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- EMDB-4410: Yeast RPA bound to ssDNA -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4410
タイトルYeast RPA bound to ssDNA
マップデータ4.7 Angstrom map (sharpened) corresponding to Yeast RPA Trimerisation Core (Tri-C) bound by ssDNA.
試料
  • 複合体: Replication Protein A heterotrimeric complex with ssDNA
    • 複合体: Replication Protein A heterotrimeric complex with ssDNA
      • タンパク質・ペプチド: Replication factor A protein 3
      • タンパク質・ペプチド: Replication factor A protein 2
      • タンパク質・ペプチド: Replication factor A protein 1
    • 複合体: Replication Protein A heterotrimeric complex with ssDNA
      • DNA: DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')
キーワードComplex / heterotrimer / DNA binding / OB-fold / DNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


heteroduplex formation / sporulation / DNA replication factor A complex / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / Removal of the Flap Intermediate / telomere maintenance via telomere lengthening / mitotic recombination / Translesion synthesis by REV1 / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI ...heteroduplex formation / sporulation / DNA replication factor A complex / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / Removal of the Flap Intermediate / telomere maintenance via telomere lengthening / mitotic recombination / Translesion synthesis by REV1 / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / Translesion Synthesis by POLH / Activation of the pre-replicative complex / single-stranded telomeric DNA binding / Termination of translesion DNA synthesis / Activation of ATR in response to replication stress / telomere maintenance via recombination / reciprocal meiotic recombination / telomeric DNA binding / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / DNA topological change / Dual incision in TC-NER / telomere maintenance via telomerase / telomere maintenance / condensed nuclear chromosome / meiotic cell cycle / nucleotide-excision repair / establishment of protein localization / double-strand break repair via homologous recombination / single-stranded DNA binding / site of double-strand break / double-stranded DNA binding / sequence-specific DNA binding / damaged DNA binding / chromosome, telomeric region / DNA replication / protein ubiquitination / DNA repair / mRNA binding / zinc ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Replication factor A protein 3, Saccharomycetes / Replication factor A protein 2 / Replication protein A, C-terminal / Replication protein A C terminal / Replication factor A protein 3 / Replication factor A protein 3 / Replication factor A protein-like / Replication factor A protein 1 / Replication factor-A protein 1, N-terminal / Replication protein A, OB domain ...Replication factor A protein 3, Saccharomycetes / Replication factor A protein 2 / Replication protein A, C-terminal / Replication protein A C terminal / Replication factor A protein 3 / Replication factor A protein 3 / Replication factor A protein-like / Replication factor A protein 1 / Replication factor-A protein 1, N-terminal / Replication protein A, OB domain / Replication protein A OB domain / : / Replication factor A, C-terminal / Replication factor-A C terminal domain / OB-fold nucleic acid binding domain, AA-tRNA synthetase-type / OB-fold nucleic acid binding domain / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Replication factor A protein 1 / Replication factor A protein 2 / Replication factor A protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.7 Å
データ登録者Yates LA / Aramayo RJ
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust098412/Z/12/Z 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: A structural and dynamic model for the assembly of Replication Protein A on single-stranded DNA.
著者: Luke A Yates / Ricardo J Aramayo / Nilisha Pokhrel / Colleen C Caldwell / Joshua A Kaplan / Rajika L Perera / Maria Spies / Edwin Antony / Xiaodong Zhang /
要旨: Replication Protein A (RPA), the major eukaryotic single stranded DNA-binding protein, binds to exposed ssDNA to protect it from nucleases, participates in a myriad of nucleic acid transactions and ...Replication Protein A (RPA), the major eukaryotic single stranded DNA-binding protein, binds to exposed ssDNA to protect it from nucleases, participates in a myriad of nucleic acid transactions and coordinates the recruitment of other important players. RPA is a heterotrimer and coats long stretches of single-stranded DNA (ssDNA). The precise molecular architecture of the RPA subunits and its DNA binding domains (DBDs) during assembly is poorly understood. Using cryo electron microscopy we obtained a 3D reconstruction of the RPA trimerisation core bound with ssDNA (∼55 kDa) at ∼4.7 Å resolution and a dimeric RPA assembly on ssDNA. FRET-based solution studies reveal dynamic rearrangements of DBDs during coordinated RPA binding and this activity is regulated by phosphorylation at S178 in RPA70. We present a structural model on how dynamic DBDs promote the cooperative assembly of multiple RPAs on long ssDNA.
履歴
登録2018年11月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年12月19日-
マップ公開2018年12月19日-
更新2024年5月15日-
現状2024年5月15日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.045
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.045
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6i52
  • 表面レベル: 0.045
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4410.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4410.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 6.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈4.7 Angstrom map (sharpened) corresponding to Yeast RPA Trimerisation Core (Tri-C) bound by ssDNA.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 120 pix.
= 127.2 Å		1.06 Å/pix.
x 120 pix.
= 127.2 Å		1.06 Å/pix.
x 120 pix.
= 127.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.045 / ムービー #1: 0.045
最小 - 最大-0.123228535 - 0.16244632
平均 (標準偏差)0.0017604997 (±0.012339067)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ120120120
Spacing120120120
セルA=B=C: 127.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.061.061.06
M x/y/z120120120
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z127.200127.200127.200
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS120120120
D min/max/mean-0.1230.1620.002

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添付データ

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追加マップ: 7.5 Angstrom map (unsharpened) corresponding to yeast RPA dimer

ファイルemd_4410_additional_1.map
注釈7.5 Angstrom map (unsharpened) corresponding to yeast RPA dimer
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: 7.7 Angstrom map (sharpened) corresponding to Yeast RPA...

ファイルemd_4410_additional_2.map
注釈7.7 Angstrom map (sharpened) corresponding to Yeast RPA Trimerisation Core (Tri-C) bound by ssDNA with additional DNA-binding domain (DBD-B)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: 8.5 Angstrom map (sharpened) corresponding to Yeast RPA...

ファイルemd_4410_additional_3.map
注釈8.5 Angstrom map (sharpened) corresponding to Yeast RPA Trimerisation Core (Tri-C) bound by ssDNA with additional DNA-binding domain (DBD-B)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: 10 Angstrom map (sharpened) corresponding to Yeast RPA...

ファイルemd_4410_additional_4.map
注釈10 Angstrom map (sharpened) corresponding to Yeast RPA Trimerisation Core (Tri-C) bound by ssDNA with additional DNA-binding domain (DBD-B)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Replication Protein A heterotrimeric complex with ssDNA

全体名称: Replication Protein A heterotrimeric complex with ssDNA
要素
  • 複合体: Replication Protein A heterotrimeric complex with ssDNA
    • 複合体: Replication Protein A heterotrimeric complex with ssDNA
      • タンパク質・ペプチド: Replication factor A protein 3
      • タンパク質・ペプチド: Replication factor A protein 2
      • タンパク質・ペプチド: Replication factor A protein 1
    • 複合体: Replication Protein A heterotrimeric complex with ssDNA
      • DNA: DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')

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超分子 #1: Replication Protein A heterotrimeric complex with ssDNA

超分子名称: Replication Protein A heterotrimeric complex with ssDNA
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
分子量理論値: 120 KDa

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超分子 #2: Replication Protein A heterotrimeric complex with ssDNA

超分子名称: Replication Protein A heterotrimeric complex with ssDNA
タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
細胞中の位置: nucleus

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超分子 #3: Replication Protein A heterotrimeric complex with ssDNA

超分子名称: Replication Protein A heterotrimeric complex with ssDNA
タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)

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分子 #1: Replication factor A protein 3

分子名称: Replication factor A protein 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 13.827723 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MASETPRVDP TEISNVNAPV FRIIAQIKSQ PTESQLILQS PTISSKNGSE VEMITLNNIR VSMNKTFEID SWYEFVCRNN DDGELGFLI LDAVLCKFKE NEDLSLNGVV ALQRLCKKYP EIY

UniProtKB: Replication factor A protein 3

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分子 #2: Replication factor A protein 2

分子名称: Replication factor A protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 14.80987 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
TNTRVNTLTP VTIKQILESK QDIQDGPFVS HNQELHHVCF VGVVRNITDH TANIFLTIED GTGQIEVRKW SEDAAQQFEI GGYVKVFGA LKEFGGKKNI QYAVIKPIDS FNEVLTHHLE VIKCHSIASG MMK

UniProtKB: Replication factor A protein 2

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分子 #3: Replication factor A protein 1

分子名称: Replication factor A protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 20.643072 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
KFIAQRITIA RAQAENLGRS EKGDFFSVKA AISFLKVDNF AYPACSNENC NKKVLEQPDG TWRCEKCDTN NARPNWRYIL TISIIDETN QLWLTLFDDQ AKQLLGVDAN TLMSLKEEDP NEFTKITQSI QMNEYDFRIR AREDTYNDQS RIRYTVANLH S LNYRAEAD YLADELSKAL

UniProtKB: Replication factor A protein 1

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分子 #4: DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP...

分子名称: DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')
タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 6.038899 KDa
配列文字列:
(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC4H12ClNO32-Amino-2-(hydroxymethyl)propane-1,3-diol hydrochloride
150.0 mMNaClSodium Chloride
C4H10O2S2DTT
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: glow-discharged grid, wait time 30 seconds, blotting time 1 second.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 2.1 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: CryoSPARC generated ab initio start model
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 340864
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-6i52:
Yeast RPA bound to ssDNA

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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