map.gz emd_44204_half_map_1.map.gz emd_44204_half_map_2.map.gz | 62.9 MB 115.9 MB 115.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-44204 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-44204 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 9b59MC 9b55C 9b56C 9b57C 9b58C 9b5aC 9b5bC 9b5mC 9b5nC 9b5oC 9b5pC 9b5qC 9b5rC 9b5sC 9b5tC 9b5uC 9b5vC 9b5wC 9b5xC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_44204.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Full map from the gold-standard refinement, globally sharpened using an B-factor of -40 A^2, used for model building and refinement. | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.064 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: Full map from the gold-standard refinement (unsharpened).
ファイル | emd_44204_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Full map from the gold-standard refinement (unsharpened). | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 1 from the gold-standard refinement.
ファイル | emd_44204_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 1 from the gold-standard refinement. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 2 from the gold-standard refinement.
ファイル | emd_44204_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 2 from the gold-standard refinement. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Covalent E2-Ub-E3 HECT transthiolation intermediate mimic complex
全体 | 名称: Covalent E2-Ub-E3 HECT transthiolation intermediate mimic complex |
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要素 |
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-超分子 #1: Covalent E2-Ub-E3 HECT transthiolation intermediate mimic complex
超分子 | 名称: Covalent E2-Ub-E3 HECT transthiolation intermediate mimic complex タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1, #3 |
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由来(天然) | 生物種: Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母) / 株: 972 / ATCC 24843 |
-分子 #1: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 4
分子 | 名称: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 詳細: C-terminal GGLVPR is a residual artifact after thrombin cleavage of affinity tag コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: E2 ubiquitin-conjugating enzyme |
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由来(天然) | 生物種: Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母) / 株: 972 / ATCC 24843 |
分子量 | 理論値: 17.043336 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MALKRINREL ADLGKDPPSS SSAGPVGDDL FHWQATIMGP ADSPYAGGVF FLSIHFPTDY PFKPPKVNFT TRIYHPNINS NGSICLDIL RDQWSPALTI SKVLLSISSL LTDPNPDDPL VPEIAHVYKT DRSRYELSAR EWTRKYAIGG LVPR UniProtKB: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 4 |
-分子 #2: Ubiquitin
分子 | 名称: Ubiquitin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 詳細: N-terminal GSGG is a residual artifact after TEV protease cleavage of affinity tag コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母) / 株: 972 / ATCC 24843 |
分子量 | 理論値: 8.769948 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: GSGGMQIFVK TLTGKTITLE VESSDTIDNV KSKIQDKEGI PPDQQRLIFA GKQLEDGRTL SDYNIQKEST LHLVLRLRG UniProtKB: Ubiquitin-ribosomal protein eL40B fusion protein |
-分子 #3: E3 ubiquitin-protein ligase pub2
分子 | 名称: E3 ubiquitin-protein ligase pub2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 詳細: N-terminal SHM is a residual artifact after cleaving the affinity tag コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: HECT-type E3 ubiquitin transferase |
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由来(天然) | 生物種: Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母) / 株: 972 / ATCC 24843 |
分子量 | 理論値: 44.231828 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: SHMDEYQRKI AYMYDRPEMA VNDAQLQLKV SRATTFEDAY DIISKLSVSD MKKKLLIRFR NEDGLDYGGV SREFFYILSH AIFNPGYSL FEYATDDNYG LQISPLSSVN PDFRSYFRFV GRVMGLAIYH RRYLDVQFVL PFYKRILQKP LCLEDVKDVD E VYYESLKW ...文字列: SHMDEYQRKI AYMYDRPEMA VNDAQLQLKV SRATTFEDAY DIISKLSVSD MKKKLLIRFR NEDGLDYGGV SREFFYILSH AIFNPGYSL FEYATDDNYG LQISPLSSVN PDFRSYFRFV GRVMGLAIYH RRYLDVQFVL PFYKRILQKP LCLEDVKDVD E VYYESLKW IKNNDVDESL CLNFSVEENR FGESVTVDLI PNGRNIAVNN QNKMNYLKAL TEHKLVTSTE EQFNALKGGL NE LIPDSVL QIFNENELDT LLNGKRDIDV QDWKRFTDYR SYTETDDIVI WFWELLSEWS PEKKAKLLQF ATGTSRLPLS GFK DMHGSD GPRKFTIEKV GHISQLPKAH TCFNRLDIPP YNSKEELEQK LTIAIQETAG FGTE UniProtKB: E3 ubiquitin-protein ligase pub2 |
-分子 #4: 4-aminobutanenitrile
分子 | 名称: 4-aminobutanenitrile / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: A1AIV |
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分子量 | 理論値: 84.12 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 4.5 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.2 構成要素:
詳細: 20 mM Tris-HCl, 100 mM NaCl, 0.1% CHAPSO | ||||||||||||
グリッド | モデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均露光時間: 4.0 sec. / 平均電子線量: 72.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT |
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得られたモデル | PDB-9b59: |