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万見
- EMDB-42394: Single particle analysis of recombinant human MFAP4 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-42394
タイトルSingle particle analysis of recombinant human MFAP4
マップデータD2 map after Relion4 postprocess and z-axis flip
試料
  • 複合体: Octamer assembly of MFAP4
    • タンパク質・ペプチド: Microfibril-associated glycoprotein 4
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: CALCIUM ION
キーワードMFAP4 Octamer Extracellular Matrix / CELL ADHESION
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of collagen metabolic process / elastic fiber / microfibril / elastic fiber assembly / UV protection / Molecules associated with elastic fibres / cellular response to UV-B / supramolecular fiber organization / collagen-containing extracellular matrix / cell adhesion ...regulation of collagen metabolic process / elastic fiber / microfibril / elastic fiber assembly / UV protection / Molecules associated with elastic fibres / cellular response to UV-B / supramolecular fiber organization / collagen-containing extracellular matrix / cell adhesion / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / Fibrinogen-related domains (FReDs) / Fibrinogen, alpha/beta/gamma chain, C-terminal globular, subdomain 1 / Fibrinogen beta and gamma chains, C-terminal globular domain / Fibrinogen, alpha/beta/gamma chain, C-terminal globular domain / Fibrinogen-like, C-terminal / Fibrinogen C-terminal domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Microfibril-associated glycoprotein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.55 Å
データ登録者Wozny MW / Nelea V
資金援助 カナダ, 2件
OrganizationGrant number国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada) カナダ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Microfibril-associated glycoprotein 4 forms octamers that mediate interactions with elastogenic proteins and cells.
著者: Michael R Wozny / Valentin Nelea / Iram Fatima S Siddiqui / Shaynah Wanga / Vivian de Waard / Mike Strauss / Dieter P Reinhardt /
要旨: Microfibril-associated glycoprotein 4 (MFAP4) is a 36-kDa extracellular matrix glycoprotein with critical roles in organ fibrosis, chronic obstructive pulmonary disease, and cardiovascular ...Microfibril-associated glycoprotein 4 (MFAP4) is a 36-kDa extracellular matrix glycoprotein with critical roles in organ fibrosis, chronic obstructive pulmonary disease, and cardiovascular disorders, including aortic aneurysms. MFAP4 multimerises and interacts with elastogenic proteins, including fibrillin-1 and tropoelastin, and with cells via integrins. Structural details of MFAP4 and its potential interfaces for these interactions are unknown. Here, we present a cryo-electron microscopy structure of human MFAP4. In the presence of calcium, MFAP4 assembles as an octamer, where two sets of homodimers constitute the top and bottom halves of each octamer. Each homodimer is linked together by an intermolecular disulphide bond. A C34S missense mutation prevents disulphide-bond formation between monomers but does not prevent octamer assembly. The atomic model, built into the 3.55 Å cryo-EM map, suggests that salt-bridge interactions mediate homodimer assembly, while non-polar residues form the interface between octamer halves. In the absence of calcium, an MFAP4 octamer dissociates into two tetramers. Binding studies with fibrillin-1, tropoelastin, LTBP4, and small fibulins show that MFAP4 has multiple surfaces for protein-protein interactions, most of which depend upon MFAP4 octamer assembly. The C34S mutation does not affect these protein interactions or cell interactions. MFAP4 assemblies with fibrillin-1 abrogate MFAP4 interactions with cells.
履歴
登録2023年10月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年5月22日-
マップ公開2024年5月22日-
更新2024年5月22日-
現状2024年5月22日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_42394.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_42394.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈D2 map after Relion4 postprocess and z-axis flip
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.855 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.00908
最小 - 最大-0.03288211 - 0.0548213
平均 (標準偏差)0.0000734777 (±0.0016746221)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 273.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: D2 half map after Relion4 refine3d

ファイルemd_42394_half_map_1.map
注釈D2 half map after Relion4 refine3d
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: D2 half map after Relion4 refine3d

ファイルemd_42394_half_map_2.map
注釈D2 half map after Relion4 refine3d
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Octamer assembly of MFAP4

全体名称: Octamer assembly of MFAP4
要素
  • 複合体: Octamer assembly of MFAP4
    • タンパク質・ペプチド: Microfibril-associated glycoprotein 4
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: CALCIUM ION

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超分子 #1: Octamer assembly of MFAP4

超分子名称: Octamer assembly of MFAP4 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 280 kDa/nm

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分子 #1: Microfibril-associated glycoprotein 4

分子名称: Microfibril-associated glycoprotein 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 29.440645 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QVSGIRGDAL ERFCLQQPLD CDDIYAQGYQ SDGVYLIYPS GPSVPVPVFC DMTTEGGKWT VFQKRFNGSV SFFRGWNDYK LGFGRADGE YWLGLQNMHL LTLKQKYELR VDLEDFENNT AYAKYADFSI SPNAVSAEED GYTLFVAGFE DGGAGDSLSY H SGQKFSTF ...文字列:
QVSGIRGDAL ERFCLQQPLD CDDIYAQGYQ SDGVYLIYPS GPSVPVPVFC DMTTEGGKWT VFQKRFNGSV SFFRGWNDYK LGFGRADGE YWLGLQNMHL LTLKQKYELR VDLEDFENNT AYAKYADFSI SPNAVSAEED GYTLFVAGFE DGGAGDSLSY H SGQKFSTF DRDQDLFVQN CAALSSGAFW FRSCHFANLN GFYLGGSHLS YANGINWAQW KGFYYSLKRT EMKIRRAGKP IP NPLLGLD STRTGHHHHH HHH

UniProtKB: Microfibril-associated glycoprotein 4

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分子 #2: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 16 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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分子 #3: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 8 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
グリッドモデル: C-flat / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 80.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.55 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 455190
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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