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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-42344 | |||||||||
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タイトル | The rotavirus VP5*/VP8* conformational transition permeabilizes membranes to Ca2+ (class 6 reconstruction) | |||||||||
マップデータ | Local filter | |||||||||
試料 |
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キーワード | Non-enveloped virus / viral particle / entry / membrane-penetration / rotavirus / VP4 / VP5* / VP8* / calcium / Ca2+ / liposome / VIRAL PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 host cell endoplasmic reticulum lumen / T=13 icosahedral viral capsid / host cell rough endoplasmic reticulum / host cytoskeleton / viral outer capsid / permeabilization of host organelle membrane involved in viral entry into host cell / symbiont entry into host cell via permeabilization of inner membrane / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / receptor-mediated virion attachment to host cell / virion attachment to host cell ...host cell endoplasmic reticulum lumen / T=13 icosahedral viral capsid / host cell rough endoplasmic reticulum / host cytoskeleton / viral outer capsid / permeabilization of host organelle membrane involved in viral entry into host cell / symbiont entry into host cell via permeabilization of inner membrane / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / receptor-mediated virion attachment to host cell / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Simian rotavirus A strain RRV (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.0 Å | |||||||||
データ登録者 | De Sautu M / Herrmann T / Jenni S / Harrison SC | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2024 タイトル: The rotavirus VP5*/VP8* conformational transition permeabilizes membranes to Ca2. 著者: Marilina de Sautu / Tobias Herrmann / Gustavo Scanavachi / Simon Jenni / Stephen C Harrison / 要旨: Rotaviruses infect cells by delivering into the cytosol a transcriptionally active inner capsid particle (a "double-layer particle": DLP). Delivery is the function of a third, outer layer, which ...Rotaviruses infect cells by delivering into the cytosol a transcriptionally active inner capsid particle (a "double-layer particle": DLP). Delivery is the function of a third, outer layer, which drives uptake from the cell surface into small vesicles from which the DLPs escape. In published work, we followed stages of rhesus rotavirus (RRV) entry by live-cell imaging and correlated them with structures from cryogenic electron microscopy and tomography (cryo-EM and cryo-ET). The virus appears to wrap itself in membrane, leading to complete engulfment and loss of Ca2+ from the vesicle produced by the wrapping. One of the outer-layer proteins, VP7, is a Ca2+-stabilized trimer; loss of Ca2+ releases both VP7 and the other outer-layer protein, VP4, from the particle. VP4, activated by cleavage into VP8* and VP5*, is a trimer that undergoes a large-scale conformational rearrangement, reminiscent of the transition that viral fusion proteins undergo to penetrate a membrane. The rearrangement of VP5* thrusts a 250-residue, C-terminal segment of each of the three subunits outward, while allowing the protein to remain attached to the virus particle and to the cell being infected. We proposed that this segment inserts into the membrane of the target cell, enabling Ca2+ to cross. In the work reported here, we show the validity of key aspects of this proposed sequence. By cryo-EM studies of liposome-attached virions ("triple-layer particles": TLPs) and single-particle fluorescence imaging of liposome-attached TLPs, we confirm insertion of the VP4 C-terminal segment into the membrane and ensuing generation of a Ca2+ "leak". The results allow us to formulate a molecular description of early events in entry. We also discuss our observations in the context of other work on double-strand RNA virus entry. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_42344.map.gz | 48 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-42344-v30.xml emd-42344.xml | 18.7 KB 18.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_42344_fsc.xml | 9.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_42344.png | 84.7 KB | ||
Filedesc metadata | emd-42344.cif.gz | 6.2 KB | ||
その他 | emd_42344_additional_1.map.gz emd_42344_half_map_1.map.gz emd_42344_half_map_2.map.gz | 49.4 MB 49.4 MB 49.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-42344 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-42344 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_42344_validation.pdf.gz | 963.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_42344_full_validation.pdf.gz | 963 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_42344_validation.xml.gz | 16 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_42344_validation.cif.gz | 21 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-42344 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-42344 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8uk3MC 8uk2C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_42344.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Local filter | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.2375 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: Full map, unmodified
ファイル | emd_42344_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Full map, unmodified | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 2, unmodified
ファイル | emd_42344_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 2, unmodified | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 1, unmodified
ファイル | emd_42344_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 1, unmodified | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Simian rotavirus A strain RRV
全体 | 名称: Simian rotavirus A strain RRV (ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Simian rotavirus A strain RRV
超分子 | 名称: Simian rotavirus A strain RRV / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 / NCBI-ID: 444185 / 生物種: Simian rotavirus A strain RRV / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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-分子 #1: Outer capsid protein VP4
分子 | 名称: Outer capsid protein VP4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Simian rotavirus A strain RRV (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 86.655586 KDa |
組換発現 | 生物種: Chlorocebus aethiops (ミドリザル) |
配列 | 文字列: MASLIYRQLL TNSYTVDLSD EIQEIGSTKT QNVTINLGPF AQTGYAPVNW GPGETNDSTT VEPVLDGPYQ PTTFNPPVDY WMLLAPTAA GVVVEGTNNT DRWLATILVE PNVTSETRSY TLFGTQEQIT IANASQTQWK FIDVVKTTQN GSYSQYGPLQ S TPKLYAVM ...文字列: MASLIYRQLL TNSYTVDLSD EIQEIGSTKT QNVTINLGPF AQTGYAPVNW GPGETNDSTT VEPVLDGPYQ PTTFNPPVDY WMLLAPTAA GVVVEGTNNT DRWLATILVE PNVTSETRSY TLFGTQEQIT IANASQTQWK FIDVVKTTQN GSYSQYGPLQ S TPKLYAVM KHNGKIYTYN GETPNVTTKY YSTTNYDSVN MTAFCDFYII PREEESTCTE YINNGLPPIQ NTRNIVPLAL SA RNIISHR AQANEDIVVS KTSLWKEMQY NRDITIRFKF ASSIVKSGGL GYKWSEISFK PANYQYTYTR DGEEVTAHTT CSV NGMNDF NFNGGSLPTD FVISRYEVIK ENSYVYVDYW DDSQAFRNMV YVRSLAANLN SVICTGGDYS FALPVGQWPV MTGG AVSLH SAGVTLSTQF TDFVSLNSLR FRFRLTVEEP SFSITRTRVS RLYGLPAANP NNGKEYYEVA GRFSLISLVP SNDDY QTPI TNSVTVRQDL ERQLGELREE FNALSQEIAM SQLIDLALLP LDMFSMFSGI KSTIDAAKSM ATSVMKKFKK SGLANS VST LTDSLSDAAS SISRGASIRS VGSSASAWTD VSTQITDVSS SVSSISTQTS TISRRLRLKE MATQTEGMNF DDISAAV LK TKIDRSTQIS PNTLPDIVTE ASEKFIPNRA YRVINNDEVF EAGTDGRFFA YRVETFDEIP FDVQKFADLV TDSPVISA I IDFKTLKNLN DNYGISRQQA FNLLRSDPRV LREFINQDNP IIRNRIEQLI MQCRL UniProtKB: Outer capsid protein VP4 |
-分子 #2: Outer capsid glycoprotein VP7
分子 | 名称: Outer capsid glycoprotein VP7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 18 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Simian rotavirus A strain RRV (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 37.136531 KDa |
組換発現 | 生物種: Chlorocebus aethiops (ミドリザル) |
配列 | 文字列: MYGIEYTTVL TFLISLILLN YILKSLTRMM DFIIYRFLFI VVILSPLLKA QNYGINLPIT GSMDTAYANS TQEETFLTST LCLYYPTEA ATEINDNSWK DTLSQLFLTK GWPTGSVYFK EYTDIASFSV DPQLYCDYNV VLMKYDATLQ LDMSELADLI L NEWLCNPM ...文字列: MYGIEYTTVL TFLISLILLN YILKSLTRMM DFIIYRFLFI VVILSPLLKA QNYGINLPIT GSMDTAYANS TQEETFLTST LCLYYPTEA ATEINDNSWK DTLSQLFLTK GWPTGSVYFK EYTDIASFSV DPQLYCDYNV VLMKYDATLQ LDMSELADLI L NEWLCNPM DITLYYYQQT DEANKWISMG SSCTIKVCPL NTQTLGIGCL TTDTATFEEV ATAEKLVITD VVDGVNHKLD VT TATCTIR NCKKLGPREN VAVIQVGGSD VLDITADPTT APQTERMMRI NWKKWWQVFY TVVDYVNQII QAMSKRSRSL NSA AFYYRI UniProtKB: Outer capsid glycoprotein VP7 |
-分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 18 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-分子 #4: CALCIUM ION
分子 | 名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 54 / 式: CA |
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分子量 | 理論値: 40.078 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |