[日本語] English
万見
- EMDB-43157: A designed tetrahedral protein scaffold - DARP14 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-43157
タイトルA designed tetrahedral protein scaffold - DARP14
マップデータ
試料
  • 複合体: A12B12 tetrahedral complex of a designed protein scaffold called DARP14
    • 複合体: Subunit A in a designed protein scaffold called DARP14
      • タンパク質・ペプチド: Subunit A
    • 複合体: Subunit B in a designed protein scaffold called DARP14
      • タンパク質・ペプチド: Subunit B
キーワードscaffold / tetrahedral / darpin / symmetrical / DE NOVO PROTEIN
生物種synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Suder DS / Gonen S
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35-GM142797 米国
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2024
タイトル: Mitigating the Blurring Effect of CryoEM Averaging on a Flexible and Highly Symmetric Protein Complex through Sub-Particle Reconstruction.
著者: Diana S Suder / Shane Gonen /
要旨: Many macromolecules are inherently flexible as a feature of their structure and function. During single-particle CryoEM processing, flexible protein regions can be detrimental to high-resolution ...Many macromolecules are inherently flexible as a feature of their structure and function. During single-particle CryoEM processing, flexible protein regions can be detrimental to high-resolution reconstruction as signals from thousands of particles are averaged together. This "blurring" effect can be difficult to overcome and is possibly more pronounced when averaging highly symmetric complexes. Approaches to mitigating flexibility during CryoEM processing are becoming increasingly critical as the technique advances and is applied to more dynamic proteins and complexes. Here, we detail the use of sub-particle averaging and signal subtraction techniques to precisely target and resolve flexible DARPin protein attachments on a designed tetrahedrally symmetric protein scaffold called DARP14. Particles are first aligned as full complexes, and then the symmetry is reduced by alignment and focused refinement of the constituent subunits. The final reconstructions we obtained were vastly improved over the fully symmetric reconstructions, with observable secondary structure and side-chain placement. Additionally, we were also able to reconstruct the core region of the scaffold to 2.7 Å. The data processing protocol outlined here is applicable to other dynamic and symmetric protein complexes, and our improved maps could allow for new structure-guided variant designs of DARP14.
履歴
登録2023年12月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年6月5日-
マップ公開2024年6月5日-
更新2024年7月3日-
現状2024年7月3日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_43157.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_43157.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 98.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.9825 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.04
最小 - 最大-0.13222675 - 0.18723632
平均 (標準偏差)0.00011970976 (±0.0052091833)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ296296296
Spacing296296296
セルA=B=C: 290.82 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_43157_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_43157_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : A12B12 tetrahedral complex of a designed protein scaffold called ...

全体名称: A12B12 tetrahedral complex of a designed protein scaffold called DARP14
要素
  • 複合体: A12B12 tetrahedral complex of a designed protein scaffold called DARP14
    • 複合体: Subunit A in a designed protein scaffold called DARP14
      • タンパク質・ペプチド: Subunit A
    • 複合体: Subunit B in a designed protein scaffold called DARP14
      • タンパク質・ペプチド: Subunit B

-
超分子 #1: A12B12 tetrahedral complex of a designed protein scaffold called ...

超分子名称: A12B12 tetrahedral complex of a designed protein scaffold called DARP14
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)

-
超分子 #2: Subunit A in a designed protein scaffold called DARP14

超分子名称: Subunit A in a designed protein scaffold called DARP14
タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)

-
超分子 #3: Subunit B in a designed protein scaffold called DARP14

超分子名称: Subunit B in a designed protein scaffold called DARP14
タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)

-
分子 #1: Subunit A

分子名称: Subunit A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO / EC番号: corrinoid adenosyltransferase
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 15.775438 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
KDSPIIEANG TLDELTSFIG EAKHYVDEEM KGILEEIQND IYKIMGEIGS KGKIEGISEE RIAWLLKLIL RYMEMVNLKS FVLPGGTLE SAKLDVCRTI ARRALRKVLT VTREFGIGAE AAAYLLALSD LLFLLARVIE IE

-
分子 #2: Subunit B

分子名称: Subunit B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 12.630332 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
PHLVIEATAN LRLETSPGEL LEQANKALFA SGQFGEADIK SRFVTLEAYR QGTAAVERAY LHACLSILDG RDIATRTLLG ASLCAVLAE AVAGGGEEGV QVSVEVREME RLSYAKRVV

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 8
グリッド材質: COPPER / メッシュ: 200
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 30.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6c9i

最終 再構成想定した対称性 - 点群: T (正4面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 277091
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION / 詳細: RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION / 詳細: RELION
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

詳細Phenix real space refine
精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-8vdz:
A designed tetrahedral protein scaffold - DARP14

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る